CN101022834A - 通过破坏病毒衣壳－间隔肽1蛋白的加工而抑制hiv－1复制 - Google Patents
通过破坏病毒衣壳－间隔肽1蛋白的加工而抑制hiv－1复制 Download PDFInfo
- Publication number
- CN101022834A CN101022834A CN 200580024103 CN200580024103A CN101022834A CN 101022834 A CN101022834 A CN 101022834A CN 200580024103 CN200580024103 CN 200580024103 CN 200580024103 A CN200580024103 A CN 200580024103A CN 101022834 A CN101022834 A CN 101022834A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- seq
- nucleotide
- hiv
- sequence
- virus
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Images
Abstract
本发明公开了通过破坏病毒Gag衣壳(CA)蛋白(p24)从CA－间隔肽1(SP1)蛋白前体(p25)的加工来抑制HIV－1的复制。还包括了含有Gag p25蛋白突变的氨基酸序列，该突变导致二甲基琥珀酰桦木酸或二甲基琥珀酰白桦脂醇对p25加工成p24的抑制降低；编码该突变序列的多核苷酸和选择性结合该突变序列的抗体。包括了抑制方法，抑制性化合物和发现靶向HIV Gag蛋白的蛋白酶解加工的抑制性化合物的方法。一实施方案中，这样的化合物通过结合Gag而不是蛋白酶来抑制HIV蛋白酶与Gag的相互作用。另一实施方案中，在Gag蛋白酶解切割位点区域中含有突变的病毒或重组蛋白可以用于筛选测试中来鉴定靶向蛋白酶解加工的化合物。
Description
关于联邦政府资助研究和发展的声明
根据NIH/NIAID给予的拨款No.2R44AI051047-02的条款，U.S.政府在本发明中具有已支付的许可并在有限的情况中可具有权力来要求专利持有者以合理条件许可其他人实施。
发明背景
发明领域
本发明包括抑制方法，抑制剂和发现HIV感染抑制剂的方法。
背景
人免疫缺陷病毒(HIV)是慢病毒属的成员，慢病毒属是逆转录病毒的亚科。病毒基因组含有许多允许病毒控制其在静息细胞和分裂细胞两者中的复制速率的调控元件。最重要的是，HIV感染并侵袭免疫系统的细胞；它破坏身体的免疫系统并使得患者易于产生机会性感染和肿瘤。免疫缺陷似乎是渐进的和不可逆的，在几年内具有接近100％的高死亡率。
HIV-1是亲T4淋巴细胞的并对其致细胞病变，T4淋巴细胞是表达细胞表面分化抗原CD4的免疫系统细胞，也称为OKT4，T4和leu3。病毒向性是由于病毒包膜糖蛋白gp120和细胞表面CD4分子之间的相互作用而引起的(Dalgeish等，Nature 312：763-767(1984))。这些相互作用不仅介导了HIV对易感细胞的感染，而且还引起病毒诱导的感染和未感染T细胞的融合。这种细胞融合导致HIV感染患者中巨大多核化合胞体的形成，细胞死亡和CD4细胞的渐进性耗尽。这些事件导致HIV诱导的免疫抑制及其随后的后遗症，机会性感染和肿瘤。
除了CD4+T细胞，HIV的宿主范围包括单核吞噬细胞谱系的细胞(Dalgleish等，上文)，包括血液单核细胞，组织巨噬细胞，皮肤的朗格汉斯细胞和淋巴结内的树突网状细胞。HIV还是亲神经性的，能够感染中枢神经系统中的单核细胞和巨噬细胞，引起严重的神经损伤，巨噬细胞和单核细胞是HIV的主要存储地。它们可以与带有CD4的T细胞相互作用并融合，导致T细胞耗尽并因此引起AIDS的发病。
在治疗HIV-1的药物研发中已经获得了相当大的进展。用于HIV的治疗剂包括，但不限于，AZT，3TC，ddC，d4T，ddI，替诺福韦(tenofovir)，阿巴卡韦(abacavir)，奈韦拉平(nevirapine)，地拉韦定(delavirdine)，恩曲他宾(emtricitabine)，依法韦伦(efavirenz)，沙喹那韦(saquinavir)，利托那韦(ritonavir)，茚地那韦(indinavir)，奈非那韦(nelfinavir)，洛匹那韦(lopinavir)，安普那韦(amprenavir)，atazanavir和福沙那韦中的至少一种，或任何其他相互组合的抗逆转录病毒药物或抗体，或与基于生物学的治疗相关，例如，gp41-衍生的肽enfuvirtide(Fuzeon；Timeris-Roche)和T-1249(Trimeris)，或可溶性CD4，CD4的抗体，和CD4或抗CD4的缀合物，或在此另外呈现的。这些药物的组合特别有效并可以将血浆中的病毒RNA水平降低至不可检测的水平并减缓病毒抗性的发展，结果是患者健康和寿命的提高。
尽管有了这些进展，但目前可利用的药物方案仍然存在问题。许多药物呈现出严重的毒性，具有其他副作用(例如，脂肪再分配)或需要复杂的减少并发症的给药时间表并因此限制了功效。随着延长的时间段，甚至在联合治疗时，经常出现HIV的抗性株。这些药物的高成本对于它们的广泛使用也是一个限制，尤其在发达国家以外的地方。
对于研发另外的药物来避免这些问题仍然存在较大的需要。理想地，这些药物将靶向病毒生命周期的不同阶段，加入医疗物质用于联合治疗，且呈现最小的毒性，还具有较低的制造成本。
HIV病毒粒体的装配发生在感染细胞的表面膜，在那里病毒Gag多蛋白质聚集，导致从细胞表面出芽的未成熟病毒粒体的装配。在病毒粒体内，Gag通过病毒蛋白酶(PR)裂解成基质(MA)，衣壳(CA)，核衣壳(NC)和C-端p6结构蛋白(Wiegers K.等，J.Virol.72：2846-2854(1998))。Gap加工诱导内部病毒粒体结构的重构(称为“成熟”的过程)。在成熟HIV颗粒中，MA排列于膜的内表面，而CA形成圆锥形的核，其包围与NC复合的基因组RNA。对于颗粒形成不需要裂解和成熟，但是其对于感染性是必要的(Koh1，N等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85：4686-4690，(1998))。
CA和NC以及NC和p6分别通过14和10个氨基酸(p2)的短间隔肽(各自为间隔肽1(SP1)和SP2)在Gag多蛋白质上隔开(WiegersK.等，J.Virol.72：2846-2854(1998)，Pettit，S.C.等，J.Virol.68：8017-8027(1994)，Liang等，J.Virol.76：11729-11737(2002))。这些间隔肽在颗粒成熟过程中通过在其N和C末端PR-介导的裂解来释放。HIV Gag和Gag-Pol多蛋白质上的各个切割位点以不同的速率得到加工，且这种顺次的加工导致在终产物之前Gag中间产物短暂出现。这样的中间产物对于病毒粒体形态发生或成熟可能是重要的，但对成熟病毒颗粒的结构没有贡献(Weigers等和Pettit等，上文)。最初的Gag裂解事件发生在SP1的C末端并将N-末端MA-CA-SP1中间产物与C-末端NC-SP2-p6中间产物分开。随后将MA与CA-SP1以及将NC-SP2与p6分开的裂解以低约10倍的速率发生。SP1从CA C末端的裂解是最后的事件并以比SP1-NC位点的裂解低400倍的速率发生(Weigers等和Pettit等，上文)。将未裂解的CA-SP1中间产物蛋白可供选择地称为“p25”，而将裂解的CA蛋白可供选择地称为“p24”，并将裂解的SP1肽可供选择地称为“p2”。
SP1从CA C末端的裂解似乎是Gag加工级联中最后的事件之一，并是最终的衣壳凝聚和成熟的感染性病毒颗粒的形成所需的。成熟病毒粒体的电子显微相片揭示了颗粒具有电子致密圆锥性核心。另一方面，对CA-SP1裂解缺陷型病毒颗粒的电子显微镜研究表明颗粒具有球形电子致密核糖核蛋白核心以及恰位于病毒膜内的新月形电子致密层(Weigers等，上文)。已经表明CA-SP1切割位点处或附近的突变抑制了Gag加工并破坏了正常的成熟过程，因此导致无感染性病毒颗粒的产生(Weigers等，上文)。这些颗粒在表型上呈现Gag加工的缺陷(其自身表现为蛋白质印迹分析中p25(CA-SP1)条带的存在)以及上述由缺陷衣壳凝聚引起的异常颗粒形态。
之前，从棒花赤楠(Syzigium claviflorum)中分离出桦木酸和platanic acid并测定其具有抗HIV活性。桦木酸和platanic acid呈现出对抗H9淋巴细胞中HIV-1复制的抑制活性，各自具有1.4μM和6.5μM的EC50，和各自9.3和14的治疗指数(T.I.)值。桦木酸的氢化产生了二氢桦木酸，其显示出略微更有效的抗HIV活性，具有0.9的EC50值和14的T.I.值(Fujioka，T.，等，J.Nat.Prod.57：243-247(1994))。用某些取代的酰基如3’，3’-二甲基戊二酰基和3’，3’-二甲基琥珀酰基对桦木酸酯化产生了具有提高活性的衍生物(Kashiwada，Y.，等，J.Med.Chem.39：1016-1017(1996))。在U.S.专利No.5,679,828中也描述了为有效抗HIV剂的酰化桦木酸和二氢桦木酸衍生物。抗HIV测试表明3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)-桦木酸(DSB)和二氢桦木酸类似物在急性感染的H9淋巴细胞中都证明了非常有效的抗HIV活性，各自具有低于1.7×10-5μM的EC50值。这些化合物各自显示出高于970,000和高于400,000的显著T.I.值。
U.S.专利No.5,468,888公开了被描述为具有对HIV感染细胞的细胞保护作用的羽扇多环烷的28-酰氨基衍生物。
R＝H(桦木酸)
日本专利申请No.JP01143,832公开了白桦脂醇及其3，28-二酯用于抗癌领域。
U.S.专利No.6,172,110公开了具有以下通式的桦木酸和二氢白桦脂醇衍生物或其药物学上可接受的盐，
白桦脂醇和二氢白桦脂醇衍生物
其中R1是C2-C20取代或未取代的羧基酰基，R2是C2-C20取代或未取代的羧基酰基；和R3是氢，卤素，氨基，可选取代的单-或二-烷基氨基，或--OR4，其中R4是氢，C1-4烷酰基，苯甲酰或C2-C20取代或未取代的羧基酰基；其中虚线表示C20和C29之间的可选双键。
U.S.专利申请No.60/413,451公开了3，3-二甲基琥珀酰基白桦脂醇，在此引入作为参考。Zhu，Y-M.等，Bioorg.Chem Lett.11：3115-3118(2001)；Kashiwada Y.等，J.Nat.Prod.61：1090-1095(1998)；Kashiwada Y.等，J.Nat.Prod.63：1619-1622(2002)；和Kashiwada Y.等，Chem.Pharm.Bull.48：1387-1390(2000)公开了二甲基琥珀酰桦木酸和二甲基琥珀酰齐墩果醇酸。用琥珀酸酯化白桦脂醇的3’碳产生能够抑制HIV-1活性的化合物(Pokrovakii，A.G.等，Gos.Nauchnyi Tsentr Virusol.Biotekhnol.“Vector，”9：485-491(2001))。
公开的国际申请No.WO02/26761公开了白桦脂醇及其类似物用于治疗真菌感染的用途。
存在对有效对抗病毒耐药株的新HIV抑制方法的需要。本发明的策略是提供以不同于已批准疗法的方式抑制病毒的治疗方法和化合物。
本发明的化合物和方法具有新的作用机理，因此对于对目前的逆转录酶和蛋白酶抑制剂耐药的HIV株是有活性的。因此，本发明提供了治疗HIV/ADIS的全新方法。
发明简述
总的说来，本发明提供了抑制方法，抑制性化合物和鉴定靶向HIV-1 Gag蛋白的蛋白酶解加工的抑制性化合物的方法。一实施方案中，这样的化合物可以直接或间接抑制蛋白酶与HIV-1 Gag蛋白的相互作用。另一实施方案中，这种相互作用的抑制通过化合物与Gag的结合来发生。通过3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸(DSB)来抑制HIV-1 Gag的CA-SP1蛋白的蛋白酶裂解是一个实例，但是可以通过相似的方法使用以与DSB与Gag相互作用所类似的方式与底物相互作用的抑制性化合物来靶向其他蛋白酶裂解位点。
本发明的另一方面涉及抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但是对其他Gag加工步骤没有影响的方法。
本发明进一步的方面涉及鉴定抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但是对其他Gag加工步骤没有影响的化合物的方法。
一方面中，本发明涉及由在此所公开的鉴定抑制HIV-1复制的化合物的方法所鉴定的化合物或药物组合物。
另一方面中，本发明涉及多核苷酸，该多核苷酸包括编码含有Gagp25蛋白突变的氨基酸序列的序列，所述突变导致3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸对p25加工成p24的抑制降低。本发明的这个方面还涉及含有所述多核苷酸的载体，病毒和宿主细胞，和制备所述蛋白的方法。
本发明进一步的方面涉及含有Gag p25蛋白中的突变的氨基酸序列，所述突变导致3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸对p25加工成p24的抑制降低。
本发明的另一方面涉及抗体，其选择性地结合含有Gag p25蛋白突变的氨基酸序列，所述突变导致3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸对p25加工成p24的抑制降低。还包括于本发明这个方面中的是制备所述抗体的方法，产生所述抗体的杂交瘤和制备所述杂交瘤的方法。
进一步的实施方案中，本发明涉及含有在此所公开的多核苷酸，多肽或抗体的试剂盒。
本发明进一步涉及抑制动物细胞中HIV-1感染的方法，通过将所述细胞接触阻断从处理的受感染细胞释放的病毒颗粒成熟的化合物。一实施方案中，所释放的病毒颗粒呈现非凝聚的核心和病毒膜附近特征性的薄电子致密层并具有降低的感染性。包括将动物细胞接触抑制病毒Gag p25蛋白的加工并破坏病毒颗粒成熟的化合物的方法。此外，包括处理HIV感染细胞的方法，其中感染所述细胞的HIV不响应其他HIV疗法。
本发明进一步包括鉴定抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但对其他Gag加工步骤没有显著影响的化合物的方法。该方法包括将HIV-1感染的细胞接触测试化合物，且此后分析释放的病毒颗粒来检测p25的存在。检测p25的方法包括病毒蛋白的蛋白质印迹和使用p25抗体的检测，凝胶电泳和经代谢标记的蛋白质的显象。检测p25的方法还包括使用针对p25或SP1(p2)的抗体或针对插入SP1序列中的表位标记的抗体的免疫测定。
本发明进一步涉及鉴定化合物的方法，包括将HIV-1感染的细胞接触化合物，此后通过薄切片和透射电子显微镜检分析接触细胞所释放的病毒颗粒，并确定是否存在具有非凝聚的核心和病毒膜附近特征性的薄电子致密层的病毒颗粒。
本发明还涉及通过上述筛选方法鉴定的化合物。另外的实施方案中，本发明涉及治疗患者HIV-1感染的方法，通过给药抑制病毒Gagp25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤的化合物。相关的实施方案中，这样的抑制可以伴随不同的可观察的表型。例如，抑制不必定显著降低从处理的受感染细胞释放的病毒粒体的数量；和/或所述抑制对引入释放的病毒粒体中的RNA量可能具有极少或无显著的影响；和/或所述抑制破坏了用所述化合物处理的受感染细胞释放的病毒粒体的成熟。相关的实施方案中，病毒粒体的结构可受到影响，且大部分从处理的受感染细胞释放的病毒粒体呈现出球形的电子致密核心，其相对于病毒颗粒而言是非中心的；和/或具有就位于病毒膜内的新月形的电子致密层；和/或具有降低的感染性或无感染性。
另外的实施方案中，本发明涉及治疗患者HIV-1感染的方法，通过给药抑制HIV蛋白酶与CA-SP1相互作用的化合物，其导致对病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)的抑制，但对其他Gag加工步骤没有显著影响。这样的抑制可以是直接的或间接的；和/或可以涉及所述化合物与病毒Gag蛋白的结合，使得HIV蛋白酶与CA-SP1的相互作用受到抑制。本发明还涉及治疗患者HIV的方法，使用在病毒Gagp25蛋白(CA-SP1)裂解成p24(CA)的位点处或附近结合的化合物，因此抑制HIV蛋白酶与CA-SP1切割位点的相互作用并导致对p25加工成p24的抑制。
其他实施方案中，本发明涉及治疗患者HIV-1感染的方法，通过给药抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)的化合物，其中所述化合物结合具有与选自以下的序列具有至少约40％，50％，60％，70％，80％，90％，95％或99％同一性或与其相同的氨基酸序列的多肽：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)；
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119).
其他实施方案中，本发明涉及治疗患者HIV-1感染的方法，通过给药抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)的化合物，其中所述化合物结合由与选自以下的多核苷酸具有至少约40％，50％，60％，70％，80％，90％，95％或99％同一性或与其相同的多核苷酸序列编码的多肽：
(a)SEQ ID NO：18的约核苷酸1243-1435；
(b)SEQ ID NO：19的约核苷酸1729-1920；
(c)SEQ ID NO：18的约核苷酸1344-1435；
(d)SEQ ID NO：19的约核苷酸1828-1920；
(e)SEQ ID NO：18的约核苷酸1370-1413；
(f)SEQ ID NO：19的约核苷酸1857-1899；
(g)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1419；
(h)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1905；
(i)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1434；和
(j)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1920。
另一方面中，本发明涉及通过给药化合物抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工的方法。相关实施方案中，这样的化合物结合具有与选自以下的序列具有至少约40％，50％，60％，70％，80％，90％，95％或99％同一性或与其相同的氨基酸序列的多肽：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)；
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119).
相关实施方案中，本发明涉及通过给药化合物来抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工的方法，其中所述化合物结合由与选自以下的多核苷酸具有至少约40％，50％，60％，70％，80％，90％，95％或99％同一性或与其相同的的多核苷酸序列编码的多肽：
(a)SEQ ID NO：18的约核苷酸1243-1435；
(b)SEQ ID NO：19的约核苷酸1729-1920；
(c)SEQ ID NO：18的约核苷酸1344-1435；
(d)SEQ ID NO：19的约核苷酸1828-1920；
(e)SEQ ID NO：18的约核苷酸1370-1413；
(f)SEQ ID NO：19的约核苷酸1857-1899；
(g)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1419；
(h)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1905；
(i)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1434；和
(j)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1920。
本发明可用于治疗用其他HIV-1疗法不能充分适当治疗的患者的HIV。因此，本发明还涉及治疗需要治疗的患者，其中感染所述细胞的HIV-1不响应其他HIV-1疗法。另一实施方案中，本发明的方法在感染对用于治疗HIV感染的药物耐药的HIV的对象上实施。一种应用中，HIV对蛋白酶抑制剂，聚合酶抑制剂，核苷类似物，疫苗，结合抑制剂，免疫调节剂或任何其他抑制剂耐药。另一实施方案中，本发明的方法在感染对用于治疗HIV感染的药物耐药的HIV的对象上实施，这些药物选自齐多夫定(zidovudine)，拉米夫定(lamivudine)，去羟肌苷(didanosine)，扎西他宾(zalcitabine)，司他夫定(stavudine)，阿巴卡韦，奈韦拉平，地拉韦定，恩曲他宾，依法韦伦，沙喹那韦，利托那韦，茚地那韦，奈非那韦，替诺福韦，安普那韦，阿德福韦(adefovir)，atazanavir，福沙那韦，羟基脲，AL-721，聚肌胞，丁基化羟基甲苯；聚甘露乙酸酯，澳栗精胺(castanospermine)；contracan；creme pharmatex，CS-87，喷昔洛韦(penciclovir)，泛昔洛韦(famciclovir)，阿昔洛韦(acyclovir)，cytofovir，更昔洛韦(ganciclovir)，硫酸葡聚糖，D-青霉胺膦酰甲酸三钠，梭链孢酸，HPA-23，二氟甲基鸟氨酸(eflronithine)，壬苯醇醚(nonoxynol)，戊烷脒羟乙基磺酸盐，肽T，苯妥英，异烟肼，病毒唑，利福布丁(rifabutin)，安莎霉素，三甲曲沙(trimetrexate)，SK-818，苏拉明，UA001及其组合。
本发明的化合物还可以用作疗法组合的一部分。因此，一方面中本发明涉及治疗患者HIV的方法，其中对所述患者给药所述化合物并联合至少一种抗病毒剂。合适的抗病毒剂包括，但不限于：齐多夫定，拉米夫定，去羟肌苷，扎西他宾，司他夫定，阿巴卡韦，奈韦拉平，地拉韦定，恩曲他宾，依法韦伦，沙喹那韦，利托那韦，茚地那韦，奈非那韦，安普那韦，替诺福韦，阿德福韦，atazanavir，福沙那韦，羟基脲，AL-721，聚肌胞，丁基化羟基甲苯；聚甘露乙酸酯，澳栗精胺；contracan；creme pharmatex，CS-87，喷昔洛韦，泛昔洛韦，阿昔洛韦，cytofovir，更昔洛韦，硫酸葡聚糖，D-青霉胺膦酰甲酸三钠，梭链孢酸，HPA-23，二氟甲基鸟氨酸，壬苯醇醚，戊烷脒羟乙基磺酸盐，肽T，苯妥英，异烟肼，病毒唑，利福布丁(rifabutin)，安莎霉素，三甲曲沙，SK-818，苏拉明，UA001，enfuvirtide，gp41-衍生的肽，CD4的抗体，可溶性CD-4，含有CD4的分子，CD4-IgG2及其组合。另一实施方案中，对患者给药所述化合物并联合免疫调节剂，抗癌剂，抗细菌剂，抗真菌剂或其组合。
本发明还涉及化合物。这样的化合物可用于以下方法中：治疗感染HIV患者的方法；用于抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP)加工成p24(CA)的方法，或用于处理人血液和人血液制品的方法。这样可用于本发明中的化合物包括，但不限于，二甲基琥珀酰桦木酸或二甲基琥珀酰白桦脂醇的衍生物，或选自3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸，3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)白桦脂醇，3-O-(3’，3’-二甲基戊二酰)白桦脂醇，3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)二氢桦木酸，3-O-(3’，3’-二甲基戊二酰)桦木酸，(3’，3’-二甲基戊二酰)二氢桦木酸，3-O-二乙醇酰-桦木酸，3-O-二乙醇酰-二氢桦木酸及其组合。
本发明的化合物可以单独使用，或和其他的化合物一起给药，其他的化合物包括齐多夫定，拉米夫定，去羟肌苷，扎西他宾，司他夫定，阿巴卡韦，奈韦拉平，地拉韦定，恩曲他宾，依法韦伦，沙喹那韦，利托那韦，茚地那韦，奈非那韦，安普那韦，替诺福韦，阿德福韦，atazahavir，福沙那韦，羟基脲，AL-721，聚肌胞，丁基化羟基甲苯；聚甘露乙酸酯，澳栗精胺；contracan；creme pharmatex，CS-87，喷昔洛韦，泛昔洛韦，阿昔洛韦，cytofovir，更昔洛韦，硫酸葡聚糖，D-青霉胺膦酰甲酸三钠，梭链孢酸，HPA-23，二氟甲基鸟氨酸，壬苯醇醚，戊烷脒羟乙基磺酸盐，肽T，苯妥英，异烟肼，病毒唑，利福布丁(rifabutin)，安莎霉素，三甲曲沙，SK-818，苏拉明，UA001，enfuvirtide，gp41-衍生的肽，CD4的抗体，可溶性CD-4，含有CD4的分子，CD4-IgG2及其组合；抗病毒剂，免疫调节剂，抗癌剂，抗细菌剂，抗真菌剂或其组合。
进一步的实施方案中，本发明涉及处理人血液制品的方法，包括将所述血液制品接触抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)的化合物。一方面中，所述化合物不显著影响其他Gag加工步骤。该方法的相关实施方案中，所述抑制不显著减少从处理的受感染细胞中释放的病毒粒体数量；和/或对引入释放的病毒粒体中的RNA量很少或没有显著影响；和/或抑制了从使用所述的化合物处理的受感染细胞释放的病毒粒体的成熟；和/或影响病毒形态。这样对于病毒形态的影响包括，但不限于：从处理的受感染细胞释放的病毒粒体呈现相对于病毒颗粒而言非中心的球形电子致密核心；和/或具有就位于病毒膜内的新月形电子致密层；和/或具有降低的感染性或无感染性。相关的实施方案中，该方法包括给药抑制HIV蛋白酶与CA-SP1相互作用的化合物，其导致对病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)的抑制，但是对其他Gag加工步骤没有显著影响。这可通过直接或间接抑制HIV蛋白酶与CA-SP1的相互作用；和/或可以涉及所述化合物结合到病毒Gag蛋白使得HIV蛋白酶与CA-SP1的相互作用受到抑制；和/或所述化合物在病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)裂解成p24(CA)的切割位点处或附近结合，从而抑制HIV蛋白酶与CA-SP1切割位点的相互作用，并导致对p25加工成p24的抑制。
进一步的实施方案中，本发明涉及处理人血液制品的方法，包括将所述血液制品接触抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)的化合物，其中所述化合物结合具有与选自以下的序列具有至少约40％，50％，60％，70％，80％，90％，95％或99％同一性或与其相同的氨基酸序列的多肽：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)；
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119).
相关实施方案中，本发明涉及处理人血液制品的方法，包括将所述血液制品接触抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)的化合物，其中所述化合物结合由与选自以下的多核苷酸具有至少约40％，50％，60％，70％，80％，90％，95％或99％同一性或与其相同的多核苷酸序列编码的多肽：
(a)SEQ ID NO：18的约核苷酸1243-1435；
(b)SEQ ID NO：19的约核苷酸1729-1920；
(c)SEQ ID NO：18的约核苷酸1344-1435；
(d)SEQ ID NO：19的约核苷酸1828-1920；
(e)SEQ ID NO：18的约核苷酸1370-1413；
(f)SEQ ID NO：19的约核苷酸1857-1899；
(g)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1419；
(h)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1905；
(i)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1434；和
(j)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1920。
本发明还包括鉴定抑制HIV-1复制的化合物的方法。因此，本发明还包括鉴定抑制动物细胞中HIV-1复制的化合物的方法，包括：将包括CA-SP1切割位点的Gag蛋白接触测试化合物；加入在CA-SP1切割位点附近选择性结合的经标记物质；并测量测试化合物和经标记物质与CA-SP1切割位点结合之间的竞争。该方法进一步的实施方案中，化合物通过结合靶位点抑制HIV-1蛋白酶与所述的靶位点的相互作用。
这些方法还包括这样的实施方案，其中CA-SP1切割位点区域包含于多肽片段或重组肽内；和/或其中经标记物质是标记的对CA-SP1特异性的抗体，并测量测试化合物存在下结合蛋白的标记抗体量与对照相比较的改变。标记包括，但不限于，酶，荧光物质，化学发光物质，辣根过氧化物酶，碱性磷酸酶，生物素，抗生物素蛋白，电子致密物质，放射性同位素及其组合。
一实施方案中，鉴定抑制动物细胞中HIV-1复制的化合物的方法还包括，测量测试化合物存在下结合蛋白质的经标记3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸的量与对照相比较的改变，且其中经标记物质是3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸。
可供选择的实施方案中，本发明包括鉴定抑制动物细胞中HIV-1复制的化合物的方法，其包括：在测试化合物存在下将包括CA-SP1切割位点的多肽接触蛋白酶。优选，蛋白酶与HIV-1蛋白酶有关，或是HIV蛋白酶。一实施方案中，该方法包括：在测试化合物的存在下将包括野生型CA-SP1切割位点的多肽接触蛋白酶，还在测试化合物存在下将包括突变CA-SP1切割位点的多肽或包括另一可供选择的蛋白酶切割位点的蛋白质接触HIV-1蛋白酶，检测裂解，并将天然野生型多肽的裂解量与突变多肽的裂解量或包括可供选择的蛋白酶切割位点的蛋白质的裂解量相比较。该方法的相关方面中，野生型CA-SP1或突变CA-SP1或可供选择的蛋白酶切割位点区域包含于多肽片段或重组肽内。进一步相关的方面中，用荧光部分和荧光淬灭部分来标记多肽，这两个部分各自结合CA-SP1切割位点的相对侧，且其中所述检测包括测量荧光部分发出的信号。另一相关的实施方案中，用两个荧光部分来标记多肽，其各自结合CA-SP1切割位点的相对侧，且其中所述检测包括测量测试化合物存在下荧光能量从一个部分至另一部分的转移。进一步的实施方案中，通过测量结合SP1或p24(CA)的标记抗体的量来检测测试化合物对多肽裂解的作用。相关方面中，用选自酶、荧光物质、化学发光物质、辣根过氧化物酶，碱性磷酸酶，生物素，抗生物素蛋白，电子致密物质，放射性同位素及其组合的分子来标记结合CA的标记抗体或结合SP1的抗体。
本发明还涉及鉴定抑制动物细胞中HIV-1复制的化合物的方法。一实施方案中，该方法包括：将测试化合物接触野生型病毒分离株感染的细胞，和接触对3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸具有显著降低的敏感性的病毒分离株感染的细胞；并选择与对3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸具有显著降低敏感性的病毒分离株相比较更有效对抗野生型病毒分离株的测试化合物。另一实施方案中，该方法包括将HIV-1感染的细胞接触测试化合物；将感染的细胞或释放的病毒颗粒裂解来形成裂解物，并分析裂解物来确定是否已经发生了CA-SP1蛋白的裂解。该后一实施方案中，所述分析可包括测量p25的存在与否，和或进行病毒蛋白质的蛋白质印迹并使用p25的抗体来检测p25；和/或进行病毒蛋白的凝胶电泳和代谢标记蛋白质的显像；和/或进行免疫测定。可以通过本领域已知的任何方法来进行这样的免疫测定，包括，但不限于：
(a)使用选择性结合p24的抗体在基质上捕获p25和p24；和
(b)使用选择性结合p25的抗体来检测基质上p25的存在与否。本发明还包括本领域技术人员显而易见的对上述测定的改进。
进一步的实施方案中，根据本发明鉴定化合物的方法包括使用插入SP1中的表位标记序列并使用表位标记的抗体来进行p25的选择性检测。
本发明还涉及鉴定抑制动物细胞中HIV-1复制的化合物的方法，包括：将HIV-1感染的细胞接触测试化合物，此后使用透射电子显微镜来分析病毒颗粒。这样的分析包括，例如，寻找相对于病毒颗粒而言非中心的球形核心的存在；和/或具有恰位于病毒膜内的新月形的电子致密层。
其他方面中，本发明涉及分离的多核苷酸，包括编码含有HIV Gagp25蛋白(CA SP1)中的突变的氨基酸序列的序列，所述突变导致3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸(DSB)对p25(CA-SP1)加工成p24(CA)的抑制降低。这种对p25加工的抑制可能是由于对HIV蛋白酶和Gag相互作用抑制的降低；和/或3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸和Gag结合的降低；和/或DSB在Gag的CA-SP1切割位点处或附近的结合降低。合适的多核苷酸还包括那些编码在CA-SP1切割位点处或附近的突变或在CA-SP1的SP1结构域中的突变；和/或那些编码在氨基酸序列G/SHKARV/ILAEAMSQV(SEQ ID NO：1)处或附近的突变；和/或那些编码氨基酸序列GHKARVLVEAMSQV(SEQ ID NO：2)或SHKARILAEVMSQV(SEQ ID NO：3)；和/或分离的多核苷酸，其选自SEQID NO：4，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：9；和/或与选自SEQ ID NO：4和SEQ ID NO：6的多核苷酸具有至少约95％同一性；和/或与选自SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：9的多核苷酸具有至少约80％同一性；和/或与选自SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：7的多核苷酸具有至少约95％同一性；和/或与SEQ ID NO：10的多核苷酸具有至少约80％同一性。其他实施方案中，多核苷酸与以上所列的多核苷酸序列具有至少约40％，50％，60％，70％，80％，90％，95％，99％同一性或与之相同。
本发明还涉及含有如上所述的这类多核苷酸的载体；含有这样载体的宿主细胞；和生产多肽的方法，包括在培养基中培养含有这样载体的宿主细胞并从所述培养基中回收多肽。
一实施方案中，本发明涉及抗体。这样的抗体可以结合具有与选自以下的序列具有至少约40％，50％，60％，70％，80％，90％，95％或99％同一性或与之相同的氨基酸序列的多肽：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)；
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119).
进一步相关的实施方案中，本发明涉及抗体，其结合由与具有选自以下的序列的多核苷酸具有至少约40％，50％，60％，70％，80％，90％，95％或99％同一性或与之相同的多核苷酸序列编码的多肽：
(a)SEQ ID NO：18的约核苷酸1243-1435；
(b)SEQ ID NO：19的约核苷酸1729-1920；
(c)SEQ ID NO：18的约核苷酸1344-1435；
(d)SEQ ID NO：19的约核苷酸1828-1920；
(e)SEQ ID NO：18的约核苷酸1370-1413；
(f)SEQ ID NO：19的约核苷酸1857-1899；
(g)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1419；
(h)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1905；
(i)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1434；和
(j)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1920。
一实施方案中，抗体结合HIV-1 Gag多肽的CA-SP1区域的氨基酸，其中所述氨基酸包括：SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)或GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)。
一实施方案中，本发明涉及抑制3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸与Gag多肽的CA-SP1区域结合的抗体。
本发明还涉及突变的HIV-1病毒。一个这样的实施方案中，本发明是分离的突变重组HIV-1病毒，其中所述病毒中的病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)不受到3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸的显著抑制。相关实施方案中，该病毒不受3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸的抑制。另一实施方案中，3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸不抑制该病毒中蛋白酶与Gag多肽的相互作用。另一实施方案中，该病毒不结合3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸。进一步的实施方案中，本发明涉及病毒，其中CA-SP1区域的氨基酸由可供选择的氨基酸替代，或将氨基酸添加至CA-SP1区域，或其中删除了氨基酸。一实施方案中，从CA-SP1区域中的AEAMSQV(SEQ ID NO：26的氨基酸no.8-14)氨基酸序列删除一个或多个氨基酸。
突变病毒可用于本文别处所述的本发明的方法中。例如，这样的病毒可用于鉴定抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)的化合物的方法中，该方法包括与以上概述的突变病毒的复制相比较，比较所述化合物抑制HIV-1复制的能力。可以在细胞中，或在动物中，或在体外检测这样的抑制。
本发明还涉及对3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸敏感的非HIV-1逆转录病毒。一些实施方案中，所述逆转录病毒编码CA-SP1多肽，该多肽具有在CA-SP1切割位点处或附近包括序列AEAMSQV(SEQ IDNO：26的氨基酸no.8-14)的氨基酸序列。另一实施方案中，逆转录病毒编码CA-SP1多肽，该多肽具有在CA-SP1切割位点处或附近包括序列VLAEAMSQV(SEQ ID NO：26的氨基酸no.6-14)的氨基酸序列。另一实施方案中，逆转录病毒编码CA-SP1多肽，该多肽具有在CA-SP1切割位点处或附近包括序列GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)的氨基酸序列；另一实施方案中，逆转录病毒包括与由SEQ ID NO：26，SEQ IDNO：90；SEQ ID NO：92；SEQ ID NO：94；SEQ ID NO：96或SEQ ID NO：98的多核苷酸编码的序列具有至少60％，70％，80％，90％同一性或与之相同的氨基酸序列；另一实施方案中，逆转录病毒包括与SEQ ID NO：91；SEQ ID NO：93；SEQ ID NO：95；SEQ ID NO：97或SEQ ID NO：99的序列具有至少60％，70％，80％，90％同一性或与之相同的氨基酸序列。另一实施方案中，逆转录病毒包括与SEQ ID NO：90；SEQ ID NO：92；SEQID NO：94；SEQ ID NO：96或SEQ ID NO：98的序列具有至少70％，80％，90％同一性或与之相同的核酸序列。
本发明该实施方案的逆转录病毒包括，但不限于，HIV-2，HTLV-I，HTLV-II，SIV，禽类白血病病毒(ALV)，内源性禽类逆转录病毒(EAV)，小鼠乳房肿瘤病毒(MMTV)，猫免疫缺陷病毒(FIV)，牛免疫缺陷病毒(BIV)，山羊关节炎脑炎病毒(CAEV)，Visna-maedi病毒或猫白血病病毒(FeLV)。
相关实施方案中，本发明涉及制造对DSB敏感的重组非HIV-1慢病毒的方法。该方法包括：从所述慢病毒的基因组中删除对应于HIV-1中SEQ ID NO：18的核苷酸1370-1413的核苷酸；并将SEQ ID NO：18的核苷酸1370-1413或SEQ ID NO：19的核苷酸1857-1899插入所述非HIV-1慢病毒的所述区域中。
图10中描绘了以前或现在是或可通过这种方法构建的嵌合慢病毒的实例。
这样的病毒可以用于本文别处所述的本发明的方法中。例如，这样的重组非HIV-1慢病毒可以用于鉴定抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)的化合物的方法中，该方法包括比较所述化合物抑制野生型非HIV-1慢病毒与其DSB-敏感性重组变体的复制的能力。所述抑制可发生于细胞中；在动物中；或体外。
本发明还涉及慢病毒感染的动物模型，包括用对3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸敏感的慢病毒感染的合适的非人动物宿主。这样的实施方案中，慢病毒可包括，但不限于SIV；FIV；EIAV；BIV；CAEV和Visna-Maedi病毒。
本发明还涉及分离的多肽。一实施方案中，本发明涉及含有HIVCA-SP1蛋白突变的多肽，所述突变导致3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸对p25加工的抑制降低。相关实施方案中，该多肽由含有位于或接近CA-SP1切割位点的突变或SEQ ID NO：5，SEQ ID NO：7或SEQ IDNO：10编码的SP1结构域中的突变的多核苷酸编码和/或由选自SEQ IDNO：4，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：9的多核苷酸编码；和/或包括选自GHKARVLVEAMSQV(SEQ ID NO：2)或SHKARILAEVMSQV(SEQ ID NO：3)的序列；和/或由严谨条件下与选自SEQ ID NO：5，SEQ ID NO：7和10的多核苷酸杂交的分离的多核苷酸编码；和/或是嵌合或融合蛋白的一部分。
本发明还涉及选择性结合含有HIV CA-SP1蛋白突变的氨基酸序列的抗体，该突变导致3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸对p25(CA-SP1)加工成p24(CA)的抑制降低。一个这样的实施方案中，抗体选择性地结合位于或接近CA-SP1切割位点的突变或CA-SP1的SP1结构域中的突变；另一实施方案中，抗体选择性地结合包括选自GHKARVLVEAMSQV(SEQ ID NO：2)或SHKARILAEVMSQV(SEQ ID NO：3)的序列的突变；另一实施方案中，抗体选择性地结合选自SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3的氨基酸序列。
另一实施方案中，本发明涉及选择结合SP1但不结合CA-SP1的抗体；另一选择性地结合CA-SP1但不结合CA的抗体；另一选择性地结合CA但不结合CA-SP1的抗体；和进一步的在CA-SP1切割位点处或附近选择性地结合的抗体。
本发明还涉及通过在此说明的任何一种方法鉴定的化合物。一实施方案中，化合物不是选自3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸，3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)白桦脂醇，3-O-(3’，3’-二甲基戊二酰)白桦脂醇，3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)二氢桦木酸，3-O-(3’，3’-二甲基戊二酰)桦木酸，(3’，3’-二甲基戊二酰)二氢桦木酸，3-O-二乙醇酰-桦木酸，3-O-二乙醇酰-二氢桦木酸及其组合的化合物。
本发明还涉及药物组合物。一实施方案中，药物组合物包括二甲基琥珀酰桦木酸或二甲基琥珀酰白桦脂醇的衍生物；另一实施方案中，药物组合物包括选自3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸，3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)白桦脂醇，3-O-(3’，3’-二甲基戊二酰)白桦脂醇，3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)二氢桦木酸，3-O-(3’，3’-二甲基戊二酰)桦木酸，(3’，3’-二甲基戊二酰)二氢桦木酸，3-O-二乙醇酰-桦木酸，3-O-二乙醇酰-二氢桦木酸及其组合的化合物。另一实施方案中，药物组合物包括一种或多种根据不是另外列出的本发明的方法鉴定的化合物；或其任何药物学上可接受的盐、酯或前体药物，和药物学上可接受的载体。另一实施方案中，药物组合物进一步包括抗病毒剂，其可包括以下的任何一种：齐多夫定，拉米夫定，去羟肌苷，扎西他宾，司他夫定，阿巴卡韦，奈韦拉平，地拉韦定，恩曲他宾，依法韦伦，沙喹那韦，利托那韦，茚地那韦，奈非那韦，替诺福韦，安普那韦，阿德福韦，atazanavir，福沙那韦，羟基脲，AL-721，聚肌胞，丁基化羟基甲苯；聚甘露乙酸酯，澳栗精胺；contracan；creme pharmatex，CS-87，喷昔洛韦，泛昔洛韦，阿昔洛韦，cytofovir，更昔洛韦，硫酸葡聚糖，D-青霉胺膦酰甲酸三钠，梭链孢酸，HPA-23，二氟甲基鸟氨酸，壬苯醇醚，戊烷脒羟乙基磺酸盐，肽T，苯妥英，异烟肼，病毒唑，利福布丁(rifabutin)，安莎霉素，三甲曲沙，SK-818，苏拉明，UA001，其组合，任何其他的抗病毒剂，免疫调节剂，抗癌剂，抗真菌剂，抗细菌剂或其组合。
本发明还涉及确定个体是否受到对通过抑制p25加工的化合物治疗敏感的HIV-1感染的方法。一实施方案中，该方法包括从患者取血，将病毒RNA进行基因分型，并测定病毒RNA在编码CA-SP1切割位点区域的序列中是否含有突变。
本发明还涉及治疗有此需要的患者的疾病的方法，包括：
鉴定抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但对其他Gag加工步骤没有显著影响的化合物；
获得销售和使用所述化合物的法规许可；
将化合物包装用于销售和治疗有此需要的患者的疾病。
附图简述
图1.50μg/mL浓度的DSB没有破坏HIV-1蛋白酶的活性。在含有DSB的样品中，重组Gag得到了正确加工。相反，5μg/mL的茚地那韦阻断了蛋白酶活性，如通过不存在对应于p24和MA-CA前体的条带来证明。
图2.在DSB(1μg/mL)，茚地那韦(1μg/mL)或对照(DMSO)存在下，源自慢性感染的H9/HIV-1IIIB，H9/HIV-2ROD和H9/SIVmac251的病毒粒体相关Gag的蛋白质印迹。使用HIV-Ig(HIV-1)或猴子抗SIVmac251血清(HIV-2和SIV；NIH AIDS Research and ReferenceReagent)来显现Gag蛋白。
图3.DSB处理的HIV-1感染细胞的EM分析。EM数据显示出DSB处理的和未处理样品之间的两个主要差异。在DSB存在下产生的病毒粒体的特征在于不存在圆锥形的成熟核心。这些样品中，核心一律为球形的并通常是非中心的(acentric)。其次，许多病毒粒体在脂质双层内但在核心外呈现了电子致密层(DSB处理样品图中用箭头来指示)。DSB处理样品中，没有观察到成熟病毒颗粒。
图4描述了DSB敏感HIV-1分离株NL4-3和RF(#1；SEQ ID NO：1)和DSB-抗性HIV-1分离株(#2；SEQ ID NO：2(NL4-3)，和#3；SEQID NO：3(RF))的CA-SP1切割位点区域中的氨基酸序列。天然和DSB-抗性序列之间的差别涉及距CA-SP1切割位点(-|-)第一个下游残基处丙氨酸至缬氨酸改变(#2)和第三个下游残基中丙氨酸至缬氨酸的改变(#3)。为了易于识别，将这些残基标下划线并加粗。
图5描绘了A364V DSB抗性NL4-3突变体的+有义共有序列(SEQID NO：4)，始于gag开始并持续至pol，包括完整的蛋白酶编码区域。将野生型NL4-3 GENBANK M19921序列中没有发现的错义突变加粗和灰色阴影。将共有CA-SP1切割位点区域的编码序列标下划线。包括切割位点的阴影区域表示SP1序列。第一个突变是A364V突变。
在亲本克隆中还发现了第二个氨基酸改变(蛋白酶中)并证实对应于原始GENBANK登录中的测序错误。因此，在蛋白酶中实际上没有发生突变。
图6描绘了DSB-敏感NL4-3亲本分离株的+有义共有序列(SEQID NO：5)，该分离株在药物不存在下与A364V突变体分离株平行传代。
图7描述了A366V DSB-抗性HIV-1 RF突变体的+有义共有序列(SEQ ID NO：6)，始于gag开始并持续至pol，包括完整的蛋白酶编码区域。以灰色阴影显示野生型HIV-1RF GRNBANK M17451序列中没有发现的错义突变。将CA-SP1切割位点的区域标下划线。在同样传代的DSB-敏感分离株中没有也发现的唯一错义突变是CA-SP1切割位点中的A366V突变。
图8描绘了DSB-敏感HIV-1 RF亲本分离株的+有义共有序列(SEQID NO：7)，该分离株在药物不存在下与A366V突变体分离株平行传代。
图9描绘了多核苷酸序列，SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：9，其编码在此各自指定为SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3的多肽。SEQ UD NO：10和12描绘了编码指定为SEQ ID NO：1的亲本多肽序列的核苷酸序列。SEQ ID NO：1是基于NL4-3和RF的区域序列的共有序列。
图10：
10A.慢病毒的CA-SP1区域中的氨基酸序列。(各自为SEQ IDNO：13；SEQ ID NO：11；SEQ ID NO：14；SEQ ID NO：15；SEQ ID NO：20；SEQ ID NO：27；SEQ ID NO：28；SEQ ID NO：29；SEQ ID NO：30；SEQ IDNO：30)。
10B：HIV-1株RF(SEQ ID NO：11)和NL4-3(SEQ ID NO：13)中CA-SP1区域的氨基酸序列。
10C-10D：嵌合SIV的gag基因的核苷酸序列。将编码CA-SP1切割位点的七个上游氨基酸和七个下游氨基酸的42个核苷酸序列标下划线并加粗。
10E-H根据本发明制备的嵌合FIV，EIAV和BIV的gag基因的核苷酸序列。将编码CA-SP1切割位点的七个上游氨基酸和七个下游氨基酸的42个核苷酸序列标下划线并加粗(核苷酸序列：SEQ ID NO：16；氨基酸序列SEQ ID NO：17)。
10F.含有HIV CA-SP1区域的嵌合猫免疫缺陷病毒(FIV)的GAG基因的核苷酸序列：嵌合FIV-GAG基因核苷酸1-1353对应于嵌合FIV基因组中的核苷酸628-1980。核苷酸序列SEQ ID NO：94编码氨基酸SEQ ID NO：95。
10G.含有HIV1 CA-SP1区域的嵌合马传染性贫血病病毒(EIAV)的GAG基因的核苷酸序列：嵌合EIAV-GAG基因核苷酸1-1587对应于嵌合EIAV基因组中的核苷酸450-1910。核苷酸SEQ ID NO：96编码氨基酸SEQ ID NO：97。
10H.含有HIV1 CA-SP1区域的嵌合牛免疫缺陷病毒(BIV)的GAG基因的核苷酸序列：嵌合BIV-GAG基因核苷酸1-1471对应于嵌合BIV基因组中的核苷酸316-1746。核苷酸SEQ ID NO：98编码氨基酸SEQ IDNO：99。
图11：PA-457(DSB)抗性突变体的复制动力学。
图12：用于鉴定DSB活性必需残基的NL4-3范围内的连续SP1点缺失。显示了NL4-3中SP1结构域的氨基酸序列。“Δ”表示缺失而“-”意思是点缺失突变体和NL4-3之间相同的残基(各自为SEQ IDNO：13；SEQ ID NO：33；SEQ ID NO：34；SEQ ID NO：35；SEQ ID NO：36；SEQ ID NO：85；SEQ ID NO：86；SEQ ID NO：87；SEQ ID NO：88；SEQ IDNO：89；SEQ ID NO：100；SEQ ID NO：101；SEQ ID NO：102；SEQ ID NO：103)。
图13.点缺失突变体的颗粒生产和感染性的概述。
图14.在DSB的存在(+)和不存在(-)下，含有SP1点缺失的病毒的蛋白质印迹。
图15.SIVmac 239主链中的HIV-1 CA-SP1残基VL-AEAMSQV(SEQID NO：32)置换使得SIVmac239对DSB敏感(各自为SEQ ID NO：14；SEQ ID NO：15；SEQ ID NO：20；SEQ ID NO：27；SEQ ID NO：28；SEQ IDNO：13)。
(上图)显示了SIVmac 239，HIV-1 NL4-3和一系列其中插入各种NL4-3残基(下划线)的SIV突变体的CA-SP1切割位点附近的氨基酸序列(包括完整的SP1区域)。虚线(“-”)表示残基与SIVmac239中的那些相同。
(下图)显示了该系列病毒在DSB存在(+)或不存在(-)下CA和CA-SP1蛋白的蛋白质印迹。
图16：慢病毒CA-SP1区域中的序列保守。克隆策略：将HIV-1特异性CA-SP1残基置换至FIV、EIAV或BIV相应的Gag区域中。
图17.用表位标记的HIV-1 NL4-3 SP1。显示了含有插入的肽标记的SP1肽的序列。“Δ”表示缺失的残基和“-”表示与NL4-3 SP1中相同的残基。(图17(1)；各自为SEQ ID NO：15；SEQ ID NO：104；SEQ ID NO：105；SEQ ID NO：106；SEQ ID NO：107)；(图17(2)；各自为SEQ ID NO：15；SEQ ID NO：108；SEQ ID NO：109)；(图17(3)；各自为SEQ ID NO：15；SEQ ID NO：110；SEQ ID NO：111)；(图17(4)；各自为SEQ ID NO：15；SEQ ID NO：112；SEQ ID NO：113；SEQ ID NO：114)；(图17(5)；各自为SEQ ID NO：15；SEQ ID NO：115)。
图18A-C：HIV-1株RF多核苷酸序列。将Gag多蛋白的核苷酸序列标下划线并加粗。将编码CA-SP1切割位点的七个上游氨基酸和七个下游氨基酸的42个核苷酸序列用绿色突出。将CA中切割位点上游的另外129个核苷酸(43个氨基酸残基)和SP1中剩余的21个核苷酸(七个氨基酸残基)突出。
图19A-E：HIV-1株NL4-3多核苷酸序列。将Gag多蛋白的核苷酸序列标下划线并加粗。将编码CA-SP1切割位点的七个上游氨基酸和七个下游氨基酸的42个核苷酸序列用绿色突出。将CA中切割位点上游的另外129个核苷酸(43个氨基酸残基)和SP1中剩余的21个核苷酸(七个氨基酸残基)突出。
图20：该研究中所用的SHIV的Gag蛋白和CA-SP1序列的图示。在序列列表的顶端和底部各自显示了SIV Mac239和HIV-1 NL4-3的CA-SP1切割位点两侧的序列。虚线(-)表示与亲本SIV MAC239相同的残基，(Δ)表示SHIV中缺失的SIV残基。
图21：小组1-3SHIV的Gag加工特征的蛋白质印迹分析。图21A显示了细胞相关病毒的Gag加工，而图21B显示了无细胞的病毒粒体的Gag加工特征。通过加号(+)来表示正常的Gag加工，而用减号(-)来表示缺陷的加工特征。
图22：1μg/ml的DSB对衣壳前体CA-SP1转化成成熟衣壳蛋白的作用的蛋白质印迹分析。图A中，使用恒定体积的细胞培养上清液获得用于蛋白质印迹的病毒。由于SHIV间病毒产生水平的差异，这导致病毒蛋白条带强度的可变性。图B显示了当提高用于蛋白质印迹分析的病毒蛋白量时所获得的Gag加工特征。在此只包括呈现正常Gag加工的SHIV。图A中的星号(*)表示不能看到在放射自显影中观察到的SHIV GI的微弱CA-SP1条带，然而，基于使用提高量的蛋白质进行分析时所观察到的结果，将该病毒的DSB敏感性评价为+/-(图B)。
图23A-H。HIV-1临床分离株中CA-SP1区域的比对，从“HIVSequence Compendium 2002”(HIV序列一览表2002)获得，Kuiken等编辑，Los Alamos National Laboratory，Los Alomos，NM。(www.hiv.lanl.gov)。
发明详述
本发明涉及抑制动物细胞中HIV-1复制的方法。更具体地，本发明涉及通过将感染的细胞接触抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24蛋白(CA)的化合物来抑制哺乳动物细胞中HIV-1复制的方法。更具体地，这样的化合物抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24蛋白(CA)而不显著影响其他Gag加工步骤。
“不显著影响其他Gag加工步骤的化合物”意思是目标化合物主要抑制p25加工成p24，但不必定排除对其他Gag加工步骤具有附加较小影响的可能性。
“显著的”或“显著地“，在没有另外定义时意思是与不存在化合物的过程相比较可观察的或可测量的改变。然而，不是所有可观察的或可测量的改变必定是显著的。
在本发明方法的实践中，还可观察到多种病毒表型。感染细胞与本发明化合物接触的一种结果是形成非感染性的病毒颗粒。可供选择地或另外地，感染细胞与抑制p25加工成p24的化合物的接触，导致非感染性病毒颗粒的形成，但其中不存在对其他Gag加工步骤的显著影响。这可能不显著降低从处理细胞释放的病毒量和/或对引入释放病毒粒体中的RNA量具有极小或没有显著影响。
因此，本发明还涉及抑制动物细胞中HIV-1感染的方法，包括将所述细胞接触上述抑制p25加工且还影响其他病毒表型的化合物。
已经表明CA-SP1裂解缺陷的突变病毒是非感染性的(Wiegers K.等，J.Virol.72：2846-2854(1998))。3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸(DSB)是破坏p25加工成p24且有效抑制HIV-1复制的化合物实例。该化合物的活性对p25加工成p24的步骤是特异性的，而不是Gag加工中的其他步骤。此外，DSB处理导致如图3中所示的异常HIV颗粒形态。
1.鉴定与对3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸敏感性相关的HIV-1决定因子
(a)DSB抗性HIV-1病毒的产生和选择
已经产生了HIV-1的突变形式，其中改变了CA-SP1切割位点区域中的氨基酸序列，降低了这些株对破坏CA-SP1加工的化合物的敏感性。关于这些突变病毒的数据已经用于鉴定野生型Gag中涉及这些化合物抗病毒活性的氨基酸残基。一实施方案中，破坏CA-SP1加工的化合物直接或间接抑制HIV-1蛋白酶与含有这些氨基酸残基的Gag蛋白区域的相互作用。另一实施方案中，破坏CA-SP1加工的化合物结合含有这些氨基酸残基的区域。如在此所用的，术语“结合”或“结合的”指的是结合或连接，包括，例如，离子相互作用，静电疏水相互作用，氢键等；还包括可能是共价的连接，例如，通过化学耦合。共价键可以是，例如，酯，醚，磷酸酯，硫酯，硫醚，尿烷，酰胺，胺，肽，亚酰胺，腙，酰肼，碳-硫键，碳-磷键等，术语“结合的”更宽泛并包括术语如“耦合的”，“缀合的”和“连接的”。
另一实施方案中，破坏CA-SP1加工的化合物结合Gag的另一个区域并因此抑制HIV-1蛋白酶与CA-SP1切割位点的区域的相互作用。另一实施方案中，含有CA-SP1切割位点区域突变的病毒或重组蛋白可以用于筛选试验中来鉴定破坏CA-SP1加工的化合物。
在一套实验中，通过将已经就对DSB抗性而选择的病毒分离株的gag-pol基因测序来鉴定HIV-1Gag中涉及3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸(DSB)破坏CA-SP1加工的氨基酸残基。将这些抗性病毒的氨基酸序列与DSB-敏感HIV-1分离株的gag-pol基因序列相比较。在DSB-抗性病毒中鉴定出两个单个氨基酸改变，残基364处(SEQ IDNO：4)丙氨酸(Ala)至缬氨酸(Val)的置换，和第二个分离株中，Gag多蛋白中的残基366处(SEQ ID NO：6)丙氨酸(Ala)至缬氨酸(Val)的置换(参见图4)。这些残基就位于CA-SP1切割位点的下游(在SP1的N-末端)。在Los Alamos National Laboratory数据库中所列的所有HIV-1亚型中，在这些位置丙氨酸是高度保守的。在各种亚型中CA-SP1切割位点上游和下游的五个氨基酸残基也是高度保守的。然而，在多个分化体中切割位点上游两个残基的位置异亮氨酸置换了缬氨酸(参考图4，SEQ ID NO：1)(“HIV Sequence Compendium2002”(HIV序列一览表2002)，Kuiken等编辑，Los Alamos NationalLaboratory，Los Alamos，NM)。
为了更大范围地将DSB抗性病毒基因决定因子作图，进行其他实验来体外选择药物抗性的病毒。在10-50ng/ml DSB存在或不存在下，用原病毒DNA克隆pNL4-3转染Jurkat T细胞(各5×105)的多个平行培养物。将细胞每两天传代，每次传代加入新鲜药物。通过测量培养物上清液中的逆转录酶活性来监测病毒复制。从选定时间点收集的培养物上清液中分离病毒，并通过RT-PCR来扩增基因组DNA，使用跨越CA N-端和RT N-端之间的编码区域的引物。然后使用相同组的引物将所扩增的产物进行测序。
一实验中，在DSB存在下培养的NL4-3病毒的SP1区域中鉴定出A366V突变(注释：编号相对于Gag多蛋白)。在进一步传代时，鉴定出含有CA中G357S突变以及SP1中A366V突变的双重突变体。之前在选择RF分离株的抗性变体的实验中鉴定出A366V突变。令人感兴趣的，野生型RF序列在CA的位置357还含有丝氨酸残基(图4)。因为DSB敏感分离株(如RF)中的这个位置存在丝氨酸，单独的CA G357S不足以赋予对DSB的抗性。为了测定这些突变中每个对药物抗性的贡献，通过定点诱变将A366V突变和A366V/G357S双突变重新工程化至野生型NL4-3主链中。将所得到的构建体转染至Jurkat T细胞中并在上述用于抗性选择的病毒复制试验中来表征。对转染细胞裂解物和释放至培养基中的病毒的SDFS-PAGE分析证明了A366V突变体Gag无效地加工和从细胞中释放(数据未显示)，因此即使在药物不存在下复制也非常差(图11)。然而，在DSB缺乏或存在下，A366V/G357S双突变体有效复制。这些数据表明抗性突变体A366V需要Gag CA区域中357位置的丝氨酸来补偿对病毒复制的不利影响(图11)。
进一步的实验中，产生了十个不同的抗性分离株。对这些分离株的测序鉴定出之前在抗性选择实验中没有看到的四个另外的突变，这些是CA中的H358Y，L363F和L363M，和Gag NC区域中的A402T。这些突变中没有一个存在于HIV-1分化体A-O的共有序列中，反映出DSB对抗HIV-1遗传不同分化体的活性宽度。在HIV-2的共有序列中发现CA中的L363M置换，其可以部分解释DSB对于HIV-1的特异性。
这些结果证明HIV-1中对DSB活性的特异性基因决定因子的存在，且这些决定因子集中围绕CA-SP1切割位点。
(a)用于鉴定DSB敏感性的病毒基因决定因子的HIV-1 NL4-3缺失和SIV插入研究
体外抗性选择实验的结果表明DSB HIV-1抑制活性的决定因子作图到CA-SP1切割位点两侧的Gag区域。为了更好地定义对DSB的病毒基因决定因子，采用HIV-1点缺失诱变和SIV插入研究来鉴定与化合物活性相关的特定氨基酸残基。如下进行研究。将开始于残基E365并持续至残基M377的单个残基缺失工程化至感染性HIV-1分子克隆NL4-3的SP1结构域中(图12)。测定这些点缺失对病毒颗粒产生、感染性、Gag加工和对DSB敏感性的作用。这些实验的结果用于鉴定CA-SP1切割位点区域中与DSB活性相关的Gag残基。将与活性相关的残基插入DSB-抗性病毒SIV(Mac 239分离株)的CA-SP1切割位点区域中来产生HIV-1，SIV嵌合病毒(SHIV)。将CA蛋白N-端的HIV-1残基的点置换引入该嵌合病毒直至鉴定出挽救DSB活性所必需的最小序列。认为获得DSB活性所需要的该最小序列是DSB活性的主要病毒基因决定因子。其可以表明DSB活性的分子决定因子。
1.方法：
(a)NL4-3单个点缺失突变体的构建
使用之前所述的PCR-连接-PCR(PLP)策略来产生单个点缺失构建体。将HIV-1 NL4-3质粒DNA用作模板来进行所有PCR反应，用于产生跨越完整Gag SP1结构域的点缺失，除了SP1的第一个残基。
将NL4-3用作模板使用Vent DNA聚合酶(NEB)来产生ΔE365，使用缺失-特异性下游引物(引物1)和通用上游引物(引物2)(表1)。源于此的片段称为第一个侧翼PCR片段。使用缺失-特异性上游引物(引物3)和通用下游引物(引物4)(表1)来扩增第二个侧翼片段。为了产生其他缺失构建体(ΔA366，ΔM367，ΔS368，ΔQ369，ΔV370，ΔT371，ΔN372，ΔP373，ΔA374，ΔT375，ΔI376和ΔM377)，通过改变对应于每个特定点缺失的缺失-特异性下游和上游引物(表1)来相似进行PCR程序。
这些平行的两个邻近的PCR片段各自凝胶纯化，使用T4多核苷酸激酶(NEB)来磷酸化，并使用T4 DNA连接酶(NEB)连接。在65℃灭活15分钟后，将连接反应用于随后的扩增，使用通用上游引物(引物2)和下游引物(引物4)。将该产物凝胶纯化，用SpeI和ApaI消化，然后连接至NL4-3原病毒DNA克隆的SpeI和ApaI位点。
将标准PCR条件用于上述反应中。这些包括，95℃变性1分30秒的一个循环，接着95℃变性30秒、60℃30秒和72℃30秒的30个循环。使用以下成分来建立PCR反应：
5μL 10×NEB耐热缓冲液
2μL 10mM dNTPs
1μL 100nM MgSO2
1μL 50pmol上游引物
1μL 50pmol下游引物
1μL 50ng/μL模板DNA
0.5μL Vent DNA聚合酶
38.5μL ddH2O
将10μL等分试样在1.0％的琼脂糖凝胶上跑胶来确保正确大小的产物得到扩增。然后用Qiaex II凝胶提取试剂盒(Qiagen)将PCR产物凝胶分离并纯化。在连接之前将凝胶纯化的两个邻近的PCR片段在以下反应中使用T4多核苷酸激酶(NEB)来各自磷酸化。如下建立磷酸化反应：
2μL 10×T4多核苷酸激酶缓冲液
2μL 10mM ATP
1μL T4多核苷酸激酶
15μL这两个邻近PCR片段中每个的凝胶纯化DNA
将反应在37℃温育1小时。在65℃灭活10分钟后，使用T4 DNA连接酶(NEB)在以下条件下将邻近的磷酸化PCR片段连接在一起：
3L 10×T4 DNA连接酶缓冲液
13μL两个邻近PCR片段中的每个
1μL T4 DNA连接酶
在16℃温育过夜后，将连接反应产物用于第二轮的PCR反应中来扩增跨越这两个邻近PCR产物的全长PCR片段。如上所述进行第二轮PCR反应，除了只使用通用上游引物(引物2)和下游引物(引物4)，再次，将10μL等份试样在琼脂糖凝胶上跑胶来确保正确的产物得到扩增。然后使用Qiaex II试剂盒将全长PCR片段凝胶分离并纯化。然后用SpeI和ApaI在以下条件下切割经纯化的全长PCR片段以及NL4-3：
2μL 10×NE缓冲液4(NEB)
1μL ApaI(NEB)
1μL SpeI(NEB)
16μL全长PCR产物(1μg)或NL4-3(500ng)
将上述限制酶消化混合物在37℃温育2小时。使用Qiaex II试剂盒将全长PCR产物和NL4-3质粒的消化DNA片段单独凝胶分离并纯化。使用T4 DNA连接酶在以下条件下连接消化的载体NL4-3和全长PCR片段：
1μL 10×T4 DNA连接酶缓冲液
1μL(25-50ng)经消化的NL4-3载体
7μL经消化的(200ng-400ng)消化的PCR片段(700bp)
1μL T4 DNA连接酶
将连接反应在16℃温育过夜，根据说明(Invitrogen)通过热休克将连接的产物转化入大肠杆菌(Escherila coli)Max EfficiencyStb12(Invitrogen)中。然后各自使用Taq染料脱氧终止子循环测序试剂盒(Applied Biosystems)通过自动化测序来筛选原病毒DNA克隆，使用内在引物(引物29和30)。验证突变后，将原病毒DNA克隆用于各种将来的研究中。
1.SIV嵌合突变体的构建
通过使用上述的PCR和克隆程序，使用SIVmac 239分子克隆产生一组带有NL4-3 CA-SP1边界区域的各种残基的SIV嵌合构建体。这些构建体及其CA-SP1边界区域中的氨基酸序列显示于图15中。SIVmac 239用于产生SIV DD和DE构建体。SIV DD构建体用于产生SIV DM。在PCR中通过改变各自对应于每种嵌合体的诱变上游和下游引物(表1)来产生不同的SIV嵌合构建体。将这些平行的两个邻近PCR片段中的每个凝胶纯化且不经磷酸化处理直接用于随后的扩增，使用通用上游引物(引物31)和下游引物(引物32)。将该产物凝胶纯化，用BamHI和SbfI纯化，然后连接入SIVmac 239原病毒DNA克隆的BamHI和SbfI位点。然后各自使用Taq染料脱氧终止子循环测序试剂盒(Applied Biosystems)通过自动化测序来筛选原病毒DNA克隆，使用内在引物(引物39)。验证突变后，将原病毒DNA克隆用于各种将来的研究中。
2.细胞培养和DNA转染
将HeLa细胞维持于DMEM(Invitrogen)中(10％FBS，100U/ml青霉素和100μg/ml链霉素)并在汇合时传代。将Jurkat细胞在RPMI1640(Invitrogen)(10％FBS，100U/ml青霉素和100g/ml链霉素)中培养且每两天或三天传代。
为了表征缺失或置换对病毒颗粒产生和Gag多蛋白加工的作用，使用FuGENE6转染试剂(Roche)将野生型HIV-1 NL4-3或SIVmac239和各自的突变原病毒DNA转染至HeLa细胞中。简而言之，在转染前一天将细胞以0.5×105每孔的浓度接种于6-孔平板(Corning)中以在转染那天达到60至80％汇合。对于每次转染，将3μl FuGENE 6稀释至100μl无血清DMEM中，接着加入1μg DNA。轻微混合后，将DNA-脂质复合物的混合物温和地逐滴加入含有2ml完全DMEM培养基的细胞中。转染后二十四小时，除去含有DNA-FuGENE 6复合物的培养基，将2ml新鲜DMEM加入转染细胞中。转染后48小时时，收集含有病毒颗粒的培养基并通过在Sorvall RT 6000B离心机中2,000rpm4℃离心20分钟来澄清。然后将含有病毒颗粒的上清液通过微离心机中的20％蔗糖垫13,000rpm4℃20分钟来浓缩，并将沉淀物重悬浮于裂解缓冲液中(150mM Tris-HCl，5％曲通X-100，1％去氧胆酸盐，pH8.0)。通过p24抗原捕获ELISA(ZeptoMetrix，Buffalo，NY)来测定野生型NL4-3和点缺失突变体的病毒颗粒的产生水平。
为了检测缺失或置换对Gag多蛋白加工的作用(在DSB不存在下)，进行了sDS-PAGE和蛋白质印迹。简而言之，将病毒蛋白在12％NuPAGEBis-Tris凝胶(Invitrogen)上分离并转移至硝基纤维素膜(Invitrogen)，接着在含有0.5％吐温和5％奶粉的PBS缓冲液中封闭。用HIV-1-感染患者的免疫球蛋白(HIV-Ig)(NIH AIDS research andreference reagent program)来温育膜并用山羊抗人辣根过氧化物酶(Sigma)来杂交。对于含有SIV蛋白的膜。用SIV-感染猴子的参照多克隆免疫血清(NIH AIDS Research and Reference ReagentProgram)来温育膜并用山羊抗猴辣根过氧化物酶(Sigma)来杂交。根据制造商提供的说明使用ECL系统(Amersham Pharmacis Biotech)来观察免疫复合物。
为了确定缺失或置换对DSB抑制CA-SP1加工的能力的作用，使用上述的程序用野生型HIV-1 NL4-3或SIVmac239及其各自的突变原病毒DNA来转染HeLa细胞。在整个培养中维持1μg/ml浓度的DSB和DMSO对照，如之前段落中所述的进行SDS-PAGE/蛋白质印迹，用于分析这些转染产生的病毒蛋白。
将每ml 50％-组织培养感染剂量(TCID50)用作每个缺失突变体的感染性的衡量指标。将HeLa细胞转染产生的突变病毒用于感染U87CD4.CXCR4细胞。将每种病毒原种以1∶10的起始稀释度重复测试三次，接着四倍连续稀释。在感染前一天将细胞以3×103细胞/孔的密度平板接种。在感染那天，从细胞平板中除去培养基并加入90μl稀释的病毒。在感染后第1，3和6天，从平板中取出病毒并加入200μl培养基。在感染后第6和8天，收集上清液用于p24 ELISA分析。根据Reed和Muench的方法(Aldovini A.和B.Walker 1990；DulbeccoR.1988)测定导致50％培养物受到感染的病毒稀释度(TCID50)。
3.结果
表征在Gag SP1结构域内含有连续点缺失的病毒(图12)的颗粒生产，感染性，Gag加工和对DSB的敏感性。将这些实验的结果用于鉴定与DSB活性相关的SP1残基。
如所预期的，点缺失对病毒颗粒产生的作用随着该改变距蛋白酶解切割位点的接近性而改变。这些实验的结果总结于图13中。在残基E366，A367和M368缺失的病毒受到最大影响，产生＜25％通常在野生型病毒感染中观察到的颗粒数目。体外感染性试验用于表征缺失突变体支持病毒复制的能力。这些实验表明E365至Q369五个位置中任一个的单个残基缺失导致产生非感染性或复制显著削弱的病毒(图13)。相反，开始于残基V370并远离CA-SP1切割位点延伸，没有一个表征的点缺失导致病毒感染性的降低(图13)。除了在位置I376和M377缺失的病毒，所有突变病毒呈现出正常或接近正常的Gag加工表型(图13)。这三套实验的结果允许设计并解释鉴定DSB活性的基因决定因子的实验。
在表征DSB对Gag加工晚期步骤即CA-SP1裂解的作用的实验中测定对DSB的敏感性。具体地，这些试验测量了DSB破坏CA-SP1加工的能力。如所看到的，例如，实施例8，DSB诱导的Gag加工中的缺陷与化合物抑制病毒复制的能力相关。这些实验的结果表明E365至V370六个位置中任一个的单个残基缺失显著降低DSB对CA-SP1加工的影响(图14)。相反，开始于残基T372并远离CA-SP1切割位点延伸，所有表征的点缺失对DSB诱导的CA-SP1加工破坏完全敏感(图14)。
与DSB活性相关的SP1残基由E365至V370的连续残基组成。
将残基A364至V370插入DSB-抗性逆转录病毒SIV(Mac 239分离株)中Gag SP1结构域的类似位置。另外，通过用HIV-1特异性残基累积置换SIV中发现的残基来改变该嵌合病毒的CA蛋白的N-端。该方法概述于图5中。接着，测定DSB对每个嵌合病毒Gag加工表型的作用。如图15中所示的，SIV.DM病毒展示出表明对DSB敏感性的Gag加工表型。因此，SHIV中恢复DSB活性需要插入的HIV-1 CA-SP1特异性残基的最小序列从V362延伸至V370。
表1.PCR诱变引物
| 引物No. | 序列(5’至3’) | 构建体 | PCR应用 |
| 1 | agccaaaactcttgctttatggcc(SEQ ID NO：37) | ΔE365 | 第一个PCR片段(使用No.2引物) |
| 2 | agtcagtgtggaaaatctctagcagtgg(SEQ ID NO：38) | NL4-3的所有缺失构建体 | 所有第一个PCR片段 |
| 3 | gcaatgagccaagtaacaaatcca(SEQ ID NO：39) | ΔE365 | 第二个PCR片段(使用No.4引物) |
| 4 | aggtatggtaaatgcagtatacttcctgaag(SEQ ID NO：40) | 所有缺失构建体 | 所有第二个PCR片段 |
| 5 | ttcagccaaaactcttgctttatggcc(SEQ ID NO：41) | ΔA366 | 第一个PCR片段(使用No.2引物) |
| 6 | atgagccaagtaacaaatccagc(SEQ ID NO：42) | ΔA366 | 第二个PCR片段(使用No.4引物) |
| 7 | tgcttcagccaaaactcttgc(SEQID NO：43) | ΔM367 | 第一个PCR片段(使用No.2引物) |
| 8 | agccaagtaacaaatccagct(SEQID NO：44) | ΔM367 | 第二个PCR片段(使用No.4引物) |
| 9 | cattgcttcagccaaaactcttgc(SEQ ID NO：45) | ΔS368 | 第一个PCR片段(使用No.2引物) |
| 10 | caagtaacaaatccagctacca(SEQ ID NO：46) | ΔS368 | 第二个PCR片段(使用No.4引物) |
| 11 | gctcattgcttcagccaaaactctt(SEQ ID NO：47) | ΔQ369 | 第一个PCR片段(使用No.2引物) |
| 12 | gtaacaaatccagctaccataa(SEQ ID NO：48) | ΔQ369 | 第二个PCR片段(使用No.4引物) |
| 13 | acaaatccagctaccataatgatac(SEQ ID NO：49) | ΔV370 | 第一个PCR片段(使用No.2引物) |
| 14 | ttggctcattgcttcagccaaaactc(SEQ ID NO：50) | ΔV370 | 第二个PCR片段(使用No.4引物) |
| 15 | tacttggctcattgcttcagccaa(SEQ ID NO：51) | ΔT371 | 第一个PCR片段(使用No.2引物) |
| 16 | aatccagctaccataatgatacag(SEQ ID NO：52) | ΔT371 | 第二个PCR片段(使用No.4引物) |
| 17 | tgttacttggctcattgcttc(SEQID NO：53) | ΔN372 | 第一个PCR片段(使用No.2引物) |
| 18 | ccagctaccataatgatacagaaa(SEQ ID NO：54) | ΔN372 | 第二个PCR片段(使用No.4引物) |
| 19 | atttgttacttggctcattgcttc(SEQ ID NO：55) | ΔP373 | 第一个PCR片段(使用No.2引物) |
| 20 | gctaccataatgatacagaaaggcaa(SEQ ID NO：56) | ΔP373 | 第二个PCR片段(使用No.4引物) |
| 21 | tggatttgttacttggctcattgc(SEQ ID NO：57) | ΔA374 | 第一个PCR片段(使用No.2引物) |
| 22 | accataatgatacagaaaggc(SEQID NO：58) | ΔA374 | 第二个PCR片段(使用No.4引物) |
| 23 | agctggatttgttacttggctc(SEQ ID NO：59) | ΔT375 | 第一个PCR片段(使用No.2引物) |
| 24 | ataatgatacagaaaggcaattttagg(SEQ ID NO：60) | ΔT375 | 第二个PCR片段(使用No.4引物) |
| 25 | ggtagctggatttgttacttg(SEQID NO：61) | ΔI376 | 第一个PCR片段(使用No.2引物) |
| 26 | atgatacagaaaggcaattttaggaacc(SEQ ID NO：62) | ΔI376 | 第二个PCR片段(使用No.4引物) |
| 27 | tatggtagctggatttgttac(SEQID NO：63) | ΔM377 | 第一个PCR片段(使用No.2引物) |
| 28 | atacagaaaggcaattttagg(SEQID NO：64) | ΔM377 | 第二个PCR片段(使用No.4引物) |
| 29 | ccacctatcccagtaggag(SEQ IDNO：65) | 测序引物 | 用于NL4-3突变体 |
| 30 | ggcacagcaagcagcagctg(SEQID NO：66) | 测序引物 | 用于NL4-3突变体 |
| 31 | gtagaccaacagcaccatctagcggcaga(SEQ ID NO：67) | SIV的所有置换构建体 | 用于SIV突变体 |
| 32 | ggtaaagtaaaggcagtgtactgcctaa(SEQ ID NO：68) | SIV的所有置换构建体 | 用于SIV突变体 |
| 33 | cactggtgcgaggacctgactcatggcttctgccatt(SEQ ID NO：69) | SIV DD | 第一个PCR片段(使用No.31引物) |
| 34 | aatggcagaagccatgagtcaggtcctcgcaccagtg(SEQ ID NO：70) | SIV DD | 第二个PCR片段(使用No.32引物) |
| 35 | ggcttctgccagtactctagccttctgt(SEQ ID NO：71) | SIV DE | 第一个PCR片段(使用No.31引物) |
| 36 | acagaaggctagtactggcagaagcc(SEQ ID NO：72) | SIV DE | 第二个PCR片段(使用No.32引物) |
| 37 | ggcttctgccagtactctagccttctgt(SEQ ID NO：73) | SIV DM | 第一个PCR片段(使用No.31引物) |
| 38 | acagaaggctagagtactggcagaagcc(SEQ ID NO：74) | SIV DM | 第二个PCR片段(使用No.32引物) |
| 39 | atccaactggggttgcaaaaatgtg(SEQ ID NO：75) | 测序引物 | 用于SIV突变体 |
以上呈现的抗性和诱变数据表明HIV-1 Gag CA-SP1切割位点区域中的GHKARVL-AEAMSQV氨基酸序列作为病毒对DSB敏感性的基因决定因子。
将Dsb敏感性的决定因子扩展至其他慢病毒：
Ca-Sp1嵌合体作为动物功效模型用于研发突变抑制剂
抗HIV治疗的发展受到缺乏动物功效模型的阻碍。这种动物模型的缺乏主要是由于大部分HIV-1株在非人灵长类动物中不能复制并导致疾病。一些情况中，通过使用将HIV-1病毒靶标的感兴趣区域引入支持在非人灵长类动物中复制的SIV病毒主链中的嵌合病毒克服了该问题。该方法最值得注意的实例涉及HIV-1/SIV(SHIV)嵌合病毒，其中构成感染性病毒的蛋白全部是SIV来源，除了Env(gp120/gp41)，其源自HIV-1。这些SHIV包膜嵌合体已经广泛用于HIV-1疫苗研发中。
HIV-1成熟抑制剂破坏Gag CA-SP1加工，其导致呈现异常核心形态的非感染性病毒颗粒的形成和释放。参见，例如，Li等，Proc NatlAcad Sci U S A.100：13555-60(2003)。桦木酸衍生物DSB是这类抑制剂的一个实例。将与成熟抑制剂活性相关的关键病毒基因决定因子作图到HIV-1 CA-SP1切割位点两侧的氨基酸残基。将该决定因子引入DSB抗性非HIV-1病毒的CA-SP1切割位点时，形成成熟抑制剂敏感的嵌合体。这些CA-SP1嵌合病毒作为HIV-1成熟抑制剂动物功效模型的基础。
将成熟抑制剂敏感性需要的HIV-1 CA-SP1区域引入选定的慢病毒中。将作为DSB敏感性决定因子的HIV-1 CA-SP1连接处的氨基酸残基用于替换猴免疫缺陷病毒(SIV)基因组中的相应CA-SP1氨基酸。相似地，可将作为DSB决定因子的HIV-1 CA-SP1连接处的氨基酸残基在猫免疫缺陷病毒(FIV)，牛免疫缺陷病毒(BIV)，马传染性贫血病病毒(EIAV)，Visna-Maedi和山羊关节炎脑炎病毒(CAEV)中替换。表2描绘了HIV-1，SIV，FIV，EIAV和BIV在CA-SP1切割位点区域中的Gag多肽序列。
表2.HIV-1与SIV，FIV，EIAV和BIV的CA-SP1切割位点区域的序列比较
| CA | SP1 | NC |
| HIV-1 GHKATVL(SEQ ID NO：76) | AEAMSQVTNPATIM | IQKG |
| FIV GY KMQLL(SEQ ID NO：77) | AE ALTKVQ | VVQS |
| EIAV KQ KMMLL(SEQ ID NO：78) | AK ALQ | TGLA |
| BIV KS KMQFL(SEQ ID NO：79) | VA AMKEMGIQSPIPAVLPHTPEAYA | SQTS |
用于替换的HIV-1 CA-SP1序列如下
CA SP1
GHKARVL AEAMSQV(SEQ ID NO：80)
上述用于产生SHIV CA-SP1嵌合原病毒DNA克隆的方法用于产生含有替代相应野生型序列的来自HIV-1 CA-SP1区域的选定残基或延伸区域的FIV，EIAV和BIV原病毒克隆(图16)。
使用标准分子生物学技术通过定点诱变来产生SHIV CA-SP1嵌合原病毒DNA克隆。简而言之，鉴定出SIV Gag中CA-SP1区域周围的独特限制酶位点，即，BamHI(基质中)和Sbf-I(NC中)。从其中打算诱变的CA-SP1区域开始，合成两个在其5’端引入突变序列即HIVCA-SP1的重叠引物，一个正向和一个反向引物。使用野生型SIV原病毒DNA作为模板，建立两个分开的PCR反应来扩增自诱变位点(CA-SP1区域)任一方向的SIV-Gag片段，即产生在突变CA-SP1区域中重叠的两个扩增片段，Bam HI-CA-SP1区域和CA-SP1-Sbf-I片段。在第三个PCR反应中，将Bam HI-CA-SP1和CA-SP1-Sbf-I片段在它们共同的HIV-CA-SP1序列退火并用正向SIV Bam HI引物和反向SIV Sbf-I引物扩增来产生全长嵌合SHIV CA-SP1 gag片段。将嵌合SHIV CA-SP1 PCR片段克隆至SIV原病毒克隆的BamHI-Sbf-I窗口中替代SIV-Gag野生型序列来产生SHIV CA-SP1原病毒cDNA克隆。
相似地，已经鉴定出FIV(Genbank登录号#NC_001482)，EIAV(GA#AF016316)和BIV(GA#M32690)基因组中CA-SP1区域周围的独特限制酶克隆位点(图16)。合成特异性FIV/EIAV/BIV-HIV1CA-SP1嵌合引物和引入特异性克隆位点序列的FIV，EIAV或BIV的基因组特异性引物。这些引物连同相应的原病毒DNA克隆作为模板(FIV，EIAV或BIAV)在PCR反应中产生嵌合HIV-1 CA-SP1片段。用合适的限制酶消化嵌合HIV-1 CA-SP1片段并克隆至FIV原病毒的SacI-EcoRI窗口；或(ii)EIAV原病毒的KasI-EcoRV窗口；或(iii)BIV原病毒的BsrGI-ApaI窗口，替代相应的野生型序列(图16)。将嵌合的FIV/EIAV/BIV-HIV-1 CA-SP1原病毒DNA克隆测序来证实目标突变的存在。基于所观察到的表明DSB敏感性转移的结果，使用上述策略产生另外的构建体以便优化结果。
总之，产生嵌合病毒，其中HIV-1成熟抑制剂敏感性的CA-SP1决定因子已经替代成熟抑制剂抗性猴免疫缺陷病毒(SIV)中Gag的类似区域。该HIV-1区域转移至SIV基因组中形成成熟抑制剂敏感性表型。用该HIV-1/SIV嵌合病毒感染非人灵长类动物应形成动物功效模型，用于成熟抑制剂的治疗研发。
类似方法用于制备和表征与FIV，BIV和EIAV的HIV-1 CA-SP1嵌合体。这些其他的DSB敏感嵌合病毒应当能够开发产生另外的动物功效模型，用于HIV-1成熟抑制剂的研究。
突变体和嵌合病毒的用途
如上所述的本发明的突变体和嵌合病毒用于各种基于细胞的以及基于动物的试验中。
通过比较DSB抗性病毒相关的表型和DSB敏感病毒相关的表型，可以鉴定出通过与DSB相似机理起作用的化合物。因此，本发明包括鉴定抑制野生型HIV-1中p25裂解成p24但不抑制在CA-SP1区域中含有缺失的HIV-1中的CA-SP1加工的化合物的方法。通过这样的方法获得的化合物也包括于本发明中。
SIV和其他不容易感染人的慢病毒的嵌合体具有另外的优势。首先，这些病毒对实验室工作者具有较低的安全性危害。结果，例如，可以以较低的风险进行基于细胞的测试来鉴定抑制CA-SP1加工的新化合物。较低的风险使得可以进行使用HIV不容易或不安全进行的测试，并且还可以降低这些测试的成本。
此外，这样的嵌合病毒可用于动物模型中。例如，DSB敏感的嵌合SIV可以用于鉴定抑制CA-SP1加工的新化合物，例如，来鉴定用于治疗疾病的药物组合物，给药途径和给药方案；和用于研究联合治疗的效果，如DSB和蛋白酶抑制剂联合。
因为SIV通常限于感染猴子，例如，其他慢病毒嵌合体的产生使得允许在较便宜的、更易操作、具有较快疾病进展或对于人类疾病的特定方面更合适的动物中进行动物研究。
此外，动物模型可用于鉴定用于治疗动物疾病的合适药物组合物，感兴趣的在于治疗伴侣动物和其他高价值动物，如农业种畜和赛马。
嵌合病毒可以源自任何逆转录病毒。例如，衍生的HIV-2，HTLV-I，HTLV-II，SIV，禽类白血病病毒(ALV)，内源性禽类逆转录病毒(EAV)，小鼠乳房肿瘤病毒(MMTV)，猫免疫缺陷病毒(FIV)，牛免疫缺陷病毒(BIV)，山羊关节炎脑炎病毒(CAEV)，马传染性贫血病病毒(EIAV)，Visna-maedi病毒和猫白血病病毒(FeLV)。
这样的嵌合病毒可用于本文别处所述的本发明的方法中。例如，这样的重组非-HIV-1慢病毒可以用于鉴定抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)的化合物的方法中，该方法包括比较所述化合物抑制野生型非-HIV-1慢病毒与其DSB-敏感性重组变体的复制的能力。这样的抑制可以发生在细胞中；动物中；或体外。
具有表位标记的病毒或多肽的构建和用途
本发明还涉及在Gag的CA-SP1区域中具有表位标记的重组逆转录病毒。可以将表位标记插入CA结构域和/或SP1结构域中。合适的标记是本领域技术人员公知的，并包括血细胞凝集素表位HA(YPYDVPDYA)(SEQ ID NO：81)，蓝舌病病毒表位VP7(QYPALT)(SEQID NO：82)，α-微管蛋白表位(EEF)，Flag(DYKDDDDK)(SEQ IDNO：83)和VSV-G(YTDIEMNRLGK)(SEQ ID NO：84)。图17中说明了含有表位标记的SP1实例。
这样的表位标记的病毒及其片段可用于体外在基于细胞的测试中和体内包括在动物模型中鉴定抑制CA-SP1加工的新化合物。本文别处描述了这样的表位标记的病毒及其片段的其他用途。
本发明的多核苷酸，多肽和抗体
本发明还包括分离的多肽和多核苷酸。一实施方案中，本发明包括与选自以下的氨基酸序列至少约40％，50％，60％，70％，80％，90％，95％，99％或100％相同的多肽：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)；
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119)
本发明的另一实施方案中包括编码上述多肽的多核苷酸。本发明的多核苷酸包括简并变体，如密码子的第三个碱基不同但由于编码“简并性”仍编码相同氨基酸的那些。
如在此所用的术语“约”指的是比所述值大或小10％的值，优选大或小5％。
本发明的多肽和多核苷酸可用于本发明的方法中。一方面中，它们可以用于体外测试中来鉴定结合Gag CA-SP1区域的化合物。另一方面中，它们可以用于产生在本文别处所述的其他方法中有用的抗体。另一方面中，可以将多核苷酸插入载体中，随即插入宿主细胞中用于产生多肽。上述实施方案是示范性的并不是用来限制。
本发明包括多核苷酸，该多核苷酸包括编码含有HIV Gag p25蛋白(CA-SP1)突变的氨基酸序列的序列，所述突变导致DSB对p25(CA-SP1)加工成p24(CA)的抑制降低。本发明的多核苷酸包括突变，其可选地位于或接近CA-SP1切割位点或位于CA-SP1的SP1结构域中。所述突变可以存在于选自GHKARVLVEAMSQV(SEQ ID NO：2)和SHKARILAEVMSQV(SEQ ID NO：3)的氨基酸序列中。本发明的多核苷酸还涉及指定为SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：9的序列。本发明还包括含有所述多核苷酸的载体，含有所述载体的宿主细胞和产生所述多肽的方法，该方法包括在培养基中培养所述宿主细胞并从培养基中回收多肽。
本发明进一步包括在严谨条件下与选自SEQ ID NO：4，SEQ IDNO：6，SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：9的多核苷酸杂交的多核苷酸。本发明还包括与SEQ ID NO：5，SEQ ID NO：7或SEQ ID NO：10或12杂交的多核苷酸，其含有突变，该突变导致3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸对p25加工成p24的抑制降低，且其中所述突变可选地位于或接近CA-SP1切割位点或位于CA-SP1的SP1结构域中。本发明还涉及含有所述多核苷酸的载体，含有所述载体的宿主细胞和产生所述多肽的方法，该方法包括在培养基中培养所述宿主细胞并从培养基中回收所述多肽。
如在此关于多肽所用的“接近”或“邻近”，意思是从参照点起包括约50，约25，约20或约15个残基。例如，接近可以包括HIV-1Gag CA-SP1切割位点任一侧的约50，约25，约20或约15个残基；更优选HIV-1 Gag CA-SP1切割位点任一侧的约十个残基；最优选HIV-1Gag CA-SP1切割位点任一侧的约七个残基。关于多核苷酸，术语“接近”或“邻近”指的是距参照点约150，约75，约60，约45或约30个核苷酸。
“分离的”意思是“通过人的手”从天然状态改变的。如果组合物或物质天然存在，当以其“分离”形式发现时，其已经从其原始环境发生改变或取出或这两者。此外，本发明“分离的”核酸分子意思是已经从其天然环境中取出的核酸分子，DNA或RNA。例如，对于本发明的目的而言，认为载体中所含的重组DNA分子是分离的。分离的DNA分子的更多实例包括异种宿主细胞中维持的重组DNA分子或溶液中(部分或基本上)纯化的DNA分子。分离的RNA分子包括本发明DNA分子的体内或体外RNA转录物。根据本发明的分离核酸分子进一步包括合成产生的这类分子。
“多核苷酸”通常指的是任何多核糖核苷酸或多脱氧核糖核苷酸，其可以是未修饰的RNA或DNA或修饰过的RNA或DNA。“多核苷酸”包括，但不限制于单链和双链DNA，为单-和双-链区域混合物的DNA，单-和双-链RNA，以及为单-和双-链区域混合物的RNA，包括DNA和RNA的杂交分子，其可以是单链，或更常见为双链，或单-和双-链区域的混合物。此外，“多核苷酸”还指含有RNA或DNA或RNA和DNA两者的三链区域。术语多核苷酸还包括含有一个和多个经修饰碱基的DNA或RNA和为了稳定性或其他原因主链经修饰的DNA或RNA。“修饰的”碱基包括，例如，氚化的碱基和不常用的碱基如次黄嘌呤核苷。对DNA和RNA已作出各种修饰；因此，“多核苷酸”包含通常天然发现的多核苷酸的化学、酶促和代谢修饰的形式，以及病毒和细胞特征性的DNA和RNA的嵌合形式。“多核苷酸”还包含相对短的多核苷酸，通常称为寡核苷酸。
“多肽”指的是包括两个或多个通过肽键或修饰的肽键相互连接的氨基酸的任何肽或蛋白质，即肽等排体。“多肽”既指短链，通常称为肽，寡肽或寡聚物，也指更长的链，通常称为蛋白质。多肽可以含有20个基因编码氨基酸以外的氨基酸。“多肽”包括通过天然过程修饰的氨基酸序列，如翻译后加工，或通过本领域公知的化学修饰技术改变的氨基酸序列。在基础教科书和更详细的专题论文，以及大量研究文献中充分描述了这样的修饰。修饰可以发生在多肽的任何位置，包括肽主链，氨基酸侧链和氨基或羧基末端。将认识到相同类型的修饰可以以相同或不同程度存在于给定多肽的几个位点。此外，给定多肽可以含有多种类型的修饰。作为遍在蛋白化的结果多肽可以是分枝的，且它们可以是环状的，具有或不具有分枝。环状，分枝和分枝环状的多肽可以由翻译后天然过程形成或由合成方法制得。修饰包括乙酰化，酰化，ADP-核糖化，酰胺化，核黄素的共价连接，血红素部分的共价连接，核苷酸或核苷酸衍生物的共价连接，脂质或脂质衍生物的共价连接，磷脂酰肌醇的共价连接，交联，环化，二硫键形成，脱甲基，共价交联的形成，胱氨酸的形成，焦谷氨酸的形成，甲酰化，γ-羧化，糖基化，GPI锚形成，羟基化，碘化，甲基化，肉豆蔻酰基化，氧化，蛋白酶解加工，磷酸化，异戊烯化，外消旋，selenoylation，硫酸化，转移RNA-介导的氨基酸添加至蛋白如精氨酰化和遍在蛋白化。
如在此所用的术语“突变体”是分别不同于参照多核苷酸或多肽的多核苷酸或多肽。通常的多核苷酸突变体的核苷酸序列不同于另一个参照多核苷酸。突变体核苷酸序列中的改变可以改变或不改变参照多核苷酸编码的多肽的氨基酸序列。核苷酸改变可以导致参照序列编码的多肽中氨基酸置换，添加，缺失，融合和截短，如下所讨论的。通常的多肽突变体的氨基酸序列不同于另一个参照多肽。通常，差异是有限的使得参照多肽的序列和变体总体上非常相似，在许多区域中是相同的。突变体和参照多肽的氨基酸序列可以区别在于任意组合的一个或多个置换，添加，缺失。置换或插入的氨基酸残基可以是或不是遗传密码子编码的。多核苷酸或多肽的突变体可以是天然产生的，如等位基因变体，或可以是已知不是天然产生的突变体。可以通过诱变技术或直接合成来制备非天然产生的多核苷酸和多肽的突变体。
因此，由在此所述的任一个多核苷酸编码的多肽的突变体，(或片段，衍生物或类似物)可以是(i)其中至少一个或多个氨基酸残基由保守或非保守氨基酸残基(保守氨基酸残基，或至少一个但低于十个保守氨基酸残基)置换且这样置换的氨基酸残基可以是或不是遗传密码子编码的，(ii)其中一个或多个氨基酸残基包括取代基，(iii)其中成熟肽与另一种化合物融合，如提高多肽半衰期的化合物(例如，聚乙二醇)，或(iv)其中另外的氨基酸与成熟多肽融合，如IgG:Fc融合区域肽或前导或分泌序列或用于成熟多肽纯化的序列或前蛋白序列。认为这样的突变体是在本领域技术人员根据在此的教导的范围内的。编码这些突变体的多核苷酸也包括于本发明中。如在此所用的“突变体”等同于术语“变体”。
包括用另一个带电荷的氨基酸或用中性或带负电荷的氨基酸置换带电荷的氨基酸。此外，本发明多肽的一个或多个氨基酸残基(例如，精氨酸和赖氨酸残基)可以缺失或用另一个残基置换以消除蛋白酶如弗林蛋白酶和kexin的不利加工。防止聚集是高度理想的。蛋白质的聚集不仅导致活性丧失，而且当制备药物制剂时也可成问题，因为它们可以是免疫原性的(Pincka rd等，Clin Exp.Immunol.2：331-340(1967)；Robbins等，Diabetes 36：838-845(1987)；Cleland等Crit.Rev.Therapeutic Drug Carrier System 10：307-377(1993))。因此，本发明的多肽可以包括一个或多个氨基酸置换，缺失或添加，来自天然突变或人工操作。
如所示的，改变优选是次要性质，如不显著影响蛋白质折叠或活性的保守氨基酸置换(参见表3)。
表3.保守氨基酸置换
| 芳香族的 | 苯丙氨酸色氨酸酪氨酸 |
| 疏水的 | 亮氨酸异亮氨酸缬氨酸 |
| 极性的 | 谷氨酰胺天冬酰胺 |
| 碱性的 | 精氨酸赖氨酸组氨酸 |
| 酸性的 | 天冬氨酸谷氨酸 |
| 小的 | 丙氨酸丝氨酸苏氨酸甲硫氨酸甘氨酸 |
然而，一些实施方案中，理想的是使用氨基酸的非保守置换。例如，氨基酸的非保守置换用于使得DSB敏感病毒对DSB抵抗。
本发明包括的多核苷酸与参照序列可具有至少约40％，45％，50％，55％，60％，65％，70％，75％，80％，85％，90％，95％或100％同一性，只要参照序列编码含有CA-SP1蛋白突变的氨基酸序列，所述突变导致3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸对p25加工成p24的抑制降低。本发明还包括的多核苷酸包括“沉默”的那些突变，其中不同密码子编码相同的氨基酸(摆动)。
“同一性”是核苷酸序列或氨基酸序列一致性的衡量指标。术语“同一性”在此可以与词语“同源性”交换使用。通常，将序列进行比对使得获得最高的匹配度。“同一性”本身具有本领域公认的意思并可以使用公开的技术来计算。尽管存在多种方法来测量两个多核苷酸或多肽序列之间的同一性，术语“同一性“是本领域技术人员公知的。通常用于测定两个序列之间的同一性或相似性的方法包括，但不限于，Baxevanis和Oullette公开的那些，Bioinformatics：APractical Guide to the Analysis of Genes and Proteins(生物信息学：基因和蛋白质分析的实践指导)，第二版，Wiley-Interscience，纽约，(2001)。将测定同一性和相似性的方法编成了计算机程序。测定两个序列之间同一性和相似性的优选计算机程序方法包括，但不限于，GCS程序包(Devereux，J等，Nucleic AcidsResearch 12(1)：387，(1984))，BLASTP，BLASTN，FASTA(Atschul，S.F.等，J.Molec.Biol.215：403，(1990))。
具有与参照核苷酸序列至少例如95％“同一性”的多核苷酸的多核苷酸旨在表明该多核苷酸的核苷酸序列与参照序列相同，除了该多核苷酸序列可以包括最多五个点突变/参照核苷酸序列的100个核苷酸，参照序列中最多5％的核苷酸可以缺失或由另一个核苷酸置换，或可以将最多参照序列中总核苷酸5％数目的核苷酸插入参照序列中。参照序列的这些突变可以发生在参照核苷酸序列的5’或3’末端位置或那些末端位置之间的任何地方，单个散布于参照序列的核苷酸中间，或参照序列内一个或多个连续组中。
相似地，具有与参照氨基酸序列至少例如95％“同一性”的氨基酸序列的多肽是指多肽的氨基酸序列与参照序列相同，除了多肽序列可以包括参照氨基酸序列的每100个氨基酸最多五个氨基酸改变。为了获得具有与参照氨基酸序列至少95％相同的氨基酸序列的多肽，参照序列中最多5％的氨基酸残基可以缺失或由另一个氨基酸置换，或可以将最多参照序列中总氨基酸残基5％数目的氨基酸插入参照序列中。参照序列的这些改变可以发生在参照氨基酸序列的氨基或羧基末端位置或那些末端位置之间的任何地方，单个散布于参照序列内的残基中间或参照序列内的一个或多个连续组中。参照(查询)序列可以是本发明任一核苷酸序列的完整核苷酸序列或任何多核苷酸片段(例如，编码本发明氨基酸序列和/或C末端缺失的多核苷酸)。
任何特定核酸分子是否与例如本发明的核苷酸序列具有至少40％，50％，60％，70％，80％，85％，90％，92％，95％，96％，97％，98％，99％同一性或与之相同，可以使用公知的计算机程序来常规地测定，如BESTFIT程序(Wisconsin Sequence Analysis Package，Unix的版本8，Genetic Computer Group，University Research Park，575Science Drive，Madison，WI53711)。BESTFIT使用Smith和Waterman的局部同源性算法，(Advances in Applied Ma thematics 2：482-489(1981))，来找到两个序列之间的最佳同源性片段。当使用BESTFIT或任何其他序列比对程序来确定特定序列与根据本发明的参照序列是否例如95％相同时，设定参数，使得计算全长参照核苷酸序列的同一性百分比并允许参照序列中高达5％核苷酸总数的同源性的缺口。
特定实施方案中，本发明序列和对象序列之间的同一性，也称为总体序列比对，使用基于Brutlag等的算法的FASTDB计算机程序来测定(Comp.App.Biosci.6：237-245(1990))。计算百分比同一性的DNA序列FASTDB比对中所用的优选参数为：矩阵＝一元，k-元组＝4，错配惩罚＝1，连接惩罚＝30，随机化组长度＝0，截断分值＝1，缺口惩罚＝5，缺口大小惩罚0.05，窗口大小＝500或对象核苷酸序列的长度，较短的那个。根据该实施方案，如果由于5’或3’缺失，不是由于内部缺失，对象序列短于参照序列，考虑到计算百分比同一性时FASTDB程序不考虑对象序列5’和3’截短的事实，对结果进行人工校正。对于在5’或3’端截短的对象序列，相对于查询序列，通过计算查询序列在对象序列5’和3’没有匹配/比对的碱基数作为查询序列全部碱基的百分比来校正百分比同一性。核苷酸错配/比对通过FASTDB序列比对的结果来确定。然后从通过以上FASTDB程序使用特定参数计算的百分比同一性中减去该百分比，来获得最终的百分比同一性分值。该校正的分值就是用于该实施方案目的的。只有与查询序列没有匹配/比对的对象序列5’和3’碱基外的碱基，如通过FASTDB比对呈现的，被计算用于人工校准百分比同一性分值的目的。例如，将90个碱基的对象序列与100个碱基的查询序列比对来测定百分比同一性。缺失发生在对象序列的5’端，因此FASTDB比对没有显示5’端头10个碱基的匹配/比对。10个未配对的碱基占序列的10％(5’和3’端未匹配的碱基数/查询序列中的碱基总数)，因此从FASTDB程序计算的百分比同一性分值中减去10％。如果剩余的90个碱基完全匹配，最终的百分比同一性为90％。另一个实例中，将90个碱基的对象序列与100个碱基的查询序列相比较。这次缺失是内部缺失，使得对象序列的5’或3’没有与查询序列不匹配/比对的碱基。在这种情况中，通过FASTDB计算的百分比同一性不用人工校正。只对对象序列的5’或3’与查询序列不匹配/比对的碱基进行人工校正。对于该实施方案的目的，不进行其他的人工校正。
本申请涉及与在此公开的核酸序列或其片段具有至少约40％，50％，60％，70％，80％，85％，90％，92％，95％，96％，97％，98％或99％同一性或与之相同的核酸分子，无论它们是否编码具有公开的功能活性的多肽。这是因为即使特定核酸分子不编码具有公开的功能活性的多肽，本领域技术人员仍然知道怎样使用该核酸分子，例如，作为杂交探针或聚合酶链式反应(PCR)引物。本发明的不编码具有公开功能活性的多肽的核酸分子的用途包括，特别是：(1)分离cDMA文库中的其变体；(2)在原位杂交中(例如，“FISH”)测定公开序列的细胞定位或存在，和(3)RNA印迹分析来测定特定组织中的mRNA表达。
如在此所用的，术语“PCR”指的是Mullis等的U.S.专利No.4,683,195和4,683,202主题的聚合酶链式反应，以及本领域目前已知的改进。根据本发明，可以使用本领域技术范围内的常规分子生物学，微生物学和重组DNA技术。这样的技术在文献中有充分的解释。参见，例如，Sambrook，J和Russell，D.W.(2001)Molecular Cloning：A Laboratory Manual，(分子克隆：实验室手册)第3版，Cold SpringHarbor Laboratory Press，Cold Spring Harbor，NY。
如在此所用的术语“严谨条件”指的是杂交中的同源性，基于盐、温度、有机溶剂和其他杂交反应中通常控制的且本领域公知的参数的组合条件(Sambrook等，上文)。本发明包括分离的核酸分子，该核酸分子包括在严谨杂交条件下与上述本发明核酸分子中的一部分多核苷酸杂交的多核苷酸，例如，与在此所述的任何多核苷酸或多核苷酸片段的编码和/或非编码(即，转录的，未翻译的)序列互补的序列。“严谨杂交条件”意思是在含有以下物质或可供选择地由以下物质构成的溶液中42℃温育过夜：50％甲酰胺，5×SSC(750mM NaCl，75mM柠檬酸三钠)，50mM磷酸钠(pH7.6)，5×Denhardt’s溶液，10％硫酸葡聚糖和20μg/ml变性的剪切鲑精DNA，接着在约65℃的0.1×SSC中洗涤。本发明还包括由这些多核苷酸编码的多肽。
本发明还包括含有本发明多核苷酸的病毒，且其中病毒包括含有所述多核苷酸的逆转录病毒，且其中逆转录病毒可以是由HIV-1，HIV-2，HTLV-I，HTLV-II，SIV，禽类白血病病毒(ALV)，内源性禽类逆转录病毒(EAV)，小鼠乳房肿瘤病毒(MMTV)，猫免疫缺陷病毒(FIV)或猫白血病病毒(FeLV)构成的组中的成员。
本发明进一步包括含有CA-SP1蛋白突变的多肽，所述突变导致3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸对p25加工成p24的抑制降低，且其中所述突变可选地位于或接近CA-SP1切割位点或位于编码CA-SP1蛋白的SEQ ID NO：5或SEQ ID NO：7(亲本多核苷酸序列)的SP1结构域中。所述多肽可由选自SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：9的多核苷酸编码，或可以包括选自GHKARVLVEAMSQV(SEQID NO：2)和SHKARILAEVMSQV(SEQ ID NO：3)的序列。本发明的多肽可以进一步由与选自SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：8和SEQID NO：9的多核苷酸杂交的多核苷酸来编码。本发明还包括由与SEQ IDNO：5，SEQ ID NO：7或SEQ ID NO：10或12杂交的多核苷酸序列编码的多肽，其含有导致3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸对p25加工成p24的抑制降低的突变，且其中所述突变可选地位于或接近CA-SP1切割位点或在CA-SP1的SP1结构域内。本发明的多肽进一步包括为嵌合或融合蛋白一部分的多肽。所述嵌合蛋白可以源自以下物种，包括但不限于：灵长类动物，包括猿猴和人；啮齿目，包括大鼠和小鼠；猫；牛；羊；包括山羊和绵羊；犬；或猪。融合蛋白可以包括合成的肽序列，双功能抗体，连接来自上述物种的蛋白或连接肽的肽。本发明的多肽可以进一步连接可检测的标记；金属化合物；辅因子；色谱分离标记，如但不限于：组氨酸，蛋白A等，或连接物；血液稳定部分，如但不限于：转铁蛋白等；治疗剂等。
本发明还包括选择性结合含有CA-SP1蛋白突变的氨基酸序列的抗体，该突变导致3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸对p25加工成p24的抑制降低，且其中所述的突变可选地位于或接近CA-SP1切割位点或在CA-SP1的SP1结构域内。本发明还包括选择性结合具有突变的多肽的抗体，该多肽包括GHKARVLVEAMSQV(SEQ ID NO：2)，SHKARILAEVMSQV(SEQ ID NO：3)之一的序列。所述抗体可以选择性结合由选自SEQ IDNO：4，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：9的多核苷酸序列编码的多肽。所述抗体还可以选择性地结合由在高度严谨条件下与选自SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：9的多核苷酸杂交的多核苷酸编码的多肽。本发明还包括选择性结合SP1的抗体，其能够从CA-SP1(p25)中区分出SP1。本发明还包括选择性结合CA(p24)的抗体，其能够从CA-SP1中区分出CA。本发明还包括选择性结合CA-SP1的抗体，其能够从CA-SP1中区分出CA。本发明另外包括选择性结合CA-SP1切割位点或附近的抗体。本发明的抗体可以是多克隆抗体，单克隆抗体或所述抗体可以是嵌合或双功能的，或融合蛋白的一部分。本发明进一步包括本发明任何抗体的一部分，包括单链，轻链，重链，CDR，F(ab’)2，Fab，Fab’，Fv，sFv或dsFv或其任意的组合。
如在此所用的，当其结合目标肽但不显著结合不相关蛋白时，抗体“选择性结合”目标肽。术语“选择性结合”还包括测定相对于天然目标序列抗体是否选择性结合目标突变序列。如在此所用的，“选择性结合”目标序列的抗体等同于对目标肽“特异性的”抗体。即使还结合与目标肽没有显著同源性的其他蛋白，仍然认为抗体是选择性地结合肽，只要这样的蛋白具有与抗体肽目标的片段或结构域的同源性。在这种情况中，尽管一定程度的交叉反应，可以理解结合肽的抗体仍然是选择性的。另一实施方案中，测定抗体是否选择性结合突变目标序列包括：(a)测定抗体对突变目标序列和对天然目标序列的结合亲和性；和(b)比较如此测定的结合亲和性，存在对突变目标序列的结合亲和性高于对天然目标序列表明抗体选择性结合突变目标序列。
本发明进一步涉及固定于不溶性载体上的抗体，包括在此公开的任一种抗体。固定抗体的不溶性载体包括多孔平板，培养平板，培养管，试管，珠子，球，滤器，电泳材料，显微镜载玻片，膜或亲和色谱介质。
本发明还包括标记的抗体，其包括可检测信号。本发明标记的抗体用可检测的分子来标记，可检测的分子包括酶，荧光物质，化学发光物质，辣根过氧化物酶，碱性磷酸酶，生物素，抗生物素蛋白，电子致密物质和放射性同位素或其任意的组合。
本发明进一步包括生产杂交瘤的方法，包括将哺乳动物骨髓瘤细胞与产生单克隆抗体的哺乳动物B细胞融合，该抗体选择性结合含有CA-SP1蛋白突变的氨基酸序列，所述突变导致3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸对p25加工成p24的抑制降低；和产生在此公开的任一种单克隆抗体的杂交瘤。本发明进一步包括生产抗体的方法，包括使产生在此公开的单克隆抗体的杂交瘤在合适的培养基中生长并从培养基中分离抗体，按照本领域公知的。本发明还包括多克隆抗体的产生，包括将本发明的任一种多肽注射(一次注射或多次注射)至本领域已知的任一种用于产生多克隆抗体的动物中，包括但不限于小鼠，大鼠，仓鼠，兔子，山羊，绵羊，鹿，豚鼠或灵长类动物，并在其中所产生的血清中回收抗体。本发明包括在其中所产生的高抗体亲抗原性或高亲和性抗体。本发明还包括从所列物种产生的B细胞，进一步用于制造产生单克隆抗体的杂交瘤的细胞融合程序中，如在此公开的。
本发明进一步涉及含有在此所公开的抗体或其部分，含有所述抗体的容器和使用说明书的试剂盒；含有本发明的多肽和使用说明书的试剂盒；和含有本发明多核苷酸，含有所述多核苷酸的容器和使用说明书的试剂盒；或其任意的组合。这些试剂盒包括但不限于核酸检测试剂盒，其利用或不利用PCR和免疫测定试剂盒。这样的试剂盒可用于临床诊断使用并提供目前临床实践中所需要的标准化试剂。这些试剂盒提供关于治疗之前突变存在与否的信息或监测治疗过程中患者的进展。本发明的试剂盒还可以用于提供研究实验室研究中所用的标准化试剂。
本发明的化合物
一方面中，本发明还涉及化合物，使用化合物的方法，鉴定化合物的方法等。
本发明中所用的术语“一”，“一种”或“一个”可以指单数或复数。例如，“一种化合物”包括一种或多种化合物。
本发明中有用的化合物包括各自在U.S.专利No.5,679,828和6,172,110以及U.S.申请No.60/443,180和10/670,797中呈现的桦木酸和白桦脂醇的衍生物，在此将其引入作为参考。其他有用的化合物包括Zhu等(Bioorg.Chem Lett.11：3115-3118(2001))公开的齐墩果醇酸衍生物；Kashiwada等(J.Nat.Prod.61：1090-1095(1998))公开的齐墩果醇酸和promoli cacid衍生物；Kashiwada等(J.Nat.Prod.63：1619-1622(2000))公开的3-O-酰基熊果酸衍生物；和Kashiwada等(Chem.Pharm.Bull.48：1387-1390(2000))公开的3-烷基酰氨基-3-脱氧-桦木酸衍生物。(全部文献引入作为参考)。
一些实施方案中，本发明中有用的化合物包括但不限于具有通式I的那些桦木酸衍生物和通式II的二氢桦木酸衍生物：
或其药物学上可接受的盐，其中
R是C2-C20取代或未取代的羧基酰基，
R’是氢，C2-C10取代或未取代的烷基，或芳基。优选的化合物是其中R是以下表4中取代基之一且R’是氢的那些。
其它实施方案中，有用的化合物包括通式III的白桦脂醇和二氢白桦脂醇的衍生物：
或其药物学上可接受的盐，其中，
R1是C2-C20取代或未取代的羧基酰基，或其酯；
R2是氢，C(C6H5)3，或C2-C20取代或未取代的羧基酰基；和
R3是氢，卤素，氨基，可选取代的单-或二-烷基氨基，或-OR4，
其中R4是氢，C1-4烷酰基，苯甲酰，或C2-C20取代或未取代的羧基酰基；
其中虚线表示C20与C29之间的可选双键。
本发明中有用的优选化合物是其中R1是表4取代基之一，R2是氢或表4中取代基之一且R3是氢的那些。
表4：R，R’，R1，R2的优选取代基：
和
更优选的化合物是3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸，3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)二氢桦木酸，3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)白桦脂醇和3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰或戊二酰)二氢白桦脂醇。
特别优选的化合物是3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸。
一些实施方案中，本发明中有用的化合物通过通式IV，V，VI和VII来描述。
R11＝-OR14或-NHR15；
R12＝COOR17，COO-A+或CH2OR17
R13＝-H，卤素，氨基，可选取代的单-或二-烷基氨基，或-OR16；
R14＝-H，C2-C20取代或未取代的羧基酰基；
R15＝-H，C2-C20取代或未取代的羧基酰基；
R16＝-H，C4-C7烷酰基，苯甲酰，或C2-C20取代或未取代的羧基酰基；
R17＝-H，C(C6H5)3，或C2-C20取代或未取代的羧基酰基；
其中虚线表示C20与C29之间的可选双键，和
其中A＝Na+，K+或其他阳离子，
其中
除氢以外的R38部分通过与羰基碳的共价键连接到R33氧。
优选的化合物是其中R38不是氢的那些。
其他实施方案中，R38，R40和/或R41中的任何取代基是甲基。
一些实施方案中，本发明方法中有用的化合物还包括U.S.临时申请No.60/559,358中所述的那些，在此将其全部引入作为参考。一方面中，通过参考以下化合物VIII至XI来描述这些化合物：
一些实施方案中，本发明中有用的化合物具有通式VIII：
或其药物学上可接受的盐或酯：
其中A是以下通式的稠合环：
其中A的通式中指定为x和y的环碳与通式VIII中指定为x和y的环碳相同；
R51是羧基烷酰基，其中烷酰基链可以可选地由一个或多个羟基或卤素来取代，或可以由氮，硫或氧原子或其组合来间断；
R52，R53和R54独立地为氢，甲基，卤素或羟基，羰基或-COOR66，其中R66是烷基或羧基烷基，其中烷基链可以可选地由一个或多个羟基或卤素来取代，或可以由氮，硫或氧原子或其组合来间断；
R55是羧基烷氧基羰基，烷氧基羰基，烷酰基氧甲基，羧基烷酰基氧甲基，烷氧基甲基或羧基烷氧基甲基，其中的任何基团可选地由一个或多个羟基或卤素来取代，或R55是羧基或羟甲基；
R56是氢，甲基，羟基或卤素；
R57和R58独立地为氢或C1-6烷基；
R59是CH2或CH3；
R60是氢，羟基或甲基；
R61是甲基，甲氧基羰基，羧基烷氧基羰基，烷酰基氧甲基，烷氧基甲基或羧基烷氧基甲基，其中的任何基团由一个或多个羟基或卤素可选取代；
R62是氢或甲基；
R63是氢或甲基；
R64是氢或羟基；
如果C12和C13形成单键，R65是氢，或如果C12和C13形成双键，R65不存在；和
其中直的虚线表示C12和C13之间或C20和C29之间的可选双键；
条件是当A是以下结构时
当C12和C13之间存在双键时，R51不是戊二酰或琥珀酰；
当A是(ii)且R61是甲基时，R51不是琥珀酰；
当A是(iii)且R52，R53和R63各自是氢时，R51不是琥珀酰；和条件是R52和R53都是甲基且C12和C13之间存在双键时，
A(I)不是
一些实施方案中，R51是羧基(C2-6)烷基羰基或羧基(C2-6)烷氧基(C1-6)烷基羰基。合适的基团选自：
根据本发明，一些实施方案中，化合物具有通式IX：
其中R51，R54，R55，R56，R57，R58和R64与以上对于通式VIII的定义一样。一实施方案中，R56是β-甲基，R58是氢，R55是羟甲基和R51是3’，3’-二甲基戊二酰，3’，3’-二甲基琥珀酰，戊二酰或琥珀酰。另一实施方案中，R56是氢，R57和R58都是甲基，R55是羧基和R51是3’，3’-二甲基戊二酰，3’，3’-二甲基琥珀酰，戊二酰或琥珀酰。
一些实施方案中，R55是羧基烷氧基羰基，烷氧基羰基，烷酰基氧甲基，羧基烷酰基氧甲基，烷氧基甲基或羧基烷氧基甲基，其中的任何基团由一个或多个羟基或卤素可选取代，或R55是羧基或羟甲基。一些实施方案中，R55选自羧基，羟甲基，-CO2(CH2)nCOOH，-CO2(CH2)nCH3，-CH2OC(O)(CH2)nCH3，-CH2OC(O)(CH2)nCOOH，-CO(CH2)nCH3和-CO(CH2)nCOOH。一些实施方案中，R55选自：
一些实施方案中，R55是羟甲基。一些实施方案中，R55是羧基。一些实施方案中，n为0至20，优选0至6。一些实施方案中，n为1至10。一些实施方案中，n为2至8。一些实施方案中，n为1至6。一些实施方案中，n为2至6。
一些实施方案中，本发明中有用的化合物具有通式X：
其中R51，R59，R60和R61与以上对于通式VIII的定义一样。一些实施方案中，R51是3’，3’-二甲基戊二酰，3’，3’-二甲基琥珀酰，戊二酰或琥珀酰。
一些实施方案中，R61是甲基，甲氧基羰基，羧基烷氧基羰基，烷酰基氧甲基，烷氧基甲基或羧基烷氧基甲基，其中的任何基团由一个或多个羟基或卤素取代。一些实施方案中，R61选自甲基，-CO2(CH2)nCOOH，-COC(O)(CH2)nCH3，-CO(CH2)nCH3和-CO(CH2)nCOOH。
一些实施方案中，n为0至20，或优选0至6。一些实施方案中，n为1至10。一些实施方案中，n为2至8。一些实施方案中，n为1至6。一些实施方案中，n为2至6。一些实施方案中，R61为甲基。一些实施方案中，R61是甲氧基羰基。一些实施方案中，R61选自甲氧基甲基和乙氧基甲基。一些实施方案中，R61中见到的甲基可以被卤素或羟基取代。
一些实施方案中，本发明中有用的化合物具有通式XI：
其中R51，R52，R53，R54和R63与以上对于通式VIII的定义一样。一实施方案中，R51是3’，3’-二甲基戊二酰，3’，3’-二甲基琥珀酰，戊二酰或琥珀酰。一些实施方案中，R52和R53都是甲基。
可以使用落入通式VIII范围内的任何三萜烯。根据本发明，一些实施方案中，通式VIII的化合物选自乌苏醇，熊果酸，高根二醇，刺囊酸，齐墩果醇酸，苏门树脂酸，羽扇醇，二氢羽扇醇，桦木酸甲酯，二氢桦木酸甲酯，17-α-甲基-雄烷二醇、雄烷二醇和4，4-二甲基-雄烷二醇的衍生物。
一些实施方案中，本发明的化合物如通式VIII中所定义的，其中R52和R53都是甲基。一些实施方案中，本发明的化合物如通式VIII中所定义的，其中R51是3’，3’-二甲基琥珀酰。一些实施方案中，本发明的化合物如通式VIII中所定义的，其中R51是琥珀酰，即，
根据本发明，一些实施方案中，侧链取代基的立体化学是重要的。一些实施方案中，本发明的化合物如通式VIII中所定义的，其中A是(i)且R55在β位置。一些实施方案中，本发明的化合物如通式VIII中所定义的，其中A是(i)且R56在β位置。一些实施方案中，本发明化合物如通式VIII中所定义的，其中A是(i)且R64在α位置。一些实施方案中，本发明的化合物如通式VIII中所定义的，其中A是(i)且R57是α-甲基，R58是氢。一些实施方案中，本发明的化合物如通式VIII中所定义的，其中A是(i)且R58是α-甲基，R57是氢。一些实施方案中，本发明的化合物如通式VIII中所定义的，其中A是(i)且R57和R58都是甲基。一些实施方案中，本发明的化合物如通式VIII中所定义的，其中A是(ii)且R61位于β位置。
一些实施方案中，3’，3’-二甲基琥珀酰在C3位置。一些实施方案中，通式IX的化合物是3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)乌苏醇；3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)高根二醇；3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)刺囊酸或3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)苏门树脂酸。一些实施方案中，通式X的化合物是3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)羽扇醇；3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)二氢羽扇醇；3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)17β-甲酯-桦木酸；或3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)17β-甲酯-二氢桦木酸。一些实施方案中，通式XI的化合物是3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)4，4-二甲基雄烷二醇；3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)17α-甲基雄烷二醇；3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)雄烷二醇。
另一实施方案中，本发明包括通式XII的化合物和使用通式XII化合物的方法：
其中R72是以下之一：
其中
Z是羟基或卤素；和
R73是低级烷基，如甲基，乙基或丙基。
其他实施方案中，本发明中有用的化合物是通式XIII的白桦脂醇衍生物化合物：
或其药物学上可接受的盐或药物前体，其中：
R51是C3-C20烷酰基，羧基烷酰基，羧基烯酰基(alkenoyl)，烷氧基羰基烷酰基，烯基氧羰基烷酰基，氰基烷酰基，羟基烷酰基，氨基羰基烷酰基，羟基氨基羰基烷酰基，单烷基氨基羰基烷酰基，二烷基氨基羰基烷酰基，杂芳基烷酰基，杂环基烷酰基，杂环基羰基烷酰基，杂芳基氨基羰基烷酰基，杂环基氨基羰基烷酰基，氰基氨基羰基烷酰基，烷基磺酰氨基羰基烷酰基，芳基磺酰氨基羰基烷酰基，磺氨基羰基烷酰基，膦酰基氨基羰基烷酰基，四唑基烷酰基，膦酰基，磺基，膦酰基烷酰基，磺基烷酰基，烷基磺酰基烷酰基或烷基膦酰基烷酰基。
R82是甲酰基，羧基烯基，杂环基，杂芳基，-CH2SR94，
R83是羟基，异丙烯基，异丙基，1’-羟基异丙基，1’-卤素异丙基，1’-硫代异丙基，1’-三氟甲基异丙基，2’-羟基异丙基，2’-卤素异丙基，2’-硫代异丙基，2’-三氟甲基异丙基，1’-羟基乙基，1’-(烷氧基)乙基，1’-(烷氧基烷氧基)乙基，1’-(芳基烷氧基)乙基；1’-(芳基羰基氧)乙基，1’-(氧代)乙基，1’-(羟基)-1’-(羟基烷基)乙基，1’(氧代)唑烷基，1’，2’-环氧异丙基，2’-卤素异丙烯基，2’-羟基异丙烯基，2’-氨基异丙烯基，或
其中Y是-SR111或-NR113R114；
R111是甲基；
R112是氢或羟基；
R113和R114独立地为氢，烷基，烷酰基，芳基烷基，杂芳基烷基，芳基磺酰基和芳基氨基羰基；或
R113和R114可以与它们连接的氮一起形成杂环，其中杂环可以任选地包括一个或多个另外的氮，硫或氧原子；
m是零至三；
R84是氢；或
R83和R84可以一起形成氧代，烷基亚氨基，烷氧基亚氨基或苄基氧亚氨基；
R85是C2-C20烷基，烯基，C2-C20羧基烷基，氨基，氨基烷基，单烷基氨基烷基，二烷基氨基烷基，烷氧基烷基，氰基，氰基烷基，烷基硫代烷基，环烷基，环烷基烷基，芳基，芳基烷基，杂环基，杂芳基，杂环基烷基，杂芳基烷基，磺基，膦酰基，磺基烷基，膦酰基烷基，烷基磺酰基，烷基膦酰基，烷酰基氨基烷基，氨基羰基烷基，烷基氨基羰基烷基，二烷基氨基羰基烷基，杂环基羰基烷基，环烷基羰基烷基，杂芳基烷基氨基羰基烷基，芳基烷基氨基羰基烷基，杂环基烷基氨基羰基烷基，羧基烷基氨基羰基烷基，芳基磺酰基氨基羰基烷基，烷基磺酰基氨基羰基烷基，芳基膦酰基氨基羰基烷基，烷基膦酰基氨基羰基烷基或羟基亚氨基(氨基)烷基；
R86是氢，膦酰基，磺基，氰基，烷基，磺基烷基，膦酰基烷基，烷基磺酰基，烷基膦酰基，环烷基，杂环基，芳基，杂芳基，羧基烷基，烷氧基羰基烷基或氰基烷基；
R87或R88独立地是氢，烷基，氨基烷基，单烷基氨基烷基，二烷基氨基烷基，羧基烷基，烷氧基烷基，烷氧基烷氧基烷基，烷氧基羰基氨基烷氧基烷基，烷氧基羰基氨基烷基，氨基烷氧基烷基，烷基羰基氨基烷基，杂环基，杂环基烷基，芳基，芳基烷基，芳基羰基氨基烷基或环烷基，或R87和R88可以与它们连接的氮原子一起形成杂环基或杂芳基，其中杂环基或杂芳基可以任选地包括一个或多个另外的氮，硫或氧原子；
R89是氢，膦酰基，磺基，氰基，烷基，烷基甲硅烷基，环烷基，羧基烷基，烷氧基羰基氧烷基，氨基烷基，单烷基氨基烷基，二烷基氨基烷基，氰基烷基，膦酰基烷基，磺基烷基，烷基磺酰基，烷基膦酰基，芳基，杂芳基，杂环基，芳基烷基，杂芳基烷基，杂环基烷基或二烷氧基烷基；
R90和R91独立地是氢，羟基，氰基，烷基，氨基，氨基烷基，单烷基氨基烷基，二烷基氨基烷基，羧基，羧基烷基，烷酰基氧烷基，烷氧基烷基，烷氧基烷氧基烷基，烷氧基羰基氨基烷氧基烷基，烷氧基羰基氨基烷基，氨基烷氧基烷基，烷基羰基氨基烷基，杂环基，杂环基烷基，芳基，芳基烷基，芳基羰基氨基烷基，芳基磺酰基或环烷基，或由一个或多个氧原子间断的烷基，或R90和R91可以与它们连接的氮原子一起形成杂环基，其中杂环基可以任选地包括一个或多个另外的氮，硫或氧原子；
R92和R93独立地是氢，烷基，烷氧基羰基，烷氧基氨基烷基，环烷氧基，杂环基氨基烷基，环烷基，氰基烷基，氰基，磺基，膦酰基，磺基烷基，膦酰基烷基，烷基磺酰基，烷基膦酰基，烷氧基烷基，杂环基烷基，或R92和R93可以与它们连接的氮原子一起形成杂环基，其中杂环基可以任选地包括一个或多个另外的氮，硫或氧原子，或R92和R93可以与它们连接的氮原子一起形成烷基偶氮基团，且b是一至六；
R94是氢，烷基，烯基，芳基烷基，羧基烷基，羧基烯基，烷氧基羰基烷基，烯基氧羰基烷基，氰基烷基，羟基烷基，羧基苄基，氨基羰基烷基；
R95和R96独立地是氢，烷基，烷氧基羰基，烷氧基氨基烷基，环烷基氧，杂环基氨基烷基，环烷基，氰基烷基，氰基，磺基，膦酰基，磺基烷基，膦酰基烷基，烷基磺酰基，烷基膦酰基，烷氧基烷基，杂环基烷基，或R95和R96可以与它们连接的氮原子一起形成杂环基团，其中杂环基可以任选地包括一个或多个另外的氮，硫或氧原子，或R95和R96可以与它们连接的氮原子一起形成烷基偶氮基团；
R97是氢，烷基，烯基，羧基烷基，氨基，氨基烷基，单烷基氨基烷基，二烷基氨基烷基，烷氧基烷基，烷氧基羰基，氰基烷基，烷基硫代烷基，环烷基，环烷基烷基，芳基，芳基烷基，杂环基，杂芳基，杂环基烷基，杂芳基烷基，烷酰基氨基烷基，氨基羰基烷基，烷基氨基羰基烷基，二烷基氨基羰基烷基，杂环基羰基烷基，环烷基羰基烷基，杂芳基烷基氨基羰基烷基，芳基烷基氨基羰基烷基，杂环基烷基氨基羰基烷基，羧基烷基氨基羰基烷基，芳基磺酰基氨基羰基烷基，烷基磺酰基氨基羰基烷基或羟基亚氨基(氨基)烷基；
R98和R99独立地是氢，甲基或乙基，优选氢或甲基；且d是一至六。
本发明化合物的烷基和含烷基的基团可以是直链或支链基团，优选具有一至十个碳原子。一些实施方案中，本发明的烷基或含烷基的基团可由C3-7环烷基取代。一些实施方案中，环烷基包括但不限于环丁基，环戊基或环己基。
此外，本发明范围内包括的是本发明化合物的无毒药物学上可接受的盐。这些盐可以在化合物的最终分离和纯化过程中原位制得或通过分开地将游离酸形式的纯化化合物与合适的有机或无机碱反应并分离因此形成的盐。这些可以包括基于碱金属和碱土金属的阳离子，如钠，锂，钾，钙，镁等，以及无毒铵，季铵和胺阳离子，包括但不限于，铵，四甲铵，四乙铵，甲胺，二甲胺，三甲胺，乙胺，N-甲基葡糖胺等。
此外，本发明范围内包括的是本发明化合物的无毒药物学上可接受的酯。酯基团优选在生理条件下相对容易水解的类型。本发明化合物的药物学上可接受酯的实例包括C1-6烷基酯，其中烷基是直链或支链。可接受的酯还包括C5-7环烷基酯以及芳基烷基酯，如但不限于苄基。优选C1-4烷基酯。一些实施方案中，酯选自烷基羧酸酯，如乙酸酯，和单-或二烷基磷酸酯，如甲基磷酸酯或二甲基磷酸酯。可以根据常规方法来制得本发明化合物的酯。
以上所列特定化合物的衍生物称为“药物前体”。例如，这包括通式VIII至XI范围内的化合物。表述“药物前体”指的是在体内通过酶促或化学过程快速转化而产生上述通式的母体化合物的化合物，例如，通过血液中的水解。Higuchi，T.和V.Stella在Pro-drugs asNovel Delivery System(药物前体作为新的传送系统)，第14卷，A.C.S.论文集系列中和Bioreversible Carriers in Drug Design(药物设计中的生物可逆载体)，Edward B.编辑，Roche，AmericanPharmaceutical Association，Pergamon Press，1987中提供了详尽的讨论。有用的药物前体可以是例如，通式VIII，IX，X和XI化合物的酯。一些药物前体实施方案中，通过合适的酸用一个或多个羟基或卤素基团来取代低级烷基。合适的酸包括，例如，羧酸，磺酸，磷酸或其低级烷基酯，和膦酸或其低级烷基酯。例如，合适的羧酸包括烷基羧酸，如乙酸，芳基羧酸和芳基烷基羧酸。合适的磺酸包括烷基磺酸，芳基磺酸和芳基烷基磺酸。合适的磷酸酯和膦酸酯是甲基或乙基酯。
一些实施方案中，在C3’位置具有二甲基或氧的C3酰基是最有活性的化合物。该观察表明这些类型的酰基对于提高的抗HIV活性可能是重要的。
一实施方案中，本发明涉及治疗患者HIV-1感染的方法，通过给药抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤的化合物，其中所述化合物是通式I至XIII的化合物。
一实施方案中，本发明涉及治疗患者HIV-1感染的方法，通过给药抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤的化合物，其中所述化合物是通式I至XIII的化合物，除了DSB。
一实施方案中，本发明涉及治疗患者HIV-1感染的方法，通过给药抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤的化合物，其中所述化合物是通式I至VII以外的化合物，或是通式I至XIII以外的化合物。一实施方案中，本发明涉及治疗患者HIV-1感染的方法，通过给药抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤的化合物，其中所述化合物是通式I至XI以外的化合物；或在其他实施方案中是I至XIII以外的化合物。
另一实施方案中，本发明涉及抑制细胞中病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤的方法，其中所述化合物是通式组I至XIII的化合物。
另一实施方案中，本发明涉及抑制细胞中病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤的方法，其中所述化合物是通式I至VII以外的化合物；或在其他实施方案中，是通式I至XIII以外的化合物。
另一实施方案中，本发明涉及抑制细胞中病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤的方法，其中所述化合物是通式I至XI以外的化合物；或在其他实施方案中，是通式I至XIII以外的化合物。
另一实施方案中，本发明涉及处理人血液或血液制品的方法，通过抑制细胞中病毒Gag蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤，其中所述化合物是通式I至XIII的化合物。
另一实施方案中，本发明涉及处理人血液或血液制品的方法，通过抑制细胞中病毒Gag蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤，其中所述化合物是通式I至VII以外的化合物；或在其他实施方案中，是通式I至XIII以外的化合物。
Dsb和相关化合物的合成
桦木酸和二氢桦木酸与二甲基琥珀酸酐的反应各自产生3-O-(2’，2’-二甲基琥珀酰)和3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸和二氢桦木酸的混合物。通过产生纯样品的制备级HPLC成功地分离了混合物。通过长程1H-13C COSY检测来测定这些异构体的结构。
都是通过将无水吡啶(5-10mL)中的桦木酸或二氢桦木酸，二甲基氨基吡啶(1当量摩尔)和合适的酐(2.5-10当量摩尔)的溶液回流来合成本发明的桦木酸和二氢桦木酸的衍生物。然后用冰水稀释反应混合物并用CHCl3萃取。用水洗涤有机层，通过MgSO4干燥，并在减压下浓缩。使用硅胶柱或半制备级HPLC将残余物进行色谱来产生产物。
3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸的制备：产量70％(从542mg桦木酸开始)；从MeOH结晶获得无色针状物；mp274°-276℃；[α]D 19+23.5°(c＝0.71)，CHCl3-MeOH[1∶1])；正极FABMS m/z585(M+H)+；负极FABMS m/z 583(M-H)-；HR-FABMS对C36H57O6计算值585.4155，实测值为m/z 585.4161；1H NMR(吡啶-d5)：0.73，0.92，0.97，1.01，1.05(各3H，s；4-(CH3)2，8-CH3，10-CH3，14-CH3)，1.55(6H，s，3’-CH3x2)，1.80(3H，s，20-CH3)，2.89，2.97(各1H，d，J＝15.5Hz，H-2’)，3.53(1H，m，H-19)，4.76(1H，dd，J＝5.0，11.5Hz，H-3)，4.78，4.95(各1H，brs，H-30)。
3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)二氢桦木酸：产量24.5％(从155.9mg二氢桦木酸开始)；从MeOH-H2O结晶获得无色针状物；mp291°-292℃；[α]D 20-13.4°(c＝1.1，CHCl3-MeOH[1∶1]，1H NMR(吡啶-d5)：0.85，0.94(各3H，d，J＝7.0Hz；20-(CH3)2)，0.75，0.93，0.97，1.10，1.03(各3H，s；4-(CH3)2，8-CH3，10-CH3，14-CH3)，1.55(6H，s，3’-CH3x2)，2.89，2.97(各1H，d，J＝15.5Hz；H-2’)，4.77(1H，dd，J＝5.0，11.0Hz，H-3)；C36H58O65/2H2O分析：计算值为C68.43，H10.04；实测值为C68.64，H9.78。
U.S.专利No.5,679,828公开了3-O-(3’，3’-二甲基戊二酰)桦木酸的合成，作为化合物NO.4。
3-O-(3’，3’-二甲基戊二酰)二氢桦木酸：产量93.3％(从100.5mg二氢桦木酸开始)；从针状物MeOH-H2O结晶获得无色针状物；mp287°-289℃；[α]D 20-17.9°(c＝0.5，CHCl3-MeOH[1∶1])；1H NMR(吡啶-d5)：0.86，0.93(各3H，d，J＝6.5Hz；20-(CH3)2)，0.78，0.92，0.96，1.02，1.05(各3H，s；4-(CH3)2，8-CH3，10-CH3，14-CH3)，1.38，1.39(各3H，s；3’-CH3x2)，2.78(4H，m，H2-2’和4’)，4.76(1H，dd，J＝4.5，11.5 Hz；H-3)。C37H60O6分析：计算值为C73.96，H10.06；实测值为C73.83，H10.10。
U.S.专利No.5,679,828中公开了3-O-二乙醇酰-桦木酸的合成，作为化合物NO.5。
3-O-二乙醇酰-二氢桦木酸：产量79.2％(从103.5mg二氢桦木酸开始)；乳白色非晶形粉末；[α]D 20-9.8°(c＝1.1，CHCl3-MeOH[1∶1])；1H NMR(吡啶-d5)：0.79，0.87(各3H，d，J＝6.5Hz；20-(CH3)2)，0.87，0.88，0.91，0.98，1.10(各3H，s；4-(CH3)2，8-CH3，10-CH3，14-CH3)，4.21，4.23(各2H，s，H2-2’和4’)，4.57(1H，dd，J＝6.5，10.0Hz；H-3)。对C34H54O7.2H2O分析：计算值为C66.85，H9.57；实测值为C67.21，H9.33。
U.S.申请10/670,797中公开了3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)白桦脂醇和3-O-(3’，3’-二甲基戊二酰)白桦脂醇的合成。
用化合物抑制Hiv的方法
如在此所用的“抑制HIV”或“HIV抑制”的方法，意思是使用本发明方法对HIV的任何干预、抑制和/或预防。因此，抑制的方法可用于抑制HIV的感染性，抑制p25加工，抑制病毒成熟，呈现改变表型的病毒粒体的形成等。优选，本发明的方法作用于动物细胞中的p25加工，但不受作用方法的限制。
用化合物抑制HIV的方法可以与治疗患者HIV感染的方法相关。因此，用化合物抑制HIV的方法可以相似地用于治疗患者。
抑制动物细胞中HIV-1复制的方法包括将感染的细胞接触以上通式I至通式XIII的化合物。相关的实施方案包括治疗患者HIV-1感染的方法，包括给药通式I至XIII的化合物；通过给药抑制所述p25加工的化合物来在细胞中、体内和/或体外抑制p25加工的方法；和通过给予通式I至XIII的化合物处理人血液或血液制品的方法。此外还包括鉴定抑制p25加工、HIV成熟、HIV感染性、HIV病毒粒体表型等中任意之一的化合物的方法。
一实施方案中，化合物是桦木酸、白桦脂醇或二氢桦木酸或二氢白桦脂醇的衍生物，且包括表4的优选取代基。优选的化合物包括但不限于3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸，3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)白桦脂醇，3-O-(3’，3’-二甲基戊二酰)白桦脂醇，3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)二氢桦木酸，3-O-(3’，3’-二甲基戊二酰)桦木酸，(3’，3’-二甲基戊二酰)二氢桦木酸，3-O-二乙醇酰-桦木酸和3-O-二乙醇酰-二氢桦木酸。
一实施方案中，本发明涉及抑制动物细胞中HIV-1复制的方法，通过将感染的细胞接触抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤的化合物，其中所述化合物是以上通式I至XIII的化合物。
一实施方案中，本发明涉及抑制动物细胞中HIV-1复制的方法，通过将感染的细胞接触抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤的化合物，其中所述化合物是通式I至XIII的化合物，除了DSB。
一实施方案中，本发明涉及抑制动物细胞中HIV-1复制的方法，通过将感染的细胞接触抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤的化合物，其中所述化合物是从通式I至VI那些排除的化合物。一实施方案中，本发明涉及治疗患者HIV-1感染的方法，通过给药抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤的化合物，其中所述化合物是通式I至XIII那些以外的化合物。
另一实施方案中，本发明涉及抑制细胞中病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤的方法，其中所述化合物是通式I至XIII的化合物。
另一实施方案中，本发明涉及抑制细胞中病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤的方法，其中所述化合物是通式I至VI那些以外的化合物。
另一实施方案中，本发明涉及抑制细胞中病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤的方法，其中所述化合物是通式I至XIII那些以外的化合物。
另一实施方案中，本发明涉及抑制细胞中病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤的方法，其中所述化合物是通式I至VI那些以外的化合物。另一实施方案中，本发明涉及处理人血液或血液制品的方法，通过抑制细胞中病毒Gagp25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤，其中所述化合物是通式I至XIII的化合物。
另一实施方案中，本发明涉及处理人血液或血液制品的方法，通过抑制细胞中病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤，其中所述化合物是通式I至VI那些以外的化合物。
另一实施方案中，本发明涉及处理人血液或血液制品的方法，通过抑制细胞中病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤，其中所述化合物是通式I至VIII那些以外的化合物。
在此所公开的方法，进一步包括将所述细胞接触一种或多种药物，该药物选自抗病毒剂，抗真菌剂，抗细菌剂，抗癌剂，免疫刺激剂及其组合。该方法可以包括对人血液制品的处理。
还可以结合治疗癌症的方法来使用本发明，这些治疗癌症的方法包括将一种或多种抗肿瘤剂给药于动物，将动物暴露于杀灭癌细胞量的照射，或两者的组合。
鉴定化合物的方法
本发明进一步包括鉴定在此公开的抑制动物细胞中HIL-1复制的化合物的方法。一实施方案中，所述方法包括：
(a)将含有CA-SP1切割位点的Gag多肽接触测试化合物；
(b)将在CA-SP1切割位点处或附近选择性结合的经标记物质加入；
(c)测量CA-SP1切割位点处或附近测试化合物的结合。
经标记的物质或分子包括经标记的抗体或经标记的DSB，且标记包括酶，荧光物质，化学发光物质，辣根过氧化物酶，碱性磷酸酶，生物素，抗生物素蛋白，电子致密物质，如金，四氧化锇，铅或乙酸铀酰，和放射性同位素，用这样的分子物质标记的抗体，或其组合。测试可以包括，但不限于ELISA，单和双夹心技术，免疫扩散或免疫沉淀技术，如本领域已知的(“ImmunoassayHandbook，2nded.”(免疫测定手册，第2版)D.Wild，Nature Publishing Group，(2001))。所述的鉴定方法还可包括但不限于蛋白质印迹测试，比色测试，光学和电子显微镜技术，共焦显微镜，或本领域已知的其他技术。
鉴定抑制动物细胞中HIV复制的化合物的方法进一步包括：
(a)在测试化合物的存在下，将含有野生型CA-SP1切割位点的Gag蛋白接触HIV-1蛋白酶；
(b)分开地，在测试化合物的存在下，将含有突变CA-SP1切割位点的Gag蛋白或包括另一可供选择的蛋白酶切割位点的蛋白接触HIV-1蛋白酶；和
(c)将天然野生型Gag蛋白的裂解与突变Gag蛋白的裂解量或包括可供选择的蛋白酶切割位点的肽的裂解量相比较。
以上的步骤(b)是作为对照来进行的，为了消除可能直接结合并因此抑制蛋白酶的化合物。上述方法还包括其中野生型CA-SP1，突变CA-SP1或可供选择的蛋白酶切割位点包含于多肽片段或重组肽内的方法。
鉴定在此公开的抑制HIV-1的化合物的方法还包括其中用荧光部分和荧光淬灭部分标记所述肽或蛋白的方法，这两个部分各自结合CA-SP1切割位点的相对侧，且其中所述检测包括测量来自荧光部分的信号，或其中用两个荧光部分标记所述的肽或蛋白，这两个部分各自结合CA-SP1切割位点的相对侧，且其中所述的检测包括测量在测试化合物和HIV-1蛋白酶存在下荧光能量从一个部分至另一个部分的转移，并将所述的荧光能量转移与相同方法应用于包括含有CA-SP1切割位点突变的序列或包括含有另一个切割位点的序列的肽时所观察到的相比较。基于荧光的蛋白酶活性测试的实例是本领域公知的。一个这样的实例中，用绿色荧光染料分子标记蛋白酶底物，当蛋白酶裂解底物时该染料分子发出荧光(Molecular Probes，Protease AssayKit)。
为了测量测试化合物抑制CA-SP1裂解的程度，以上比较裂解的方法还包括使用选择性结合CA或SP1或CA-SP1的标记抗体。可用选自酶，荧光物质，化学发光物质，辣根过氧化物酶，碱性磷酸酶，生物素，抗生物素蛋白，电子致密物质和放射性同位素或其组合的分子来标记抗体。该方法还包括使用特异性表位标记序列的抗体来选择性检测CA-SP1(p25)或SP1，已经根据本领域中的标准方法向其中工程化入该表位标记的氨基酸序列。合适的标记是本领域普通技术人员公知的，并包括血细胞凝集素表位HA(YPYDVPDYA)(SEQ ID NO：81)，蓝舌病病毒表位VP7(QYPALT)(SEQ ID NO：82)，α-微管蛋白表位(EEF)，Flag(DYKDDDDK)(SEQ ID NO：83)，和VSV-G(YTDOEMNRLGK)(SEQ ID NO：84)。图17中说明了含有表位标记的SP1实例。
例如，通过Gag表达质粒的寡核苷酸定点诱变将FLAG表位标记(Sigma-Aldrich)的序列插入Gag的p2(SP1)区域中。然后使用可购得的抗FLAG单克隆抗体(Sigma-Aldrich)来检测细胞表达的蛋白中SP1结构域的存在。(Hopp，T.P.Biotechnology 6：1204-1210(1988))。
鉴定破坏CA-SP1裂解的化合物的方法还包括将化合物加入HIV-1感染的细胞中并通过裂解和分析细胞或释放的病毒粒体来检测CA-SP1裂解产物。可使用病毒蛋白的蛋白质印迹分析并使用p25的抗体检测p25来进行本发明中所包括的方法，或其中通过进行病毒蛋白的凝胶电泳和代谢标记蛋白的显像来分析所述的混合物，或其中通过使用选择性结合p25的抗体或选择性结合以便区分p25和p24的抗体的免疫测定来分析混合物。本发明包括使用针对插入SP1的C-末端结构域的特异性表位标记序列的抗体来选择性检测p25或SP1。例如，可以进行夹心ELISA测试，其中使用选择性结合Gag CA区域的抗体来捕获去污剂溶解病毒中的p25和p24，该抗体结合到多孔平板。洗涤步骤后，使用插入SP1中的表位标记的抗体来检测结合的p25，该抗体缀合至合适的检测试剂(例如，用于酶联免疫吸附测定的碱性磷酸酶)。与未处理的病毒粒体相比较，通过该机理作用的化合物处理过的细胞释放的病毒通常具有提高水平的p25。
所公开的方法涉及选择性结合p25的抗体，或选择性结合SP1的抗体，或插入SP1中的表位标记序列的抗体，用选自酶，荧光物质，化学发光物质，辣根过氧化物酶，碱性磷酸酶，生物素，抗生物素蛋白，电子致密物质和放射性同位素或其组合的分子来标记所述抗体。
如在此所用的“感染的细胞”，包括通过膜融合和随后病毒基因组插入细胞而天然感染的细胞，或用病毒遗传物质通过人工方法转染细胞。这些方法包括，但不限于，磷酸钙转染，DEAE-葡聚糖介导的转染，微注射，脂质介导的转染，电穿孔或感染。
在测试化合物的存在下，在合适的培养条件下和进行不同的时间段，用HIV的感染性株体外感染靶细胞来实施本发明。可以通过本领域公知的方法处理感染的细胞或上清液并上样于聚丙烯酰胺凝胶上用于检测病毒水平。非感染和非处理细胞各自可以用作阴性和阳性感染对照。或者，在用HIV株感染细胞之前，通过在测试化合物存在下培养靶细胞来实施本发明。
本发明还包括鉴定抑制动物细胞中HIV-1复制的化合物的方法，包括：
(a)将测试化合物接触野生型病毒分离株并分开地接触对3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸敏感性降低的病毒分离株；和
(b)与对3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸敏感性降低的病毒分离株相比较，选择对抗野生型病毒分离株更有活性的测试化合物。
本发明进一步包括鉴定通过上述任一种机理起作用的化合物的方法，包括用化合物处理HIV-1感染或转染的细胞，然后通过本领域公知的标准方法，通过薄层切片和透射电子显微镜分析化合物处理过的细胞释放的病毒颗粒。如果检测到颗粒呈现相对于病毒颗粒而言非中心的球形凝聚核心和/或就在病毒膜内的新月形电子致密层，则化合物通过上述机理起作用。
对于电子显微镜研究，可以将感染细胞或从上清液获得的离心病毒沉淀物接触固定剂，如戊二醛或新鲜制得的多聚甲醛，和/或四氧化锇或其他本领域已知的电子显微镜相容的固定剂。将上清液中的病毒或细胞脱水并包埋于电子透明聚合物如环氧树脂或甲基丙烯酸酯中，使用超薄切片机来薄层切片，使用电子致密染色剂如乙酸铀酰和/或柠檬酸铅来染色，并在透射电子显微镜中观察。非感染和非处理细胞各自可以用作阴性和阳性感染对照。或者，在用HIV株感染细胞之前，通过在测试化合物存在下培养靶细胞来实施本发明。通过与对照相比较形态异常病毒颗粒的存在来检测由本发明化合物引起的成熟缺陷，如在此所述的。
对于细胞培养研究，可以观察病毒感染细胞的合胞体形成，或可以测试上清液中HIV颗粒的存在。收集上清液中存在的病毒以感染其他首次用于试验的培养物来测定感染性。
本发明还包括的是测定个体是否受到对通过抑制p35加工的化合物治疗敏感的HIV-1感染的方法，该方法包括从患者取血，对病毒RNA作基因分型并测定病毒RNA是否含有CA-SP1切割位点的突变。
本发明还包括鉴定通过上述机理起作用的化合物的方法，包括通过在此所述的方法的组合来测试。
可以使用本领域技术人员熟知的各种方法来表达或合成用于上述测试中的HIV Gag蛋白及其片段。可以在体外转录和翻译系统中使用兔子网状细胞裂解物来生产Gag。已经表明该系统中表达的Gag以与感染细胞中观察到的相似模式得到按序的加工(Pettit，S.C.等，J.Viral.76：10226-10233(2002))。此外，当融合到异源D型逆转录病毒细胞质自我装配结构域时，通过该方法表达的Gag能够装配成不成熟的病毒颗粒(Sakalian，M.等，J.Virol.76：10811-10820(2002))。从NIH ADIS Reagent Program获得的质粒pDAB72可以用于该目的(Erickson-Viitanen，S.等，ADIS Res.Hum.Retroviruses.5：577-91(1989))；Sidhu M.K.等，Biotechniques，18：20，22，24(1995))。基于麦芽或细菌裂解物的其他体外转录/翻译系统也可以用于该目的。还可以使用各种可购得的表达载体在转染细胞中表达HIV Gag。从NIH ADIS Reagent Program可获得的质粒p55-GAG/GFP，可以用于在哺乳动物细胞中表达HIV Gag-绿色荧光蛋白融合蛋白用于药物相互作用研究(Sandefur，S.等，J.Virol.72：2723-2732(1998))。该构建体允许使用GFP-特异性单克隆抗体捕获和纯化Gag融合蛋白。此外，可以使用重组病毒载体如痘病毒、腺病毒或杆状病毒系统中所用的那些，在细胞中表达Gag。还可以通过用HIV感染细胞或用原病毒DNA转染细胞来表达Gag。最后，可以在用合适表达载体转化的酵母或细菌细胞中表达Gag。
除了在细胞中或在体外使用细胞裂解物表达的Gag蛋白外，使用标准的肽合成技术可以商业合成对应于Gag各个区域的肽。
本发明进一步包括通过本发明的方法鉴定的化合物和/或根据本发明的方法抑制HIV-1复制的化合物，和包括一种或多种在此所公开的化合物，或其药物学上可接受的盐、酯或药物前体，和药物学上可接受载体的药物组合物。
药物组合物
已经发现根据本发明的化合物具有抗逆转录病毒活性，尤其是抗HIV活性。预期本发明的盐和其他制剂具有提高的水溶性，和提高的口服生物利用率。此外，由于提高的水溶性，更容易将本发明的盐配制成药物制剂。此外，预期根据本发明的化合物具有改进的生物分布特征。
一实施方案中，化合物是通式I至XIII的那些，另一实施方案中，它们是是通式I至XIII化合物以外的化合物。
本发明还包括药物组合物，其包括抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但对其他Gag加工步骤没有显著影响的化合物，或抑制从处理过的感染细胞释放的病毒颗粒成熟的化合物，如通式I至XIII的化合物。本发明包括药物组合物，其包括一种或多种在此公开的化合物，或其药物学上可接受的盐、酯或药物前体，和药物学上可接受的载体，其中所述化合物是以上通式I至XIII的化合物，或优选，其中所述化合物选自3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸，3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)白桦脂醇，3-O-(3’，3’-二甲基戊二酰)白桦脂醇，3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)二氢桦木酸，3-O-(3’，3’-二甲基戊二酰)桦木酸，3-O-(3’，3’-二甲基戊二酰)二氢桦木酸，3-O-二乙醇酰-桦木酸和3-O-二乙醇酰-二氢桦木酸。根据本发明的药物组合物，进一步包括一种或多种选自抗病毒剂、抗真菌剂、抗癌剂或免疫刺激剂的药物。
本发明的药物组合物可以包括至少一种在此公开的通式I至XIII的化合物。根据本发明的药物组合物还可以进一步包括其他抗病毒剂，如但不限于，AZT(齐多夫定，PETROVIR，GlaxoSmithKline)，3TC(拉米夫定，EPIVIR，GlaxoSmithKline)，AZT+3TC(COMBIVIR，GlaxoSmithKline)，AZT+3TC+阿巴卡韦(TRIZIVIR，GlaxoSmithKline)，ddI(去羟肌苷，VIDEX，Bristol-MyersSquibb)，ddC(扎西他宾，HIVID，Hoffmann-LaRoche)，D4T(司他夫定，ZERIT，Bristol-Myers Squibb)，阿巴卡韦(ZIAGEN，GlaxoSmithKline)，替诺福韦(VIREAD，Gilead Sciences)，奈韦拉平(VIRAMUNE，Boehringer Ingelheim)，地拉韦定(Pfizer)，恩曲他宾(EMTRIVA，Gilead Sciences)，依法韦伦(SUSTIVA，DuPont Pharmaceuticals)，沙喹那韦(INVIRASE，FORTOVASE，Hoffmann-LaRoche)，利托那韦(NORVIR，Abbott Laboratories)，茚地那韦(CRIXIVIN，Merckand Company)，奈非那韦(VIRACEPT，Pfizer)，安泼那韦(amprenavir)(AGENERASE，GlaxoSmithKline)，adefovir(PREVEON，HEPSERA，Gilead Science)，atazanavir(Bristol-Myers Squibb)，福沙那韦(Lexiva，GlaxoSmithKline)和羟基脲(HYDREA，Bristol-MyersSquibb)，或任何其他抗逆转录病毒药物或抗体，彼此相互组合，或与基于生物学的治疗剂相结合，例如，gp41衍生的肽enfuvirtide(Fuzeon；Roche and Timeris)和T-1249，或可溶性CD4，CD4的抗体，以及CD4或抗CD4的缀合物，或在此另外呈现的。
用于和本发明通式I至XIII化合物之一一起最佳使用的其他合适抗病毒剂包括，但不限于，两性霉素B(FUNGIZONE)；Hemis pherxBiopharma研发的聚肌胞(错配RNA)；BETASERON(β-干扰素，Chiron)；丁基化羟基甲苯；Carrosyn(聚甘露醋酸酯)；澳栗精胺；Contracan(硬脂酸衍生物)；Creme Pharmatex(含有苯扎氯铵)；齐多夫定的5-未取代衍生物；喷昔洛韦(DENAVIRNovartis)；泛昔洛韦(FAMVIRNovartis)；阿昔洛韦(ZOVIRAX，GlaxoSmithKline)；cytofovir(VISTIDEGilead)；更昔洛韦(CYTOVENE，Hoffman LaRoche)；硫酸葡聚糖；D-青霉胺(3-巯基-D-缬氨酸)；FOSCARNET(膦酰甲酸三钠；AstraZeneca)；梭链孢酸；甘草甜(甘草的一种成分)；HPA-23(铵-21-钨-9-锑酸盐)；ORNIDYL(田边依氟鸟氨酸(eflornithine)；Aventis)；壬苯醇醚；戊烷脒羟乙基磺酸盐(PENTAM-300)；肽T(八肽序列；PeninsulaLaboratories)；苯妥英(Phenytoin)(Pfizer)；INH或异烟肼；病毒唑(VIRAZOLE，Valeant Pharmaceuticals)；利福布丁，ansamysin(MYCOBUTINPfizer)；CD4-IgG2(ProgenicsPharmaceuticals)或其他含有CD4或基于CD4的分子；三甲曲沙(Medimmune)；苏拉明及其类似物(Bayer)；和WELLFERON(α-干扰素，GlaxoSmithKline)。
本发明的药物组合物还可以进一步包括免疫调节剂。根据本发明用于和本发明的桦木酸或白桦脂醇衍生物一起任选使用的合适免疫调节剂包括但不限于：ABPP(Bropririmine)；聚肌胞(错配的RNA)Hemispherx Biopharma；抗人干扰素α抗体；抗坏血酸及其衍生物；干扰素-β；Ciamexon；环孢霉素；甲氰咪胺；CL-246，738；集落刺激因子，包括GM-CSF；二硝基氯苯；HE2000(Hollis-EdenPharmaceuticals)；干扰素-γ；葡聚糖；超免疫γ球蛋白(Bayer)；immuthiol(二乙基硫代氨基甲酸钠)；白介素-1(Hoffmann-LaRoche；Amgen)，白介素-2(IL-2)(Chiron)；异丙肌苷(次黄苷pranobex)；Krestin；LC-9018(Yakult)；香菇多糖(Yamanouchi)；LF-1695；甲硫氨酸-脑啡肽；Minophagen-C；胞壁酰三肽，MTP-PE；纳曲酮(BarrLaborator ies)；RNA免疫调节剂；REMUNE(Immune ResponseCorporation)；RETICULOSE(Advanced Viral ResearchCorporation)；小柴胡；人参；胸腺体液因子；胸腺五肽；胸腺素因子5；胸腺素1(ZADAXIN，SciClone)，胸腺刺激素，TNF(肿瘤坏死因子，Genentech)和维生素制剂。
本发明的药物组合物还可以进一步包括抗癌治疗剂。用于任选使用的合适抗癌治疗剂包括有效抑制肿瘤的抗癌组合物，该组合物包括所述抗癌剂的化合物或其药物学上可接受的盐或药物前体，其可以用于联合治疗，包括但不限于烷化剂，如白消安，顺铂，丝裂霉素C和卡铂抗有丝分裂剂，如秋水仙碱，长春碱，紫杉酚类，如紫杉醇(TAXOL，Bristol-Meyers Squibb)，多西他赛(TAXOTERE，Aventis)，拓扑异构酶I抑制剂，如喜树碱，伊立替康(irinotecan)和拓扑替康(topotecan)(HYCAMTIN，ClaxoSmithKline)，拓扑异构酶II抑制剂，如阿霉素，柔红霉素和足叶乙甙如VP16；RNA/DNA抗代谢物，如5-氮胞苷，5-氟尿嘧啶和氨甲蝶呤，DNA抗代谢物，如5-氟-2’-脱氧-尿苷，ara-C，羟基脲，硫鸟嘌呤，和抗体，如曲妥珠单抗(trastuzumab)(HERCEPTIN，Genentech)和利妥昔单抗(rituximab)(RITUXAN，Genentech和Biogen-Idec)，苯丙氨酸氮芥，苯丁酸氮芥，环磷酰胺，异环磷酰胺，长春新碱，丙脒腙，表柔比星，阿克拉霉素A，博来霉素，米托蒽醌，elliptinium，氟达拉滨(fludarabine)，奥曲肽(octreotide)，视黄酸，他莫西芬，丙氨菌素及其组合。
本发明进一步提供了用于提供抗细菌治疗剂，抗寄生虫治疗剂和抗真菌治疗剂的方法，用于与本发明的化合物及其药物学上可接受的盐联合。抗细菌治疗剂的实例包括化合物，如青霉素，氨苄青霉素，阿莫西林，氨环已青霉素，依匹西林，二甲氧基苯青霉素，乙氧萘青霉素，苯甲异噁唑青霉素，邻氯青霉素，双氯青霉素，氟氯青霉素，羧苄青霉素，头孢菌素，头孢拉定，cefadoxil，氯氨苄青霉素，头孢西丁，头孢噻肟，头孢唑肟，cefinenoxine，头孢三嗪，羟羧氧酰胺菌素，亚胺培南(imipenem)，克拉维酸盐(clavulanate)，timentin，舒巴坦(sulbactam)，红霉素，新霉素，庆大霉素，链霉素，甲硝唑，氯霉素，克林霉素，林肯霉素，喹诺酮，利福平，磺胺，杆菌肽，多粘菌素B，万古霉素，强力霉素，甲烯土霉素，二甲胺四环素，四环素，两性霉素B，环丝氨酸，环丙沙星，诺氟沙星，异烟肼，乙胺丁醇和萘啶酮酸，以及这些化合物中每一种的衍生物和变型。
抗寄生虫治疗剂的实例包括硫氯酚，二乙基卡马西平柠檬酸盐，甲苯哒唑，美曲膦酯(metrifonate)，niclosamine，硝咪唑，奥沙尼喹和其他奎宁衍生物，哌嗪柠檬酸盐，吡喹酮，双羟萘酸喹嘧啶和涕必灵，以及这些化合物中每一种的衍生物和变型。
抗真菌治疗剂的实例包括两性霉素B，克霉唑，益康唑硝酸盐，氟胞嘧啶，灰黄霉素，酮康唑和咪康唑，以及这些化合物中每一种的衍生物和变型。抗真菌化合物还包括aculeacin A和papulocandin B。
本发明优选的动物患者是哺乳动物。术语“哺乳动物”意思是属于哺乳动物纲的个体。本发明特别用于治疗人患者。
术语“治疗”意思是将通式I至XIII的化合物或通过本发明内的一种或多种测试鉴定的化合物给药于患者，用于包括预防、缓解或治愈逆转录病毒相关病况的目的。所述通过本发明内的一种或多种测试鉴定的用于治疗患者的化合物鉴定为具有在此所述的破坏Gag加工的能力的化合物。
如在此所用的术语“抑制相互作用”意思是阻止或降低一种或多种分子、肽、蛋白质、酶或受体的直接或间接结合的速率；或阻止或降低一种或多种分子、肽、蛋白质、酶或受体的正常活性。
如果药物同时提供给患者或如果各个药物给药之间的时间允许生物学活性重叠，认为药物“联合”另一种药物提供。
一优选实施方案中，以上通式I至XIII的至少一种化合物构成单一药物组合物。
根据本发明给药的药物组合物包括至少一种以上通式I至XIII的化合物或通过本发明内的一种或多种测试鉴定的化合物。所述通过本发明内的一种或多种测试鉴定的用于治疗患者的化合物鉴定为具有破坏在此所述的Gag加工的能力的化合物。根据本发明的化合物进一步包括于药物学上可接受的形式中，任选地联合药物学上可接受的载体。这些组合物可以通过实现它们预期目的的任何方式来给药。治疗逆转录病毒病况临床领域的那些普通技术人员可以容易地决定根据本发明通式I至XIII的化合物的给药量和方案。
例如，可以通过非肠道给药，如皮下、静脉内、肌内、腹膜内、经皮、经粘膜、眼内、直肠、阴道内或口腔含化途径。或者，或同时，可以通过口服途径给药。给药可以是口腔喷雾或鼻喷雾，或局部，如粉末、膏剂、滴液或贴剂。给药的剂量取决于接受者的年龄、健康和体重，之前或同时治疗的类型(如果有的话)，治疗的频率以及预期效果的性质。
可以以其他方式来使用本发明的化合物和方法。例如，这样的化合物可以预防性使用以最小化感染的风险。另一实施方案中，化合物可以用于最小化来自感染人员的疾病播散。
本发明还涉及治疗感染个体HIV的新方法。一实施方案中，本发明特别用于刺激感染HIV患者的免疫应答。例如，通过允许非感染性的病毒从感染细胞中释放出来，这样的感染细胞持续暴露抗原并受到免疫系统或其他对抗这样抗原的治疗剂的有效靶向。另一实例中，通过持续允许非感染性病毒的释放，感染个体持续产生对所述病毒的免疫应答而没有遭受该病毒的不利影响。
本发明还用于扩展治疗的范围，并提供治疗有此需要的患者的疾病的新手段。另一实施方案中，可以在出于病毒抗性以外的原因不响应其他疗法的患者中实施本发明。例如，如本领域已知的治疗HIV的常规方法与不利的副作用相关。一实施方案中，本发明的方法和组合物用于治疗一种或多种不利副作用没有减轻的患者。一实施方案中，本发明包括用不具有特定副作用或具有较低特定副作用的化合物治疗患者的方法。
药物的生物利用率在治疗中也是相关的。一实施方案中，实施本发明使得化合物更有效地吸收至感染细胞中。一实施方案中，本发明包括将药物传送至HIV感染细胞的改进方法。
本发明范围内的组合物包括所有含有有效实现其预期目的量的至少一种根据本发明以上通式I至XIII的化合物的组合物。尽管个体需要不同，各种成分有效量最佳范围的确定是在本领域技术内的。例如，剂量包括0.0001mg至10g/kg体重。常用的剂量包括约0.1至约100mg/kg体重。优选的剂量包括约1至约100mg/kg体重的活性成分。更优选的剂量包括约5至约50mg/kg体重。
本发明化合物的给药还任选地包括之前、同时、随后或辅助使用免疫系统激发剂或免疫调节剂的治疗。除了药理学上的活性化合物，本发明的药物组合物还可以含有合适的药物学上可接受的载体，包括药物上可使用的促进活性化合物加工成制剂的赋形剂和辅剂。优选，制剂，特别是那些可以口服给药和可以用于优选给药类型的制剂，如片剂、糖锭和胶囊，以及可以直肠给药的制剂，如栓剂，以及用于注射或口服给药的合适溶液，含有约0.01至99％，优选约20至75％的活性化合物，和赋形剂。
以自身已知的方法来制造本发明的药物制剂，例如，通过常规的混合、制粒、制糖锭、溶解或冻干过程。因此通过混合活性化合物和固体赋形剂，任选地研磨所得到的混合物，并加工粒状混合物可以获得用于口服的药物制剂，如果期望或需要，在加入合适的辅剂后，获得片剂或糖锭核芯。
合适的赋形剂是，例如，填充剂，如糖，例如，乳糖或蔗糖，甘露醇或山梨糖醇；纤维素制剂和/或磷酸钙，如磷酸三钙或磷酸氢钙；以及粘合剂，如淀粉糊，使用例如玉米淀粉，小麦淀粉，大米淀粉，马铃薯淀粉，明胶，黄蓍胶，纤维素，甲基纤维素，羟丙甲基纤维素，羧甲基纤维素钠和/或聚乙烯吡咯烷酮。如果需要，可以加入崩解剂，如上述的淀粉以及羧甲基淀粉，交联聚乙烯吡咯烷酮，琼脂或藻酸或其盐，如藻酸钠。辅剂主要是流动调节剂和润滑剂，例如，硅石，滑石，硬脂酸或其盐，如硬脂酸镁或硬脂酸钙，和/或聚乙二醇。如果需要，给糖锭核芯提供合适的耐胃液的包衣。为此，可以使用浓缩的糖溶液，其可以任选地含有阿拉伯胶，滑石，聚乙烯吡咯烷酮，聚乙二醇和/或二氧化钛，漆溶液和合适的有机溶剂或溶剂混合物。为了产生耐胃液的包衣，使用合适的纤维素制剂如乙酰纤维素酞酸酯或羟丙甲基纤维素酞酸酯的溶液。可以将染料或色素加入片剂或糖锭包衣中，例如，用于区别或为了表征活性化合物剂量的组合。
其他可以口服使用的药物制剂包括由明胶制得的拼装(push-fit)胶囊，以及由明胶和增塑剂如甘油或山梨糖醇制得的软密封胶囊。拼装胶囊可以含有颗粒形式的活性化合物，其可以与填充剂如乳糖、粘合剂如淀粉，和/或润滑剂如滑石或硬脂酸镁，以及任选的稳定剂混合。软胶囊中，活性化合物优选溶解或悬浮于合适的液体中，如脂肪油或液体石蜡。此外，可以加入稳定剂。
可以直肠使用的可行药物制剂包括，例如，由活性化合物和栓剂基料的组合构成的栓剂。合适的栓剂基料是，例如，天然或合成的甘油三酯，或石蜡碳氢化合物。此外，还可以使用由活性化合物和基料的组合构成的明胶直肠胶囊。可用的基料物质包括，例如液体甘油三酯，聚乙二醇或石蜡碳氢化合物。
用于非肠道给药的合适制剂包括水溶形式活性化合物例如水溶盐的水溶液。此外，活性化合物的悬浮剂可以作为合适的油性注射悬浮液来给药。合适的亲脂溶剂或载体包括脂肪油，如芝麻油，或合成的脂肪酸酯，如油酸乙酯，甘油三酯或乙二醇-400。可以含有提高悬浮夜粘度的物质的含水注射悬浮液包括，例如羧甲基纤维素钠，山梨糖醇和/或葡聚糖。任选地，悬浮液还可以含有稳定剂。
用于口服给药的液体剂型包括药物学上可接受的乳液，溶液，悬浮液，糖浆和酏剂。除了活性化合物，液体剂型还可以含有本领域常用的惰性稀释剂，如例如，水或其他溶剂，增溶剂和乳化剂如，例如，水或其他溶剂，增溶剂和乳化剂，如乙醇，异丙醇，碳酸乙酯，醋酸乙酯，苯甲醇，苯甲酸苄酯，丙二醇，1，3-丁二醇，二甲基甲酰胺，油，如棉籽油，花生油，玉米油，胚芽油，橄榄油，蓖麻油和芝麻油，甘油，四氢糠醇，聚乙二醇和失水山梨醇的脂肪酸酯，及其混合物。
除了活性化合物，悬浮液可以含有悬浮剂，例如，乙氧基化的异硬脂醇，聚氧乙烯山梨糖醇和失水山梨醇酯，纤维素，微晶纤维素，偏氢氧化铝，膨润土，琼脂和黄蓍胶及其组合。
用于局部给药的药物组合物包括适于给药于皮肤、粘膜、肺或眼睛表面的制剂。可以作为加压或非加压干粉、液体或悬浮液来制得组合物。非加压粉末制剂中的活性成分可以细碎形式混合于药物学上可接受的惰性载体中，这些载体包括但不限于甘露醇，果糖，葡萄糖，蔗糖，乳糖，糖精或其他糖或甜味剂。
加压组合物可以含有压缩气体，如氮气，或液化气体推进剂。推进剂还可以含有表面活性成分，其可以是液体或固体非离子或阴离子试剂。阴离子试剂可以是钠盐的形式。
用于眼睛中的制剂可以包括药物学上可接受的眼药载体，如膏剂，油，如植物油，或包囊材料。待治疗的眼睛区域包括角膜区域，或内部区域，如虹膜，晶状体，睫状体，前房，后房，房水，玻璃体，脉络膜或视网膜。
用于直肠给药的组合物可以是栓剂的形式。用于阴道中的组合物可以是栓剂、霜剂、泡沫或停留式阴道插入物的形式。
可以以脂质体的形式给药组合物。可以由磷脂、磷脂酰胆碱(卵磷脂)或其他本领域已知的天然或合成的类似脂肪的化合物制得脂质体。可以使用任何能够形成脂质体的无毒、药理学上可接受的脂质。脂质体可以是多层或单层的。
可以将根据本发明用于全身给药的药物制剂配制成用于肠内、肠外或局部给药。实际上，可以同时使用全部三种类型的制剂来获得活性成分的全身给药。
用于口服的合适制剂包括硬明胶胶囊或软明胶胶囊、糖锭、丸剂、片剂包括包衣的片剂、酏剂、悬浮液、糖浆或吸入剂及其控释形式。
当与生物可降解的缓释载体复合时，上述化合物或由本发明内一种或多种测试鉴定的并具有破坏Gag加工的能力的化合物，也可以以植入物的形式来给药。或者，本发明的化合物可以配制成经皮的贴剂用于活性成分的持续释放。
以下实施例只是说明性的而并不是用来限制由所附权利要求限定的本发明的范围。本领域技术人员将清楚在本发明的方法中可以形成各种改进和改变而没有脱离本发明的精神和范围。因此，本发明意图涵盖了本发明的改进和改变，只要它们在所附权利要求及其等同方案的范围内。
实施例
实施例1
对抗原代HIV-1分离株的抗病毒活性：
将加强的病毒抑制测试用于评价DSB对抗在PMBC中繁殖的原代HIV-1分离株的抗病毒活性。简而言之，在96孔组织培养平板中的培养基中形成DSB的连续稀释。将25-250 TCID50的病毒和5×105PHA-刺激的PBMC加入每个孔中。在感染后第1、3和5天，从每个孔中除去培养基并替换含有合适浓度DSB的新鲜培养基。在感染后的第7天，从每个孔中取出培养物上清液用于病毒复制的p24检测并通过标准方法计算50％抑制浓度(IC50)。
表5显示了DSB对抗一组原代HIV-1分离株的有效抗病毒活性。DSB呈现与平行测试的获批准药物相似的活性水平。重要地，DSB的活性不受辅助受体使用的限制。
表5
---------IC50(nM)-----------
| 病毒分离株# | 辅助受体使用 | DSB | AZT | 奈韦拉平 |
| BZ167 | X4 | 4.0 | 2.2 | 31.2 |
| 92HT599 | X4 | 9.8 | 5.8 | 25.3 |
| US1 | R5 | 5.6 | 0.9 | 22.1 |
| 19101N* | R5 | 3.8 | 2.4 | 59.4 |
| 3401N* | R5/X4 | 12.0 | 17.5 | 32.1 |
| 92US723 | R5/X4 | 4.6 | 1.2 | 26.8 |
| 22101N* | R5/X4 | 2.6 | 0.9 | 4.9 |
| 平均 | 6.1 | 4.4 | 28.8 |
表5：DSB和两种获批准的药物对抗一组原代分化体B HIV-1分离株的抑制活性(IC50)。在Panacos分离用*表示的临床HIV-1分离株。所有其他病毒分离株从NIH AIDS Reference Repository获得。
标注：R5和X4各自指的是趋化因子受体CCR5和CXCR4。
以一定范围浓度与PHA-刺激的PBMC温育7天，然后使用XTT方法测定细胞存活力来分析DSB的毒性。50％细胞毒性浓度＞30μM，对应于约5000的体外治疗指数。
实施例2
DSB对抗药物抗性HIV-1分离株的抗病毒活性：
测试DSB对抗一组对获批准药物耐药的HIV-1分离株的活性。这些病毒从NIH AIDS Research and Reference Reagent Program获得。使用在PBMC中繁殖的病毒来进行测试，使用p24终点(上)，或使用细胞系目标(MT-2细胞)和细胞杀灭终点。MT-2测试形式如下。在96孔平板中制得DSB或每种获批准药物的连续稀释。向每个样品孔中加入含有3×105细胞/mL MT-2细胞的培养基和在感染后(PI)5天导致80％细胞目标杀灭所需要浓度的病毒接种物。在感染后的第5天，通过XTT方法测定病毒诱导的细胞杀灭并测定化合物的抑制活性。
表6显示了DSB对抗一组药物抗性HIV-1分离株的有效抗病毒活性。结果与以一组野生型分离株获得的那些(表5)没有显著差异，证明了DSB保持了其对抗对所有主要类别获批准药物耐药的病毒株的活性。
表6
-----------IC50(nM)----------
| 病毒分离株# | 突变 | 辅助受体使用 | DSB | AZT | 奈韦拉平 | 茚地那韦 |
| NRTI-耐药 | ||||||
| 1 | K70RT215Y/F | R5/X4 | 4.4 | 86.4(54X)* | ND | 9.8 |
| 2 | K70RT215Y/F | R5/X4 | 4.2 | 63.4(40X) | ND | 6.1 |
| NNRTI-耐药 | ||||||
| 3 | Y181C | X4 | 1.0 | 5.1 | ＞3800(＞177X) | 2.5 |
| 4 | K103NY181C | X4 | 1.3 | 2.0 | 2630(122X) | 4.5 |
| 蛋白酶-耐药 | ||||||
| 5 | V82A | X4 | 5.6 | 13.1 | ND | 39.7(12X) |
| 6 | I84V | X4 | 5.5 | 14.4 | ND | 32.7(10X) |
| 7 | L10R/M46I/L63P/V82T/I84V | X4 | 12.9 | 3.5 | ND | 72.5(23X) |
表6：DSB对抗一组耐药HIV-1分离株的抑制活性(nM IC50)。在新鲜PBMC中用p24终点进行测试，除了NNRTI-耐药分离株在MT-2细胞中进行，用细胞存活力(XTT)终点。*抗性倍数。
标注：R5和X4各自指的是趋化因子受体CCR5和CXCR4。
实施例3
DSB在病毒生命周期中的晚期步骤抑制HIV-1复制
为了区分DSB对抗早期和晚期复制目标的抑制活性，使用半乳糖苷酶指示剂的多核激活(MAGI)测试。该测试中，目标是稳定表达CD4，CXCR4，CCR5的HeLa细胞和由通过截短的HIV-1 LTR驱动的半乳糖苷酶基因(经修饰以定位于核)组成的报道构建体。这些细胞的感染导致驱动β-半乳糖苷酶报道基因激活的Tat的表达。使用显色底物X-gal检测感染细胞中β-半乳糖苷酶的表达。如表7中所示的，由于它们破坏病毒复制中影响Tat蛋白表达的早期步骤的能力，进入抑制剂T-20，NRTI AZT和NNRTI奈韦拉平导致HIV-1感染的MAGI细胞中β-半乳糖苷酶基因表达的显著降低。相反，蛋白酶抑制剂茚地那韦靶向病毒复制中的晚期步骤(Tat表达后)而不阻止该系统中的β-半乳糖苷酶基因表达。用DSB获得与茚地那韦相似的结果，表明DSB在完成原病毒DNA整合和病毒转活蛋白合成后的时间点阻断病毒复制(表7)。
表7
| 抑制剂 | DMSO | T-20 | AZT | 奈韦拉平 | 茚地那韦 | DSB |
| ％降低 | 0 | 98 | 82 | 85 | 10 | 12 |
(β-半乳糖苷酶表达)
表7：DSB和进入抑制剂(gp41肽T-20)，RT抑制剂(AZT和奈韦拉平)和蛋白酶抑制剂(茚地那韦)对HIV-1感染的MAGI细胞中β-半乳糖苷酶表达的效果。DMSO对照不含药物。
Kanamoto等(Antimicrob.Agents Chemother.4月；45(4)：1225-30，(2002))也报道了DSB作用于HIV复制的晚期步骤。然而，他们报道了该化合物抑制病毒从慢性感染细胞的释放。相反，我们使用各种实验系统的数据表明DSB对病毒释放不具有显著效果(例如实施例6)。
实施例4
DSB不抑制HIV-1蛋白酶活性
之前使用通过追踪合成肽底物裂解来表征酶活性的无细胞荧光测试确定了DSB对HIV-1蛋白酶功能没有效果。这些实验的结果表明高达50μg/mL浓度的DSB对蛋白酶功能不具有效果。观察到DSB阻断病毒复制的晚期步骤后，还进行了使用重组形式Gag蛋白的研究，重组形式Gag蛋白是比最初测试中所用的合成肽底物更相关的系统。重组Gag蛋白作为底物的使用获得相似的实验结果。这些实验中，高达50μg/mL浓度的DSB没有破坏蛋白酶介导的Gag蛋白加工。相反，如预期的，蛋白酶抑制剂茚地那韦在5μg/ml阻断了Gag蛋白加工(图1)。
实施例5
DSB导致与病毒成熟缺陷相关的Gag加工最后步骤(CA-SP1裂解)的缺陷
为了更好地定义DSB的作用机理，对用DSB处理的HIV-1感染的细胞系产生的病毒进行详细检查。简而言之，用1μg/mL DSB处理HIV-1IIIB分离株慢性感染的H9细胞48小时。将茚地那韦用作对照。在48hr的时间点，除去用过的培养基并加入含有化合物的新鲜培养基。在新鲜化合物加入后24，48和72hr，回收细胞和上清液用于分析。测定培养物上清液中的病毒水平并使用蛋白质印迹来表征细胞相关病毒和无细胞病毒中的病毒蛋白产生。如之前实验中所观察到的，DSB没有导致慢性感染H9细胞产生的病毒量的显著降低，然而，细胞相关病毒和无细胞病毒中都存在Gag加工缺陷。该缺陷表现为蛋白质印迹中对应于p25的附加条带的形式(图2)。该p25条带由衣壳CA-SP1前体的不完全加工引起。对HIV-2和SIV慢性感染细胞系的DSB处理呈现了正常的Gag加工，与观察到缺乏对抗这些病毒的抗病毒活性相一致。DSB存在下看到的Gag加工缺陷完全不同于用蛋白酶抑制剂茚地那韦所观察到的(图2)。如上所讨论的，阻止加工的p25至p24切割位点处的突变与病毒成熟和感染性的缺陷相关(Wiegers K.等，J.Virol.72：2846-54(1998))。
如之前所讨论的(C.T.Wild等，XIVInt.AIDS Cnf.Barcelona，西班牙，摘要MoPeA3030，(2002年7月))，在其他成熟出芽缺陷中也看到了p25至p24的异常加工。这些包括Gag晚期结构域(PTAP)中的突变或TSG-101介导的病毒装配中破坏出芽的缺陷(Garrus，J.E等，Cell，107：55-65，(2001)；Demirov，D.G.等，J.Virology76：105-117，(2002))。然而，这些突变导致病毒释放的抑制，而DSB处理对病毒释放不具有显著作用。这些成熟/出芽突变体的形态与DSB处理后的也非常不同(参见实施例6)。
此外，干扰病毒RNA二聚作用并导致具有缺陷核心结构的不成熟病毒产生的突变获得了相似的Gag加工表型(Liang，C.等，J.Virology，73：6147-6151，(1999))。然而，那些情况中，RNA引入受到抑制和释放颗粒的形态与DSB处理后的那些截然不同(参见实施例6)。
实施例6
DSB处理影响HIV-1成熟，如通过电子显微镜检(EM)测定的
已经证明了HIV-1 Gag中破坏p25加工成p24的突变产生了特征在于内部形态与正常病毒不同的非感染性病毒颗粒(Wiegers K.等，J.Virol.72：2846-54(1998))。为了确定DSB存在下产生的病毒是否呈现这种不同的形态，进行了以下的实验。
用HIV-1感染性分子克隆pNL4-3转染HeLa细胞并如之前所述的用DSB处理。处理后，用戊二醛固定DSB处理过的受感染细胞并通过EM来分析。该分析的结果显示于图3中。
这些结果与破坏p25加工成p24的产生非感染性形态异常病毒颗粒的化合物一致。
3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸(DSB)是破坏p25加工成p24并有效抑制HIV-1复制的化合物实例。然而，这种化合物不抑制PR活性，且它的作用对于p25加工成p24的步骤是特异性的，而不是Gag加工中的其他步骤。此外，DSB处理导致上述的异常HIV颗粒形态。
实施例7
体外选择对破坏病毒Gag衣壳(CA)蛋白从CA-间隔肽1蛋白前体加工的化合物抗性的HIV-1分离株。
进行了一系列实验来选择对3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸(DSB)的抑制抗性的病毒，DSB是HIV-1成熟的抑制剂。对于每个实验，将NL4-3或RF病毒分离株用于感染两个细胞培养物。感染后，在含有DSB的生长培养基中维持一个培养物，而在缺乏DSB的生长培养基中平行维持另一个培养物。
在一个实验中，在递增浓度(0.05-1.6μg/ml)的DSB存在或缺乏下维持已经用RF病毒感染的H9细胞。每2-3天加入新鲜药物使细胞传代。每7天通过p24 ELISA来监测病毒复制。同时，在1x或2x初始浓度的DSB存在下以1∶1的细胞比例与新鲜未感染的H9细胞共同培养来传代经DSB处理的具有高水平p24的培养物。共同培养8周后，从含有1.6μg/ml浓度DSB的培养物中收集无细胞病毒并用于感染新鲜H9细胞。每7天，在1x或2x初始浓度的DSB存在下将来自含有高水平p24的培养物的病毒通过无细胞感染传代。无细胞传代5周后，从含有3.2μg/ml DSB的培养物收集病毒并用于感染MT-2细胞。通过显微镜观察合胞体的形成来监测MT-2细胞中的病毒复制。每1-3天，将细胞洗涤来除去输入的病毒，并将新鲜药物加入在选择下的培养物中。每3-4天，选择下培养物中广泛合胞体出现后，收集各个培养物的上清液并通过0.45μm滤器来除去细胞碎片。然后在新鲜药物的存在或缺乏下将该滤过的病毒上清液用于感染新鲜MT-2细胞。在4轮无细胞感染后(约培养2周)，药物浓度为3.2μg/ml，收集病毒原种并冷冻用于进一步的分析。
第二个实验中，将源自分子克隆pNL4-3的病毒原种(5.7×104TCID50)用于感染MT-2细胞(6×106细胞)并在1.6μg/ml浓度的DSB存在或缺乏下维持培养。每1-3天，将细胞洗涤来除去输入的病毒，将新鲜药物加入选择下的培养物中。通过显微镜观察合胞体的形成来监测病毒复制。每3-7天，选择下培养物中大量合胞体出现后，收集各个培养物的上清液并通过0.45μm滤器来除去细胞碎片。然后在新鲜药物的存在或缺乏下将该滤过的病毒上清液用于感染新鲜MT-2细胞。5轮无细胞感染后，且此后每隔一轮，将药物的浓度加倍。10轮无细胞感染后(约培养7周)，当药物的浓度达到12.8μg/ml时，收集病毒原种并冷冻用于进一步的分析。
实施例8
选择对破坏病毒Gag衣壳(CA)蛋白从CA-间隔肽1蛋白前体加工的化合物抗性的HIV-1分离株的表征。
进一步在表型和基因型上分析如上所述产生的病毒原种来表征它们药物抗性的性质。在病毒复制测试中测定病毒对3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)-桦木酸(DSB)的抗性。简而言之，通过定量用连续4倍稀释的病毒感染后8天培养物中的p24水平(通过ELISA)，首先在H9细胞中滴定病毒原种。然后为了第二个测试将病毒输入标准化，在第二个测试中在连续4倍稀释的药物存在下将每种病毒培养8天。以与无药物对照相比较降低p24终点水平达50％的药物稀释度来测定每种病毒的IC50。这些测试中，与对于药物不存在下平行培养病毒的0.02μM的IC50相比较，两个独立产生的病毒原种对于DSB产生高于2μM的IC50值。在随后系列的实验中，将A364V突变工程化至HIV-1NL4-3原病毒DNA中，随后将其转染至HeLa细胞中。收集所得到的病毒并用于在病毒复制测试中测试DSB的活性，如上所述。这些测试中，DSB抗性病毒产生0.1μM的IC50值，而野生型NL4-3获得0.01μM的IC50值。
为了测定抗性病毒是否能够逃避由DSB在野生型病毒中引起的CA-SP1裂解缺陷，通过蛋白质印迹分析在药物存在或缺乏下生长的每种病毒的原种。滤过的培养物上清液通过20％蔗糖垫来沉淀病毒，该培养物上清液是在感染后60hr和洗涤细胞并加入新鲜药物后18hr收集的。将病毒裂解，并通过定量每个样品中的p24水平将每种病毒的量标准化。每个样品中病毒蛋白的蛋白质印迹分析证明了在DSB存在下药物抗性病毒不含有CA-SP1产物，证实了这些病毒对药物对于这种裂解事件的作用是抗性的。
最后，为了鉴定DSB抗性的遗传决定因子，通过高保真度RT-PCR将病毒基因组的完整Gag和PR编码区域扩增用于测序。从如上所述制得的每种病毒裂解物纯化病毒RNA，并用DNA酶消化来除去任何污染的DNA。然后将RT-PCR产物凝胶纯化来除去任何非特异性的PCR产物。最后，使用重叠的系列引物将所得到DNA片段的两条链测序。鉴定出两个独立地能够赋予对DSB抗性的氨基酸突变，NL4-3分离株中残基364处和RF分离株中残基366处Gag多肽中丙氨酸至缬氨酸的置换。这些各自是CA-SP1切割位点下游(SP1的N-末端)的第一个和第三个残基。数据库中所有HIV-1分化体在这些位置每一个处丙氨酸是高度保守的。
实施例9
将HIV-1成熟抑制剂DSB活性的决定因子作图于Gag蛋白CA-SP1结构域
为了进一步限定DSB活性的分子决定因子，制得一系列嵌合病毒，其中将邻近DSB-敏感病毒HIV-1的CA-SP1切割位点的残基插入DSB抗性逆转录病毒SIV的Gag蛋白的类似区域中。这些SIV/HIV嵌合体(SHIV)关于DSB活性的表征允许进一步鉴定对于DSB活性必需和足够的最小HIV-1 Gag序列。
材料和方法
SHIV DNA克隆的构建
使用DSB-抗性SIVmac239作为主链联合来自DSB敏感HIV-1pNL4-3的Gag CA-SP1区域的残基来产生三组SHIV。这些SHIV构建体的CA-SP1序列显示于图20中。使用PCR-重叠-PCR策略进行所有的DNA诱变。(Ho，S.H.，H.D.Hunt，R.M.Horton，J.K.Pullen，和L.R.Pease(1989)Site-directed muta genesis by overlapextension using the polymerase chain reaction(使用聚合酶链式反应通过重叠延伸定点诱变)Gene 77：51-59)和其他标准分子克隆方法(Sambrook，J.，E.F.Fritsch，和T.Maniatis(1989)Molecular cloning：alaboratory manual(分子克隆：实验室手册)，第2版，Cold Spring Harbor Laboratory Press，Cold Spring Harbor，N.Y.)。
细胞培养和DNA转染
将HeLa细胞维持于DMEM(Invitrogen)(补充10％FBS，100U/ml青霉素，和100μg/ml链霉素)中并在汇合时传代。使用midiprep试剂盒(Qiagen)制得所有质粒DNA。通过使用FuGENE 6转染试剂(Roche)用野生型SIVmac 239，HIV-1 pNL4-3或SHIV原病毒DNA转染HeLa细胞。简而言之，在使用的前一天将细胞以1.5×105细胞每孔的浓度接种于6孔平板(Corning)中并在转染那天使其达到60至80％汇合。对于每次转染，将3μl的FuGENE6稀释至100μl无血清DMEM中，接着加入1μg DNA。温和混合后，将DNA-脂质复合物的混合物逐滴温和地加入1.5ml完全DMEM培养基中的细胞中。转染后二十四小时，将含有DNA-FuGENE 6复合物的培养基除去并将1.5ml新鲜DMEM加入转染的细胞中。在转染后48h，收集细胞和培养物上清液用于进一步的分析。
SDS-PAGE和蛋白质印迹
为了表征将HIV-1的CA-SP1结构域的残基引入SIV对病毒颗粒产生和Gag多蛋白加工的作用，进行了蛋白质印迹。简而言之，在转染后48h，收集含有病毒颗粒的培养基并在Sorvall RT 6000B离心机中以2,000rpm和4℃离心20分钟来澄清。然后在微离心机中通过20％蔗糖垫以13,000rpm 4℃120分钟来浓缩含有颗粒的上清液在并将沉淀物重悬浮于裂解缓冲液中(150mM Tris-HCl，5％曲通X-100，1％脱氧胆酸盐，0.1％十二烷基硫酸钠[SDS]，pH8.0)。对于细胞裂解物，在转染后48小时，将细胞用PBS洗一次并裂解(150mM Tris-HCl，5％曲通X-100，1％脱氧胆酸盐，pH8.0)，然后以13,000rpm于4℃离心5分钟来除去核部分。将病毒沉淀物和细胞裂解物在12％NuPAGEBis-Tris凝胶(Invitrogen)上分离并转移至硝基纤维素膜(Inviteogen)，接着在含有0.5％吐温和5％干奶粉PBS缓冲液中封闭。用抗-SIVmac 251 p27 McAb(NIH AIDS Research and Reference ReagentProgram)温育膜并用山羊抗小鼠辣根过氧化物酶(Sigma)杂交。对于含有HIV-1蛋白的膜，用HIV-1感染患者的免疫球蛋白(HIV-Ig)(NIH AIDS Research and Reference Reagent Program)温育膜并用山羊抗人辣根过氧化物酶(Sigma)来杂交。用ECL系统(Amers hamPharmacia Biotech)根据制造商提供的说明来显现免疫复合物。
DSB对SHIV Gag加工的作用
为了了解Gag置换对DSB抑制CA-SP1加工的能力的作用，通过使用上述的程序，用野生型SIVmac 239，HIV-1 pNL4-3或SHIV原病毒DNA转染HeLa细胞。在整个培养阶段中维持1μg/ml浓度的DSB或DMSO(无药物对照)，且如上所述进行分析这些培养物产生的病毒蛋白的SDS-PAGE/蛋白质印迹。
只有对DSB作用完全敏感的病毒评价为敏感，而具有残余抗性的那些评价为抗性。因此，实验9中的评价不同于之前的评价，之前的评价将不是完全抗性的病毒评价为敏感。出于该原因，在实验9中将SHIV.DM评价为DSB抗性，但之前评价为DSB敏感。
结果
Gag SHIV的表征
制得三组HIV-1/SIV Gag嵌合体(图20)。组1由含有SIV主链的病毒组成，该主链中插入了HIV-1 SP1结构域的残基。这些嵌合体中的HIV-1插入片段大小从单点置换(SHIV DA)至SIV SP1结构域完全替换为来自HIV-1的SP1序列(SHIV DN)。组2由含有相同SP1置换加上包括HIV-1的两个C-末端CA残基(LM至VL)的病毒组成。组3SHIV与组2中的那些相同，除外除了SP1结构域中的置换和HIV-1的两个C-端CA残基(LM至VL)外，这些嵌合体中的每一个在CA-SP1切割位点上游的第6个位置(P6)还引入了Q(SIV)至H(HIV-1)的改变。
测定了从转染细胞释放的病毒颗粒水平和每个SHIV的Gag加工特征(图21)。所有组1的SHIV在颗粒产生和Gag加工方面行为相似；这些嵌合病毒与亲本SIV相比较呈现了接近野生型水平的颗粒产生和正常的Gag加工特征。组2中大部分嵌合体的特征在于正常的Gag加工特征，而SHIV FC和11的细胞表达有些降低(图21A)。对于组2的所有SHIV，相对于细胞相关表达的病毒产生量比得上亲本SIV。与组1和2的SHIV相反，组3中的大部分嵌合体呈现了Gag加工的缺陷。这些SHIV中，只有GH，GI和23呈现了正常的Gag加工特征。从这些结果清楚的是CA-SP1切割位点上游六个残基处Q至H的改变影响了SIV PR加工嵌合Gag蛋白的能力。
图21中显示了SHIV组2的结果，组2包括在SP1和CA结构域都含有HIV-1残基的病毒。如之前所述的，这组的SHIV与组1的相同，除外除了SP1结构域中的置换，这些嵌合体中的每一个还引入了两个HIV-1 CA C-末端残基(HIV-1的VL替代了SIV的LM)。和组1中的病毒一样，组2中嵌合体的特征在于正常的Gag加工特征(图21)，且尽管SHIV FC和11的细胞表达有些降低(图21A)，用编码这些SHIV的DNA转染的细胞的上清液中发现的病毒比例与所有组2病毒观察到的病毒释放水平成比例。
图21中显示了病毒在Gag SP1和CA结构域中都含有HIV-1残基的SHIV组3的结果。这组的SHIV与组1中的那些相同，除外除了SP1结构域中的置换，这些嵌合体中的每个还引入了两个来自HIV-1的C-末端残基(SIV的LM至HIV-1的VL)加上CA-SP1切割位点上游第6个位置处Q(SIV)至H(HIV-1)改变。和头两组不一样，组3中的大部分嵌合体呈现了Gag加工的缺陷(图21)。这些SHIV中，只有GH，GI和23呈现了正常的Gag加工特征。从这些结果清楚的是CA-SP1切割位点上游六个残基处Q至H改变对SIV蛋白酶加工所得到的嵌合Gag蛋白的能力具有显著的影响。
Gag SHIV对DSB的敏感性
表征组1，2和3中的每个SHIV对DSB的敏感性。如上所述，DSB破坏了HIV-1 CA-SP1裂解，导致呈现异常核心形态的非感染性病毒颗粒的释放(Li，F，R.Golia-Gaur，K.Salzwedel，N.R.Kilgore，M.Reddick，C.Matallana，A.Castillo，D.Zoumplis，D.E.Martin，J.M.Orenstein，G.P.Allaway，E.O.Freed，和C.T.Wild(2003)PA-457：a potent HIV inhibitor that disrupts core condensationby targeting a late step in Gag processing(通过靶向Gag加工的晚期步骤破坏核心凝聚的有效HIV抑制剂)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 100：13555-13560)。在本研究中，在1μg/ml浓度的DSB存在下将表达SHIV的细胞培养48hr。在该时间结束时，从培养物上清液中收集病毒和分析每个嵌合病毒的Gag加工特征并与化合物不存在下的Gag蛋白加工相比较(图22)。
如图22中所看到的，SP1 SHIV(组1)中没有一个呈现对DSB的敏感性。甚至SHIV DN，其含有完整的HIV-1 SP1结构域，在浓度超过组织培养测定的IC50的化合物存在下也呈现了正常的Gag加工特征(图22)(Li等)。组1嵌合体的结果证明了DSB活性的决定因子包括SP1结构域外的HIV-1 Gag区域。组2 SHIV的结果与组1观察到的那些相同。特别地，这些CA-SP1嵌合体中没有一个呈现DSB敏感性(图22)。由于组2的病毒除了HIV-1的SP1序列外，还含有C-末端VL氨基酸残基，这些结果证明除紧靠CA-SP1切割位点两侧那些残基以外的HIV-1 Gag残基在DSB敏感性中起作用。
如图22A中所示的，对于组3 SHIV的一个亚组，DSB确实破坏CA-SP1加工。这些嵌合病毒中，SHIV 23和GI呈现了比得上原型HIV-1分离株NL4-3的DSB敏感性水平(图22A)。在重复的实验中，通过CA-SP1与CA的相对比例测定的化合物对这些病毒中每一种的作用大小幅度几乎相同。此外在组3中，SHIV GH呈现了一定水平的DSB敏感性，然而，在定性的水平上，与对SHIV 23和GI观察到的相比较，对抗该病毒观察到的活性降低。对于SHIV GH，DSB对Gag加工的作用降低至在免疫印迹中观察到的非常淡的CA-SP1条带在图22A中不明显的点。上样于凝胶上的病毒蛋白量的5X增加将蛋白质印迹测试的敏感性提高至允许观察对于SHIV GH的DSB介导的加工缺陷的水平(图22B)。对于组3中剩余的病毒，由于Gag加工中的序列相关缺陷，不能测定化合物的效果(图21B)。组3 SHIV的结果表明CA-SP1切割位点上游第6个位置处的His残基在DSB敏感性中起着重要作用且就在切割位点附近以外的CA和SP1相当大部分对于DSB活性是必需的。
讨论
制得(图20)并表征三组SIV/HIV-1嵌合体。对于SP1或CA/SP1置换对Gag蛋白加工、病毒颗粒释放和DSB敏感性的效果，所有组1和2的SHIV行为相似(图21和22)。尽管组2中的一些病毒(即，FD和11)的特征在于病毒颗粒产生水平的降低，该效果很可能是由于转染细胞产生的病毒量的整体降低而引起的(图21A)。通过化合物对CA-SP1加工的效果测定的这些组1和2 SHIV中没有一个对DSB敏感的事实表明，就在HIV-1 CA-SP1切割位点附近以外的Gag序列在DSB活性中起着关键作用。
与组1和2中的病毒相反，组3 SHIV中的三个成员呈现了一定程度的DSB敏感性。这些病毒中，SHIV 23和GI呈现了NL4-3样的DSB敏感性，而SHIV GH呈现了有些降低的对化合物敏感性水平。另外的组3病毒中，CA-SP1置换对Gag加工的作用使得不可能测定化合物对剩余嵌合体的作用。
DSB对这3组CA-SP1 SHIV的Gag加工特征的作用表明化合物活性的决定因子包括CA-SP1切割位点两侧相对大的Gag区域。DSB对抗组2 SHIV 11(不敏感)与组3 SHIV 23(敏感)的活性比较表明，位于切割位点上游第6个CA位置的His残基对DSB活性是关键的(图22B)。与该观察相一致，体外抗性选择研究已经鉴定出赋予一定水平的DSB不敏感性的该位置处的突变。
在此的结果表明了CA-SP1区域中高亲和性和低亲和性结合位点的存在。低亲和性相互作用将产生部分DSB活性(即，SIVm3)，而高亲和性结合将获得完全化合物敏感性(即，SHIV23)。
实施例10
病毒分离株的基因分型
如上所示，已经证明了HIV中的序列多态性与病毒在DSB存在下的复制能力相符。大部分序列多态性簇集在gag中尤其是在编码CA-SP1的区域中。因此，病毒分离株的基因分型可以用于容易地确定这种病毒的复制是否可能受到DSB或任何其他干扰p25加工的化合物抑制。
这样基因分型的结果可用于，例如，确定是否可以用DSB或以相似方式干扰p25加工的任何其他化合物来治疗患者的病毒感染，或用于测定DSB治疗过程中抗性变体的出现。
可以通过各种方法来进行基因分型。一些实施方案中，通过测序来进行基因分型。
方法
从每名患者获得血浆的单一冷冻等份试样(约1.2ml体积)。将血浆样品存储于-70℃直至准备处理。使用三位数的患者ID编号来识别每个样品。
在处理那天，将各个血浆样品在37℃水浴中快速解冻然后置于冰上。取出140μl血浆的等份试样置于单独的管中用于核酸纯化，使用QIAamp迷你病毒RNA纯化试剂盒(Qiagen)。将剩余的血浆样品转移至单独的管中用于简短的低速离心(8,000rpm 3分钟)来澄清血浆。然后将1ml澄清的上清液转移至新鲜管中并以全速(13,000rpm)离心2hr来沉淀病毒。使用移液管小心地取出上清液并转移至单独的管中存储于-70℃作为对病毒沉淀物可能破坏的预防措施。将病毒沉淀物重悬浮于140μl的PBS中并存储于-70℃作为备用样品，以防从非沉淀血浆初始等份试样没有获得足够的RT-PCR产物。
表8 HIV-1Gag引物
分化体B中保守的HIV-1 Gag CA/SP1引物
| 名称 | 序列 | 长度 | Tm | ％GC |
| 正向(“+”链)引物 | F-625 cacctagaactttaaatgcatgg | 23 | 51 | 39 |
| F-575 gcccagaagtaatacccatgttttcagc | 28 | 62 | 46 | |
| F-550 cagaaggagccaccccacaag | 21 | 58 | 62 | |
| F-525 caccatgctaaacacagtggg | 21 | 53 | 52 | |
| F-375 ggaagtgacatagcaggaactactag | 26 | 52 | 46 | |
| F-300 ccacctatcccagtaggag | 19 | 53 | 58 | |
| F-125 ggatgacagaaaccttgttggtcc | 24 | 58 | 50 | |
| 反向(“-”链)引物(5’-3’) | R+100 cctttccacatttccaacagccc | 23 | 57 | 52 |
| R+200 cttccctaaaaaattagcctgtc | 23 | 51 | 39 | |
| R+275 ctggtggggctgt tggctc | 19 | 64 | 68 | |
| R+400 gggtcgttgccaaagagtg | 19 | 60 | 58 | |
| R+450 ctgtatcatctgctcctgtatctaatag | 28 | 52 | 39 | |
| R+525 caattccccctatcatttttggtttcc | 27 | 62 | 41 | |
| R+625 cttccaattatgttgacaggtgtaggtcc | 29 | 60 | 45 |
纯化后，以约60μl的终体积洗脱病毒RNA。只有7μl该储液最初用作模板用于逆转录，使用StrataScript第一链合成系统(Stratagene)。将剩余的RNA储液存储于-70℃作为备份。逆转录的引物(R+625)退火在CA-SP1切割位点下游约625bp。已经设计所有用于该计划中的RT-PCR和测序的引物退火至分化体BHIV分离株中高度保守的gag区域并已经使用42名不同患者的血浆样品证实。
以50μl的总体积来进行逆转录反应。只有5μl该反应最初用作CA-SP1区域PCR扩增的模版，使用PicoMaxx高保真度PCR Master Mix(Stratagene)。将剩余的反应物保存于-20℃作为备份。使用发现其提供高产量的非常纯净的DNA产物的两步“巢式(nested)”PCR策略。第一轮PCR扩增的正向和反向引物(F-625和R+525)各自退火在CA-SP1切割位点上游约625bp和下游525bp。该第一个PCR反应后通过琼脂糖凝胶分析通常看不到产物。
以50μl总体积进行最初的PCR反应。循环后，取出该反应的5μl并用作第二轮“巢式”PCR反应的模版，使用引物F-575和R-450，其退火至最初引物对退火区域内部的gag区域。将剩余的第一轮PCR反应物存储于-20℃作为备份。用于第二轮PCR反应的正向和反向引物各自退火在CA-SP1切割位点上游约575bp和下游450bp。取出5μl最终“巢式”PCR反应物用于通过琼脂糖凝胶电泳分析DNA产物。如果，如预期的，反应只含有一条对于所需的产物预测大小(～1.1kb)的显著条带，且估计产量足以允许测序(即，总共～200ng)，则取出40μl反应物用于DNA产物的纯化，使用MinElute PCR纯化试剂盒(Qiagen)。将剩余的～5μl反应物存储于-20℃作为备份。纯化的DNA产物洗脱后，将合适的体积(对应于至少40ng DNA)转移至两个管中，每个管中含有不同的测序引物(DNA的每一链一条)。“+”链测序引物(F-300)退火在CA-SP1切割位点上游约300bp。“-”链测序引物(R+275)退火在CA-SP1切割位点下游约275bp。运送模板/引物混合物用于测序和分析。将剩余的纯化DNA产物存储于-20℃作为备份。所得到序列的分析提供了每条DNA链的重叠读数来帮助解决任何单个测序反应中的任何不确定性。
如果在两个测序反应中都发现不确定性，使用备选的经验证的测序引物来分析另外的测序反应，以防问题在于原始测序引物退火的gag区域的不均一性。这些将包括各自退火在CA-SP1切割位点上游约375和125bp的两条“+”链引物(F-375和F-125)和退火在CA-SP1切割位点下游约100和400bp的两条“-”链引物(R+100和R+400)。
如果在琼脂糖凝胶上分析时最后的“巢式”PCR反应物含有明显的背景条带(即，高于约10％的总产量)，或如果测序不能产生纯净的序列，则通过将整个PCR反应物(如果需要从备份样品再扩增)在琼脂糖凝胶上跑胶并切割所需的条带来纯化所需的DNA产物。然后使用QIAEXII凝胶提取试剂盒(Qiagen)从琼脂糖纯化DNA并制得洗脱的产物用于如上所述的测序中。
如果PCR反应不能产生足够的产物用于测序，如果需要，可以进行另外的RT-PCR或PCR反应，使用上述任何备份样品和另外验证的引物组，包括退火在CA-SP1切割位点上游约550，375，300和125bp的四种正向引物(F-550，F-375，F-300和F-125)和引物退火在CA-SP1切割位点下游400，275和100bp的三种反向引物(R+400，R+275和R+100)。例如，使用引物R+525用于逆转录以及引物F-575和R+450用于单轮PCR扩增获得了极好的结果。引物F-550和R+400对于PCR扩增也很好用。
然后将所得到的基因型和本文别处鉴定的病毒基因型相匹配来确定病毒是否受到DSB的抑制或不受到抑制。可以通过后续实验如通过对病毒分离株的直接实验获得对基因分型结果的进一步证实。
实施例11
DSB治疗过程中的遗传改变
为了测定DSB治疗过程中HIV-1基因型的改变，获得各个患者在给药之前和研究结束时(28天)的病毒群基因型来确定在治疗过程中是否已经发生了任何突变。如果在研究结束时的样品中鉴定出给药之前不存在的任何突变，则对给药后第7和10天采取的中间样品也进行基因分型来确定突变是何时发生的。
使用该方法，测定了研究过程中总病毒群中可能发生的突变。将突变鉴定为对于给定密码子指定的氨基酸高于25％的变异。一旦鉴定出突变，回顾原始数据的色谱来确定较小病毒群中该位置的氨基酸的身份。如果使用这些标准没有鉴定出上述抗性突变中的任意一个，则回顾每个反应的色谱来确定任何相关位置是否存在任何次要种类(低于总群体的25％)。
现已全面描述了本发明，本领域技术人员将理解可以在广泛和等同范围的条件、制剂和其他参数内进行本发明而不影响本发明的范围或其任意的实施方案。在此引用的所有专利、申请和出版物全部以其整体引入作为参考。
序列表
<110>V.I.Technologies，Inc.
The Government of the United States of America，as Represented by
the Secretary，Department of Health and Human Services
Salzwedel，Karl
Li，Feng
Wild，Carl T.
Allaway，Graham P.
Freed，Eric O.
<120>通过破坏病毒衣壳-间隔肽1蛋白的加工而抑制HIV-1复制
<130>1900.043PC05
<150>US60/653,961
<151>2005-02-17
<150>US10/851，637
<151>2004-05-24
<160>443
<170>PatentIn version 3.3
<210>1
<211>14
<212>PRT
<213>HIV-1
<220>
<221>MISC_FEATURE
<222>(1)..(1)
<223>Xaa可为甘氨酸或丝氨酸
<220>
<221>MISC_FEATURE
<222>(6)..(6)
<223>Xaa可为缬氨酸或异亮氨酸
<400>1
Xaa His Lys Ala Arg Xaa Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val
1 5 10
<210>2
<211>14
<212>PRT
<213>HIV-1 NL4-3
<400>2
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Val Glu Ala Met Ser Gln Val
1 5 10
<210>3
<211>14
<212>PRT
<213>HIV-1 RF
<400>3
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Val Met Ser Gln Val
1 5 10
<210>4
<211>1823
<212>DNA
<213>HIV-1 NL4-3
<220>
<221>misc_feature
<222>(1365)..(1365)
<223>N可为任何核苷酸：a，t，g，c
<400>4
atgggtgcga gagcgtcggt attaagcggg ggagaattag ataaatggga aaaaattcgg 60
ttaaggccag ggggaaagaa acaatataaa ctaaaacata tagtatgggc aagcagggag 120
ctagaacgat tcgcagttaa tcctggcctt ttagagacat cagaaggctg tagacaaata 180
ctgggacagc tacaaccatc ccttcagaca ggatcagaag aacttagatc attatataat 240
acaatagcag tcctctattg tgtgcatcaa aggatagatg taaaagacac caaggaagcc 300
ttagataaga tagaggaaga gcaaaacaaa agtaagaaaa aggcacagca agcagcagct 360
gacacaggaa acaacagcca ggtcagccaa aattacccta tagtgcagaa cctccagggg 420
caaatggtac atcaggccat atcacctaga actttaaatg catgggtaaa agtagtagaa 480
gagaaggctt tcagcccaga agtaataccc atgttttcag cattatcaga aggagccacc 540
ccacaagatt taaataccat gctaaacaca gtggggggac atcaagcagc catgcaaatg 600
ttaaaagaga ccatcaatga ggaagctgca gaatgggata gattgcatcc agtgcatgca 660
gggcctattg caccaggcca gatgagagaa ccaaggggaa gtgacatagc aggaactact 720
agtacccttc aggaacaaat aggatggatg acacataatc cacctatccc agtaggagaa 780
atctataaaa gatggataat cctgggatta aataaaatag taagaatgta tagccctacc 840
agcattctgg acataagaca aggaccaaag gaacccttta gagactatgt agaccgattc 900
tataaaactc taagagccga gcaagcttca caagaggtaa aaaattggat gacagaaacc 960
ttgttggtcc aaaatgcgaa cccagattgt aagactattt taaaagcatt gggaccagga 1020
gcgacactag aagaaatgat gacagcatgt cagggagtgg ggggacccgg ccataaagca 1080
agagttttgg ttgaagcaat gagccaagta acaaatccag ctaccataat gatacagaaa 1140
ggcaatttta ggaaccaaag aaagactgtt aagtgtttca attgtggcaa agaagggcac 1200
atagccaaaa attgcagggc ccctaggaaa aagggctgtt ggaaatgtgg aaaggaagga 1260
caccaaatga aagattgtac tgagagacag gctaattttt tagggaagat ctggccttcc 1320
cacaagggaa ggccagggaa ttttcttcag agcagaccag agccnacagc cccaccagaa 1380
gagagcttca ggtttgggga agagacaaca actccctctc agaagcagga gccgatagac 1440
aaggaactgt atcctttagc ttccctcaga tcactctttg gcagcgaccc ctcgtcacaa 1500
taaagatagg ggggcaatta aaggaagctc tattagatac aggagcagat gatacagtat 1560
tagaagaaat gaatttgcca ggaagatgga aaccaaaaat gataggggga attggaggtt 1620
ttatcaaagt aagacagtat gatcagatac tcatagaaat ctgcggacat aaagctatag 1680
gtacagtatt agtaggacct acacctgtca acataattgg aagaaatctg ttgactcaga 1740
ttggctgcac tttaaatttt cccattagtc ctattgagac tgtaccagta aaattaaagc 1800
caggaatgga tggcccaaaa gtt 1823
<210>5
<211>1820
<212>DMA
<213>HIV-1 NL4-3
<400>5
atgggtgcga gagcgtcggt attaagcggg ggagaattag ataaatggga aaaaattcgg 60
ttaaggccag ggggaaagaa acaatataaa ctaaaacata tagtatgggc aagcagggag 120
ctagaacgat tcgcagttaa tcctggcctt ttagagacat cagaaggctg tagacaaata 180
ctgggacagc tacaaccatc ccttcagaca ggatcagaag aacttagatc attatataat 240
acaatagcag tcctctattg tgtgcatcaa aggatagatg taaaagacac caaggaagcc 300
ttagataaga tagaggaaga gcaaaacaaa agtaagaaaa aggcacagca agcagcagct 360
gacacaggaa acaacagcca ggtcagccaa aattacccta tagtgcagaa cctccagggg 420
caaatggtac atcaggccat atcacctaga actttaaatg catgggtaaa agtagtagaa 480
gagaaggctt tcagcccaga agtaataccc atgttttcag cattatcaga aggagccacc 540
ccacaagatt taaataccat gctaaacaca gtggggggac atcaagcagc catgcaaatg 600
ttaaaagaga ccatcaatga ggaagctgca gaatgggata gattgcatcc agtgcaggca 660
gggcctattg caccaggcca gatgagagaa ccaaggggaa gtgacatagc aggaactact 720
agtacccttc aggaacaaat aggatggatg acacataatc cacctatccc agtaggagaa 780
atctataaaa gatggataat cctgggatta aataaaatag taagaatgta tagccctacc 840
agcattctgg acataagaca aggaccaaag gaacccttta gagactatgt agaccgattc 900
tataaaactc taagagccga gcaagcttca caagaggtaa aaaattggat gacagaaacc 960
ttgttggtcc aaaatgcgaa cccagattgt aagactattt taaaagcatt gggaccagga 1020
gcgacactag aagaaatgat gacagcatgt cagggagtgg ggggacccgg ccataaagca 1080
agagttttgg ctgaagcaat gagccaagta acaaatccag ctaccataat gatacagaaa 1140
ggcaatttta ggaaccaaag aaagactgtt aagtgtttca attgtggcaa agaagggcac 1200
atagccaaaa attgcagggc ccctaggaaa aagggctgtt ggaaatgtgg aaaggaagga 1260
caccaaatga aagattgtac tgagagacag gctaattttt tagggaagat ctggccttcc 1320
cacaagggaa ggccagggaa ttttcttcag agcagaccag agccaacagc cccaccagaa 1380
gagagcttca ggtttgggga agagacaaca actccctctc agaagcagga gccgatagac 1440
aaggaactgt atcctttagc ttccctcaga tcactctttg gcagcgaccc ctcgtcacaa 1500
taaagatagg ggggcaatta aaggaagctc tattagatac aggagcagat gatacagtat 1560
tagaagaaat gaatttgcca ggaagatgga aaccaaaaat gataggggga attggaggtt 1620
ttatcaaagt aagacagtat gatcagatac tcatagaaat ctgcggacat aaagctatag 1680
gtacagtatt agtaggacct acacctgtca acataattgg aagaaatctg ttgactcaga 1740
ttggctgcac tttaaatttt cccattagtc ctattgagac tgtaccagta aaattaaagc 1800
caggaatgga tggcccaaag 1820
<210>6
<211>1982
<212>DNA
<213>HIV-1 RF
<220>
<221>misc_feature
<222>(1961)..(1961)
<223>n可为任何核苷酸：a，t，g，c
<400>6
atgggtgcga gagcgtcagt attaagcggc ggaaaattag acaaatggga aaaaattcgg 60
ttaaggccag ggggaaagaa aagatataag ttaaaacata taatatgggc aagcagggag 120
ctagaacgat ttgctgtcaa tcctggcctt ttagagacag cagagggctg tagacaaata 180
ctgggacagc tacaaccagc ccttcagaca ggatcagaag aacttaaatc attatataat 240
gcagtagcaa ccctctattg tgtacatcaa aatatagagg taagagacac caaggaagct 300
ttagacaaga tagaggaaga gcaaaacaaa agtaagaaaa aagcacagca agcagcagct 360
gacacaggaa acggcagcca ggtcagccaa aattacccta tagtgcagaa ccttcagggg 420
caaatggtac atcaagccat atcacctaga actttaaatg catgggtaaa agtagtagaa 480
gagaaggctt ttagcccaga agtaataccc atgttttcag cattatcaga aggagccacc 540
ccacaagatt taaacaccat gctaaacaca gtggggggac atcaagcagc catgcaaatg 600
ttaaaagaga ctatcaatga ggaagctgca gaatgggata gattgcatcc agtgcaagca 660
gggcctattg caccaggcca gatgagagaa ccaaggggaa gtgacatagc aggaaccact 720
agtacccttc aggaacaaat aggatggatg acaaataatc cacctatccc agtaggagaa 780
atctataaaa ggtggataat tctgggatta aataaaatag taagaatgta tagccccatc 840
agcattctgg acataagaca aggacctaag gaacccttta gagactatgt agaccggttc 900
tataaaactc taagagccga gcaagcttca caggatgtaa aaaattggat gacagaaacc 960
ttgctggtcc aaaatgcgaa cccagattgt aaaactattt taaaagcatt gggaccagca 1020
gctacactag aagaaatgat gacagcatgt cagggagtag ggggacccag ccataaagca 1080
agaattttgg ctgaagtaat gagccaagta acaaattcag ctaccataat gctgcagaaa 1140
ggtaatttta gggaccaaag aaaaattgtt aagtgtttca actgtggcaa agtagggcac 1200
atagccaaaa attgcagggc ccctaggaaa aagggctgtt ggaaatgtgg aaaggaagga 1260
caccaaatga aagattgcac tactgaggga cgacaggcta attttttagg gaaaatctgg 1320
ccttcccaca agggaaggcc agggaacttt cttcagagca gaccagagcc aacagcccca 1380
ccagaagaga gcttcaggtt tggggaagag acaactccct ctcagaagca ggagaagata 1440
gacaaggaac tgtatccttt agcttccctc aaatcactct ttggcaacga cccatcgtca 1500
cagtaaagat aggggggcaa ttaaaggaag ctctattaga tacaggagca gatgatacag 1560
tattagaaga aatgaatttg ccaggaaaat ggaaaccaaa aatgataggg ggaattggag 1620
gttttatcaa agtaaggcag tatgatcaaa tactcataga aatctgtgga cataaagcta 1680
taggtacagt attagtagga cctacacctg tcaacataat tggaagaaat ctgttgactc 1740
agattggttg cactttaaat tttcccatta gtcctattga aactatacca gtaaaattaa 1800
agccaggaat ggatggccca aaagttaaac aatggccatt gacagaggaa aaaataaaag 1860
cattgataga aatttgtaca gaaatggaaa aggaaggaaa aatttcaaaa attgggcctg 1920
aaaatccata caatactcca gtatttgcca taaagaaaaa ngacagtact aaatggagaa 1980
aa 1982
<210>7
<211>1904
<212>DNA
<213>HIV-1 RF
<400>7
atgggtgcga gagcgtcagt attaagcggc ggaaaattag acaaatggga aaaaattcgg 60
ttaaggccag ggggaaagaa aagatataag ttaaaacata taatatgggc aagcagggag 120
ctagaacgat ttgctgtcaa tcctggcctt ttagagacag cagagggctg tagacaaata 180
ctgggacagc tacaaccagc ccttcagaca ggatcagaag aacttaaatc attatataat 240
gcagtagcaa ccctctattg tgtacatcaa aatatagagg taagagacac caaggaagct 300
ttagacaaga tagaggaaga gcaaaacaaa agtaagaaaa aagcacagca agcagcagct 360
gacacaggaa acggcagcca ggtcagccaa aattacccta tagtgcagaa ccttcagggg 420
caaatggtac atcaagccat atcacctaga actttaaatg catgggtaaa agtagtagaa 480
gagaaggctt ttagcccaga agtaataccc atgttttcag cattatcaga aggagccacc 540
ccacaagatt taaacaccat gctaaacaca gtggggggac atcaagcagc catgcaaatg 600
ttaaaagaga ctatcaatga ggaagctgca gaatgggata gattgcatcc agtgcaagca 660
gggcctattg caccaggcca gatgagagaa ccaaggggaa gtgacatagc aggaaccact 720
agtacccttc aggaacaaat aggatggatg acaaataatc cacctatccc agtaggagaa 780
atctataaaa ggtggataat tctgggatta aataaaatag taagaatgta tagccccatc 840
agcattctgg acataagaca aggacctaag gaacccttta gagactatgt agaccggttc 900
tataaaactc taagagccga gcaagcttca caggatgtaa aaaattggat gacagaaacc 960
ttgctggtcc aaaatgcgaa cccagattgt aaaactattt taaaagcatt gggaccagca 1020
gctacactag aagaaatgat gacagcatgt cagggagtag ggggacccag ccataaagca 1080
agaattttgg ctgaagcaat gagccaagta acaaattcag ctaccataat gctgcagaaa 1140
ggtaatttta gggaccaaag aaaaattgtt aagtgtttca actgtggcaa agtagggcac 1200
atagccaaaa attgcagggc ccctaggaaa aagggctgtt ggaaatgtgg aaaggaagga 1260
caccaaatga aagattgcac tactgaggga cgacaggcta attttttagg gaaaatctgg 1320
ccttcccaca agggaaggcc agggaacttt cttcagagca gaccagagcc aacagcccca 1380
ccagaagaga gcttcaggtt tggggaagag acaactccct ctcagaagca ggagaagata 1440
gacaaggaac tgtatccttt agcttccctc aaatcactct ttggcaacga cccatcgtca 1500
cagtaaagat aggggggcaa ttaaaggaag ctctattaga tacaggagca gatgatacag 1560
tattagaaga aatgaatttg ccaggaaaat ggaaaccaaa aatgataggg ggaattggag 1620
gttttatcaa agtaaggcag tatgatcaaa tactcataga aatctgtgga cataaagcta 1680
taggtacagt attagtagga cctacacctg tcaacataat tggaagaaat ctgttgactc 1740
agattggttg cactttaaat tttcccatta gtcctattga aactatacca gtaaaattaa 1800
agccaggaat ggatggccca aaagttaaac aatggccatt gacagaggaa aaaataaaag 1860
cattgataga aatttgtaca gaaatggaaa aggaaggaaa aatt 1904
<210>8
<211>42
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>来自DSB-敏感的HIV-1分离株NL4-3的CA-SP1切割位点的区域
<400>8
ggccataaag caagagtttt ggttgaagca atgagccaag ta 42
<210>9
<211>42
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>来自DSB-敏感的HIV-1分离株RF的CA-SP1切割位点的区域
<400>9
agccataaag caagaatttt ggctgaagta atgagccaag ta 42
<210>10
<211>42
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>来自DSB-敏感的HIV-1分离株NL4-3的CA-SP1切割位点的区域
<400>10
ggccataaag caagagtttt ggctgaagca atgagccaag ta 42
<210>11
<211>64
<212>PRT
<213>HIV-1 RF
<400>11
Lys Asn Trp Met Thr Glu Thr Phe Leu Val Gln Asn Ala Asn Pro Asp
1 5 10 15
Cys Lys Thr Ile Leu Lys Ala Leu Gly Pro Ala Ala Thr Leu Glu Glu
20 25 30
Met Met Thr Ala Cys Gln Gly Val Gly Gly Pro Ser His Lys Ala Arg
35 40 45
Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn Ser Ala Thr Ile Met
50 55 60
<210>12
<211>42
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>来自DSB-敏感的HIV-1分离株RF的CA-SP1切割位点的区域
<400>12
agccataaag caagaatttt ggctgaagca atgagccaag ta 42
<210>13
<211>64
<212>PRT
<213>HIV-1 NL4-3
<400>13
Lys Asn Trp Met Thr Glu Thr Leu Leu Val Gln Asn Ala Asn Pro Asp
1 5 10 15
Cys Lys Thr Ile Leu Lys Ala Leu Gly Pro Gly Ala Thr Leu Glu Glu
20 25 30
Met Met Thr Ala cys Gln Gly Val Gly Gly Pro Gly His Lys Ala Arg
35 40 45
Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn Pro Ala ThrIle Met
50 55 60
<210>14
<211>24
<212>PRT
<213>SIV mac239
<400>14
Gly Gln Lys Ala Arg Leu Met Ala Glu Ala Leu Lys Glu Ala Leu Ala
1 5 10 15
Pro Val Pro Ile Pro Phe Ala Ala
20
<210>15
<211>24
<212>PRT
<213>SIV DD
<400>15
Gly Gln Lys Ala Arg Leu Met Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Leu Ala
1 5 10 15
Pro Val Pro Ile Pro Phe Ala Ala
20
<210>16
<211>42
<212>DNA
<213>HIV-1 NL4-3
<220>
<221>CDS
<222>(1)..(42)
<400>16
ggc cat aaa gca aga gtt ttg gct gaa gca atg agc caa gta 42
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val
1 5 10
<210>17
<211>14
<212>PRT
<213>HIV-1 NL4-3
<400>17
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val
1 5 10
<210>18
<211>9128
<212>DNA
<213>HIV-1 RF
<400>18
gagctctctg gctagctagg gaacccactg cttaagcctc aataaagctt gccttgagtg 60
cttcaagtag tgtgtgcccg tctgttgtgt gactctggta actagagatc cctcagacct 120
ctttagtcag tgtggaaaat ctctagcagt ggcgcccgaa cagggaccag aaagcgaaag 180
tagaaccaga ggagatctct cgacgcagga ctcggcttgc tgaagcgcgc gcggcaagag 240
gcgaggggcg gcgaacggtg agtacgccga aaattttgac tagcggaggc tagaaggaga 300
gagatgggtg cgagagcgtc agtattaagc ggcggaaaat tagacaaatg ggaaaaaatt 360
cggttaaggc caaggggaaa gaaaagatat aagttaaaac atatagtatg ggcaagcagg 420
gagctagaac gatttgctgt caatcctagc cttttagaga cagcagaggg ctgtagacaa 480
atactgggac agctacaacc agcccttcag acaggatcag aagaacttaa atcattatat 540
aatgcagtag caaccctcta ttgtgtacat caaaatatag aggtaagaga caccaaggaa 600
gctttagaca agatagagga agagcaaaac aaaagtaaga aaaaagcaca gcaagcagca 660
gctgacacag gaaacggcag ccaggtcagc caaaattacc ctatagtgca gaaccttcag 720
gggcaaatgg tacatcaagc catatcacct agaactttaa atgcatgggt aaaagtagta 780
gaagagaagg cttttagccc agaagtaata cccatgtttt cagcattatc agaaggagcc 840
accccacaag atttaaacac catgctaaac acagtggggg gacatcaagc agccatgcaa 900
atgttaaaag agactatcaa tgaggaagct gcagaatggg atagattgca tccagtgcat 960
gcagggccta ttgcaccagg tcagatgaga gaaccaaggg gaagtgacat agcaggaacc 1020
actagtaccc ttcaggaaca aataggatgg atgacaaata atccacctat cccagtagga 1080
gaaatctata aaaggtggat aattctggga ttaaataaaa tagtaagaat gtatagcccc 1140
atcagcattc tggacataag acaaggacct aaggaaccct ttagagacta tgtagaccgg 1200
ttctataaaa ctctaagagc cgagcaagct tcacaggatg taaaaaattg gatgacagaa 126O
accttcctgg tccaaaatgc gaacccagat tgtaaaacta ttttaaaagc attgggacca 1320
gcagctacac tagaagaaat gatgacagca tgtcagggag tagggggacc cagccataaa 1380
gcaagaattt tggctgaagc aatgagccaa gtaacaaatt cagctaccat aatgctgcag 1440
aaaggtaatt ttagggacca aagaaaaatt gttaagtgtt tcaactgtgg caaagtaggg 1500
cacatagcca aaaattgcag ggcccctagg aaaaagggct gttggaaatg tggaaaggaa 1560
ggacaccaaa tgaaagattg cactaatgag ggacgacagg ctaatttttt agggaaaatc 1620
tggccttccc acaagggaag gccagggaac tttcttcaga gcagaccaga gccaacagcc 1680
ccaccagaag agagcttcag gtttggggaa gagacaactc cctctcagaa gcaggagaag 1740
atagacaagg aactgtatcc tttagcttcc ctcaaatcac tctttggcaa cgacccatcg 1800
tcacagtaaa gatagggggg caattaaagg aagctctatt agatacagga gcagatgata 1860
cagtattaga agaaatgaat ttgccaggaa aatggaaacc aaaaatgata gggggaattg 1920
gaggttttat caaagtgaga cagtatgatc aaatactcat agaaatctgt ggacataaag 1980
ctataggtac agtattagta ggacctacac ctgtcaacat aattggaaga aatctgttga 2040
ctcagattgg ttgcacttta aattttccca ttagtcctat tgaaactgta ccagtaaaat 2100
taaagccagg aatggatggc ccaaaagtta aacaatggcc attgacagag gaaaaaataa 2160
aagcattggt agaaatttgt acagaaatgg aaaaggaagg aaaaatttcc aaaattgggc 2220
ctgaaaatcc atacaatact ccagtatttg ccataaagaa aaaagacagt actaaatgga 2280
gaaaattagt agatttcaga gaacttaata agagaactca agacttctgg gaagttcagt 2340
taggaatacc acatcctgca gggttaaaaa agaagaaatc agtaacagta ttggatgtgg 2400
gtgatgcata tttttcagtt cccttagata aagagttcag gaagtatact gcatttacca 2460
tacctagtat aaacaatgaa acaccacgga ttagatatca gtacaatgtg cttccacaag 2520
ggtggaaagg atcaccagca atattccaaa gtagtatgac aaaaatctta gagcctttta 2580
aaaaacaaaa tccagaaata gttatctatc aatacatgga tgatttgtat gtaggatctg 2640
atttagaaat agggcagcat agaataaaaa tagaggaact gagagaacat ctgttaaagt 2700
gggggtttac cacaccggac aagaaacatc agaaagaacc tccatttctt tggatgggtt 2760
atgaactcca tcctgataaa tggacagtac agcctatagt gctgccagaa aaagacagct 2820
ggactgtcaa tgacatacag aagttagtgg gaaaattgaa ttgggcaagt cagatttatg 2880
cagggattaa agtaaagcaa ttatgtaaac tccttagggg aaccaaagca ctaacagaag 2940
tagtacaact aacaaaagaa gcagagctag aactggcaga aaatagggag attctaaaag 3000
aaccagtaca tggagtgtat tatgacccat caaaagactt aatagcagaa atacagaagc 3060
aggggcaagg ccaatggaca taccaaattt atcaagagcc atttaaaaac ctgaaaacag 3120
gaaagtatgc aagaatgagg ggtgcccaca ctaatgatgt aaaacaatta acagaggcag 3180
tacaaaaagt agccacagaa agcatagtaa tatggggaaa gactcctaaa tttaaactac 3240
ccatacaaaa agaaacatgg gaggcatggt ggacagagta ttggcaagcc acctggattc 3300
ctgagtggga gtttgtcaat acccctccct tagtaaaatt gtggtaccag ttagaaaaag 3360
aacccataat aggagcagaa actttctatg tagatggggc agctaataga gagactaaat 3420
taggaaaagc aggatatgtt actgacagag gaagacaaaa agttgtctcc ctaactgaca 3480
caacaaatca gaagactgag ttacaagcaa ttcatctagc tttgcaggat tcgggattag 3540
aagtaaacat agtaacagac tcacaatatg cattgggaat cattcaagca caaccagata 3600
aaagtgaatc agagttagtc agtcagataa tagagcagtt aataaaaaag gaaaaggtct 3660
acctggcatg ggtaccagca cacaaaggga ttggaggaaa tgaacaagta gatagattag 3720
tcagtactgg aatcaggaaa gtactatttt tggatggaat agataaggcc caagatgaac 3780
atgagaaata tcacagtaat tggagagcaa tggctagtga ttttaacctg ccacctgtag 3840
tagcaaaaga aatagtagcc agctgtgata aatgtcagct aaaaggagaa gccatgcatg 3900
gacaagtaga ttgtagtcca ggaatatggc aactagattg tacacatcta gaaggaaaaa 3960
ttatcctggt agcagttcat gtagccagtg gctatataga agcagaagtt attccagcag 4020
aaacaggaca ggaaacagca tactttatct taaaattagc aggaagatgg ccagtaaaag 4080
taatacatac agacaatggc agcaatttca ccagtactac agttaaggcc gcctgttggt 4140
gggcagggat caagcaggaa tttggcattc cctacaatcc ccaaagtcaa ggagtagtag 4200
aatctatgaa taaacaatta aagcaaatta taggacaggt aagagatcag gctgaacatc 4260
ttaagacagc agtacaaatg gcagtattca tccacaattt taaaagaaaa ggggggattg 4320
gggggtacag tgcaggggaa agaatagtag acataatagc aacagacata caaactaaag 4380
aactacaaaa acaaattaca aaaattcaaa attttcgggt ttattacagg gacagcagag 4440
atccactttg gaaaggacac gcaaagcttc tctggaaagg tgaaggggca gtagtaatac 4500
aagataatag tgacataaaa gtagtgccaa gaagaaaagc aaagatcatt agggattatg 4560
gaaaacagat ggcaggtgat gattgtgtgg caagtagaca ggatgaggat tagaacatgg 4620
aaaagtttag taaaacacca tatgtatatt tcaaggaaag ctaagggatg gttttataga 4680
catcactatg aaagcactca tccaagaata agttcagagg tacacatccc accaggggat 4740
gaaaggttgg taataacaac atattggggt ctgcatacag gagaaagaga ctggcatttg 4800
ggtcagggag tctccataga atggaggaaa aggagatata gcacacaagt agaccctgac 4860
ctagcagacc aactaattca cctgtactat tttgattgtt tttcagaatc tgctataaga 4920
aagccatcat taggacatat agttagtcct aggtgtgaat atcaagcagg acataacaag 4980
gtaggatctc tacagtacct ggcactagca gcattaacaa caccaaaaaa gataaagcca 5040
cctttgccta gtgttaagaa actgacagag gatagatgga acaagcccca gaagaccaag 5100
ggccacagag ggagccatac aatgaatgga cactagagct tttagaggag cttaagagtg 5160
aagctgtcag acattttcct aggctatggc tccatagctt aggacaacat atctatgaaa 5220
cttatgggga tacatgggca ggagtggaag ctataataag aattctgcaa caactgctgt 5280
ttattcattt cagaattggg tgtcaacata gcagaatagg cattactcga caaagaagag 5340
caagaaatgg agccagtaga tcctagacta gagccctgga agcatccagg aagtcagcct 5400
aagactgctt gtaacaattg ctattgtaaa aagtgttgct atcattgcca agtttgcttc 5460
ttaacaaaag gcttaggcat ctcctatggc aggaagaaga ggagacagcg acgaggacct 5520
cctcaaggca gtcagactca tcaagtctct ttatcaaagc agtaagtagt atatgtaatg 5580
caatctttag aaatattagc aatagtagca ttagtagtag cagcaatact agcaatagtt 5640
gtgtggacca tagttggcat agaaattagg aaaacattaa ggcaaaaaaa aaaatagaca 5700
ggttaattga tagaataaga gaaagagcag aagacagtgg caatgagagt gatggagatg 5760
aggaagaatt gtcagcactt gtggaaatgg ggcaccatgc tccttgggat gttgatgatc 5820
tgtagtgctg cagaggactt gtgggtcaca gtctattatg gggtacctgt gtggaaagaa 5880
gcaaccacca ctctattttg tgcatcagaa gctaaagcat ataaaacaga ggtacataat 5940
gtctgggcca aacatgcttg tgtacctaca gaccccaacc cacaagaagt actattggaa 6000
aatgtgacag aaaattttaa catgtggaaa aataacatgg tagaacagat gcatgaggat 6060
ataatcagtt tatgggatca aagcctaaag ccatgtgtaa aattaacccc actctgtgtt 6120
actttaaatt gcactgatgc taacttgaat ggtactaatg tcactagtag tagcggggga 6180
acaatgatgg agaacggaga aataaaaaac tgctctttcc aagttaccac aagtagaaga 6240
gataagacgc agaaaaaata tgcacttttt tataaacttg atgtggtacc aatagagaag 6300
ggtaatatta gccctaagaa taatactagc aataatacta gctatggtaa ctatacattg 6360
atacattgta attcctcagt cattacacag gcctgtccaa aggtatcctt tgagccaatt 6420
cccatacatt attgcacccc ggctggtttt gcgattctaa agtgtaatga taagaagttc 6480
aatggaacag gaccatgtaa aaatgtcagc acagtacaat gtacacatgg aattaggcca 6540
gtagtgtcaa ctcaactgct gttaaatggc agtctagcag aagaagaggt agtaattaga 6600
tctgaaaatt tcacggacaa tgttaaaacc ataatagtac agctgaatgc atctgtacaa 6660
attaattgta caagacccaa caacaataca agaaaaagta taactaaggg accagggaga 6720
gtaatttatg caacaggaca aataatagga gatataagaa aagcacattg taaccttagt 6780
agagcacaat ggaataacac tttaaaacag gtagttacaa aattaagaga acaatttgac 6840
aataaaacaa tagtctttac gtcatcctca ggaggggacc cagaaattgt acttcacagt 6900
tttaattgtg gaggggaatt tttctactgt aatacaacac aactgtttaa tagtacttgg 6960
aatagtactg aagggtcaaa taacactgga ggaaatgaca caatcacact cccatgcaga 7020
ataaaacaaa ttgtaaacat gtggcaggaa gtaggaaaag caatgtatgc ccctcccatc 7080
agtggacaaa ttaaatgtat atcaaatatt acagggctac tattaacaag agatgggggt 7140
gaagatacaa ctaatactac agagatcttc agacttggag gaggaaatat gagggacaat 7200
tggagaagtg aattatataa atataaagtg gtaagaattg agccattagg agtggcaccc 7260
actagggcaa agagaagagt ggtgcaaaga gaaaaaagag cagtgggaac aataggagct 7320
atgttccttg ggttcttggg agcagcagga agcactatgg gcgcaggctc aataacgcta 7380
acggtacagg ccagacactt attgtctggt atagtgcaac agcaaaacaa tttgctgagg 7440
gctattgagg cgcaacagca tctgttgcaa ctcacggtct ggggcatcaa acagctccag 7500
gcaagagtcc tggctgtgga aagataccta agggatcaac agctcctagg aatttgggga 7560
tgctctggaa aactcatttg caccactact gtgccttgga atgctagttg gagtaataaa 7620
tctctgaata tgatttggaa taacatgacc tggatgcagt gggaaagaga aattgacaat 7680
tacacaggca taatatacaa cttacttgaa gaatcgcaga accagcaaga aaagaatgaa 7740
caagaattat tggaattgga taaatgggca aatttgtgga attggtttga cataacacaa 7800
tggctgtggt atataagaat attcataatg atagtaggag gcttggtagg tctaaaaata 7860
gtttttgctg tgctttctat agtgaataga gttaggcagg gatactcacc attatcattt 7920
cagacccacc tcccagcccc gaggggaccc gacaggcccg aaggaatcga aggagaaggt 7980
ggagagagag acagagacag atccggcggt gcagtgaatg gattcttgac acttatctgg 8040
gacgatctgt ggaccctgtg cagcttcagc taccaccgct tgagagactt actcttgata 8100
gtagtgagga ttgtggaact tctgggacgc agggggtggg aagccctcaa gtattggtgg 8160
aatctcctgc agtattggag tcaggagcta aagaatagtg ctgttagctt gcttaatacc 8220
acagcaatag cagtagctga agggacagat aggattatag aagtagcaca aagaattctt 8280
agagcttttc ttcacatacc tagaagaata agacagggct tagaaagggc tttgctgtaa 8340
aatgggtggc aagtggtcaa aaagtaagat gggtggatgg cctgctgtaa gggaaagaat 8400
gcaaaaagct gagccagcag cagatggggt gggagcagca tctcgagacc tggagaaaca 8460
tggaacaatc acaagtagca atacagcagc taataatgct gcttgcacct ggctagaagc 8520
acaagaggat gaggatgagg aggtgggttt tccagtcaga cctcaggtac ctttaaggcc 8580
tatgactttc aaggcagctg tagatcttag ccacttttta aaagaaaagg ggggactgga 8640
tgggctagtg ttctcccaga aaagacaaga tatccttgat ctgtgggttt accacacaca 8700
aggctacttc cctgactggc agaactacac accagggcca gggaccagat atccactgac 8760
ctttggatgg tgcttcaagc tagtaccagt tgagccagat aaggtagaag aggccactga 8820
aggagagaac aacagcttgt tacaccctat atgcctgcat gggatggatg acccagagaa 8880
agaagtgtta gtgtggaagt ttgacagccg cctcgcattt catcacgtcg cccgagagaa 8940
gcatccggag tactacaaag actgctgaca tcgagttttc tacaagggac tttccgctgg 9000
ggactttcca gggaggtgtg gcctgggcgg gactggggag tggcgagccc tcagatgctg 9060
catataagca gctgcttttt gcctgtactg ggtctctctg gttagaccag atctgagctt 9120
gggagctc 9128
<210>19
<211>14824
<212>DNA
<213>HIV-1 NL4-3
<400>19
tggaagggct aatttggtcc caaaaaagac aagagatcct tgatctgtgg atctaccaca 60
cacaaggcta cttccctgat tggcagaact acacaccagg gccagggatc agatatccac 120
tgacctttgg atggtgcttc aagttagtac cagttgaacc agagcaagta gaagaggcca 180
aataaggaga gaagaacagc ttgttacacc ctatgagcca gcatgggatg gaggacccgg 240
agggagaagt attagtgtgg aagtttgaca gcctcctagc atttcgtcac atggcccgag 300
agctgcatcc ggagtactac aaagactgct gacatcgagc tttctacaag ggactttccg 360
ctggggactt tccagggagg tgtggcctgg gcgggactgg ggagtggcga gccctcagat 420
gctacatata agcagctgct ttttgcctgt actgggtctc tctggttaga ccagatctga 480
gcctgggagc tctctggcta actagggaac ccactgctta agcctcaata aagcttgcct 540
tgagtgctca aagtagtgtg tgcccgtctg ttgtgtgact ctggtaacta gagatccctc 600
agaccctttt agtcagtgtg gaaaatctct agcagtggcg cccgaacagg gacttgaaag 660
cgaaagtaaa gccagaggag atctctcgac gcaggactcg gcttgctgaa gcgcgcacgg 720
caagaggcga ggggcggcga ctggtgagta cgccaaaaat tttgactagc ggaggctaga 780
aggagagaga tgggtgcgag agcgtcggta ttaagcgggg gagaattaga taaatgggaa 840
aaaattcggt taaggccagg gggaaagaaa caatataaac taaaacatat agtatgggca 900
agcagggagc tagaacgatt cgcagttaat cctggccttt tagagacatc agaaggctgt 960
agacaaatac tgggacagct acaaccatcc cttcagacag gatcagaaga acttagatca 1020
ttatataata caatagcagt cctctattgt gtgcatcaaa ggatagatgt aaaagacacc 1080
aaggaagcct tagataagat agaggaagag caaaacaaaa gtaagaaaaa ggcacagcaa 1140
gcagcagctg acacaggaaa caacagccag gtcagccaaa attaccctat agtgcagaac 1200
ctccaggggc aaatggtaca tcaggccata tcacctagaa ctttaaatgc atgggtaaaa 1260
gtagtagaag agaaggcttt cagcccagaa gtaataccca tgttttcagc attatcagaa 1320
ggagccaccc cacaagattt aaataccatg ctaaacacag tggggggaca tcaagcagcc 1380
atgcaaatgt taaaagagac catcaatgag gaagctgcag aatgggatag attgcatcca 1440
gtgcatgcag ggcctattgc accaggccag atgagagaac caaggggaag tgacatagca 1500
ggaactacta gtacccttca ggaacaaata ggatggatga cacataatcc acctatccca 1560
gtaggagaaa tctataaaag atggataatc ctgggattaa ataaaatagt aagaatgtat 1620
agccctacca gcattctgga cataagacaa ggaccaaagg aaccctttag agactatgta 1680
gaccgattct ataaaactct aagagccgag caagcttcac aagaggtaaa aaattggatg 1740
acagaaacct tgttggtcca aaatgcgaac ccagattgta agactatttt aaaagcattg 1800
ggaccaggag cgacactaga agaaatgatg acagcatgtc agggagtggg gggacccggc 1860
cataaagcaa gagttttggc tgaagcaatg agccaagtaa caaatccagc taccataatg 1920
atacagaaag gcaattttag gaaccaaaga aagactgtta agtgtttcaa ttgtggcaaa 1980
gaagggcaca tagccaaaaa ttgcagggcc cctaggaaaa agggctgttg gaaatgtgga 2040
aaggaaggac accaaatgaa agattgtact gagagacagg ctaatttttt agggaagatc 2100
tggccttccc acaagggaag gccagggaat tttcttcaga gcagaccaga gccaacagcc 2160
ccaccagaag agagcttcag gtttggggaa gagacaacaa ctccctctca gaagcaggag 2220
ccgatagaca aggaactgta tcctttagct tccctcagat cactctttgg cagcgacccc 2280
tcgtcacaat aaagataggg gggcaattaa aggaagctct attagataca ggagcagatg 2340
atacagtatt agaagaaatg aatttgccag gaagatggaa accaaaaatg atagggggaa 2400
ttggaggttt tatcaaagta agacagtatg atcagatact catagaaatc tgcggacata 2460
aagctatagg tacagtatta gtaggaccta cacctgtcaa cataattgga agaaatctgt 2520
tgactcagat tggctgcact ttaaattttc ccattagtcc tattgagact gtaccagtaa 2580
aattaaagcc aggaatggat ggcccaaaag ttaaacaatg gccattgaca gaagaaaaaa 2640
taaaagcatt agtagaaatt tgtacagaaa tggaaaagga aggaaaaatt tcaaaaattg 2700
ggcctgaaaa tccatacaat actccagtat ttgccataaa gaaaaaagac agtactaaat 2760
ggagaaaatt agtagatttc agagaactta ataagagaac tcaagatttc tgggaagttc 2820
aattaggaat accacatcct gcagggttaa aacagaaaaa atcagtaaca gtactggatg 2880
tgggcgatgc atatttttca gttcccttag ataaagactt caggaagtat actgcattta 2940
ccatacctag tataaacaat gagacaccag ggattagata tcagtacaat gtgcttccac 3000
agggatggaa aggatcacca gcaatattcc agtgtagcat gacaaaaatc ttagagcctt 3060
ttagaaaaca aaatccagac atagtcatct atcaatacat ggatgatttg tatgtaggat 3120
ctgacttaga aatagggcag catagaacaa aaatagagga actgagacaa catctgttga 3180
ggtggggatt taccacacca gacaaaaaac atcagaaaga acctccattc ctttggatgg 3240
gttatgaact ccatcctgat aaatggacag tacagcctat agtgctgcca gaaaaggaca 3300
gctggactgt caatgacata cagaaattag tgggaaaatt gaattgggca agtcagattt 3360
atgcagggat taaagtaagg caattatgta aacttcttag gggaaccaaa gcactaacag 3420
aagtagtacc actaacagaa gaagcagagc tagaactggc agaaaacagg gagattctaa 3480
aagaaccggt acatggagtg tattatgacc catcaaaaga cttaatagca gaaatacaga 3540
agcaggggca aggccaatgg acatatcaaa tttatcaaga gccatttaaa aatctgaaaa 3600
caggaaaata tgcaagaatg aagggtgccc acactaatga tgtgaaacaa ttaacagagg 3660
cagtacaaaa aatagccaca gaaagcatag taatatgggg aaagactcct aaatttaaat 3720
tacccataca aaaggaaaca tgggaagcat ggtggacaga gtattggcaa gccacctgga 3780
ttcctgagtg ggagtttgtc aatacccctc ccttagtgaa gttatggtac cagttagaga 3840
aagaacccat aataggagca gaaactttct atgtagatgg ggcagccaat agggaaacta 3900
aattaggaaa agcaggatat gtaactgaca gaggaagaca aaaagttgtc cccctaacgg 3960
acacaacaaa tcagaagact gagttacaag caattcatct agctttgcag gattcgggat 4020
tagaagtaaa catagtgaca gactcacaat atgcattggg aatcattcaa gcacaaccag 4080
ataagagtga atcagagtta gtcagtcaaa taatagagca gttaataaaa aaggaaaaag 4140
tctacctggc atgggtacca gcacacaaag gaattggagg aaatgaacaa gtagatgggt 4200
tggtcagtgc tggaatcagg aaagtactat ttttagatgg aatagataag gcccaagaag 4260
aacatgagaa atatcacagt aattggagag caatggctag tgattttaac ctaccacctg 4320
tagtagcaaa agaaatagta gccagctgtg ataaatgtca gctaaaaggg gaagccatgc 4380
atggacaagt agactgtagc ccaggaatat ggcagctaga ttgtacacat ttagaaggaa 4440
aagttatctt ggtagcagtt catgtagcca gtggatatat agaagcagaa gtaattccag 4500
cagagacagg gcaagaaaca gcatacttcc tcttaaaatt agcaggaaga tggccagtaa 4560
aaacagtaca tacagacaat ggcagcaatt tcaccagtac tacagttaag gccgcctgtt 4620
ggtgggcggg gatcaagcag gaatttggca ttccctacaa tccccaaagt caaggagtaa 4680
tagaatctat gaataaagaa ttaaagaaaa ttataggaca ggtaagagat caggctgaac 4740
atcttaagac agcagtacaa atggcagtat tcatccacaa ttttaaaaga aaagggggga 4800
ttggggggta cagtgcaggg gaaagaatag tagacataat agcaacagac atacaaacta 4860
aagaattaca aaaacaaatt acaaaaattc aaaattttcg ggtttattac agggacagca 4920
gagatccagt ttggaaagga ccagcaaagc tcctctggaa aggtgaaggg gcagtagtaa 4980
tacaagataa tagtgacata aaagtagtgc caagaagaaa agcaaagatc atcagggatt 5040
atggaaaaca gatggcaggt gatgattgtg tggcaagtag acaggatgag gattaacaca 5100
tggaaaagat tagtaaaaca ccatatgtat atttcaagga aagctaagga ctggttttat 5160
agacatcact atgaaagtac taatccaaaa ataagttcag aagtacacat cccactaggg 5220
gatgctaaat tagtaataac aacatattgg ggtctgcata caggagaaag agactggcat 5280
ttgggtcagg gagtctccat agaatggagg aaaaagagat atagcacaca agtagaccct 5340
gacctagcag accaactaat tcatctgcac tattttgatt gtttttcaga atctgctata 5400
agaaatacca tattaggacg tatagttagt cctaggtgtg aatatcaagc aggacataac 5460
aaggtaggat ctctacagta cttggcacta gcagcattaa taaaaccaaa acagataaag 5520
ccacctttgc ctagtgttag gaaactgaca gaggacagat ggaacaagcc ccagaagacc 5580
aagggccaca gagggagcca tacaatgaat ggacactaga gcttttagag gaacttaaga 5640
gtgaagctgt tagacatttt cctaggatat ggctccataa cttaggacaa catatctatg 5700
aaacttacgg ggatacttgg gcaggagtgg aagccataat aagaattctg caacaactgc 5760
tgtttatcca tttcagaatt gggtgtcgac atagcagaat aggcgttact cgacagagga 5820
gagcaagaaa tggagccagt agatcctaga ctagagccct ggaagcatcc aggaagtcag 5880
cctaaaactg cttgtaccaa ttgctattgt aaaaagtgtt gctttcattg ccaagtttgt 5940
ttcatgacaa aagccttagg catctcctat ggcaggaaga agcggagaca gcgacgaaga 6000
gctcatcaga acagtcagac tcatcaagct tctctatcaa agcagtaagt agtacatgta 6060
atgcaaccta taatagtagc aatagtagca ttagtagtag caataataat agcaatagtt 6120
gtgtggtcca tagtaatcat agaatatagg aaaatattaa gacaaagaaa aatagacagg 6180
ttaattgata gactaataga aagagcagaa gacagtggca atgagagtga aggagaagta 6240
tcagcacttg tggagatggg ggtggaaatg gggcaccatg ctccttggga tattgatgat 6300
ctgtagtgct acagaaaaat tgtgggtcac agtctattat ggggtacctg tgtggaagga 6360
agcaaccacc actctatttt gtgcatcaga tgctaaagca tatgatacag aggtacataa 6420
tgtttgggcc acacatgcct gtgtacccac agaccccaac ccacaagaag tagtattggt 6480
aaatgtgaca gaaaatttta acatgtggaa aaatgacatg gtagaacaga tgcatgagga 6540
tataatcagt ttatgggatc aaagcctaaa gccatgtgta aaattaaccc cactctgtgt 6600
tagtttaaag tgcactgatt tgaagaatga tactaatacc aatagtagta gcgggagaat 6660
gataatggag aaaggagaga taaaaaactg ctctttcaat atcagcacaa gcataagaga 6720
taaggtgcag aaagaatatg cattctttta taaacttgat atagtaccaa tagataatac 6780
cagctatagg ttgataagtt gtaacacctc agtcattaca caggcctgtc caaaggtatc 6840
ctttgagcca attcccatac attattgtgc cccggctggt tttgcgattc taaaatgtaa 6900
taataagacg ttcaatggaa caggaccatg tacaaatgtc agcacagtac aatgtacaca 6960
tggaatcagg ccagtagtat caactcaact gctgttaaat ggcagtctag cagaagaaga 7020
tgtagtaatt agatctgcca atttcacaga caatgctaaa accataatag tacagctgaa 7080
cacatctgta gaaattaatt gtacaagacc caacaacaat acaagaaaaa gtatccgtat 7140
ccagagggga ccagggagag catttgttac aataggaaaa ataggaaata tgagacaagc 7200
acattgtaac attagtagag caaaatggaa tgccacttta aaacagatag ctagcaaatt 7260
aagagaacaa tttggaaata ataaaacaat aatctttaag caatcctcag gaggggaccc 7320
agaaattgta acgcacagtt ttaattgtgg aggggaattt ttctactgta attcaacaca 7380
actgtttaat agtacttggt ttaatagtac ttggagtact gaagggtcaa ataacactga 7440
aggaagtgac acaatcacac tcccatgcag aataaaacaa tttataaaca tgtggcagga 7500
agtaggaaaa gcaatgtatg cccctcccat cagtggacaa attagatgtt catcaaatat 7560
tactgggctg ctattaacaa gagatggtgg taataacaac aatgggtccg agatcttcag 7620
acctggagga ggcgatatga gggacaattg gagaagtgaa ttatataaat ataaagtagt 7680
aaaaattgaa ccattaggag tagcacccac caaggcaaag agaagagtgg tgcagagaga 7740
aaaaagagca gtgggaatag gagctttgtt ccttgggttc ttgggagcag caggaagcac 7800
tatgggctgc acgtcaatga cgctgacggt acaggccaga caattattgt ctgatatagt 7860
gcagcagcag aacaatttgc tgagggctat tgaggcgcaa cagcatctgt tgcaactcac 7920
agtctggggc atcaaacagc tccaggcaag aatcctggct gtggaaagat acctaaagga 7980
tcaacagctc ctggggattt ggggttgctc tggaaaactc atttgcacca ctgctgtgcc 8040
ttggaatgct agttggagta ataaatctct ggaacagatt tggaataaca tgacctggat 8100
ggagtgggac agagaaatta acaattacac aagcttaata cactccttaa ttgaagaatc 8160
gcaaaaccag caagaaaaga atgaacaaga attattggaa ttagataaat gggcaagttt 8220
gtggaattgg tttaacataa caaattggct gtggtatata aaattattca taatgatagt 8280
aggaggcttg gtaggtttaa gaatagtttt tgctgtactt tctatagtga atagagttag 8340
gcagggatat tcaccattat cgtttcagac ccacctccca atcccgaggg gacccgacag 8400
gcccgaagga atagaagaag aaggtggaga gagagacaga gacagatcca ttcgattagt 8460
gaacggatcc ttagcactta tctgggacga tctgcggagc ctgtgcctct tcagctacca 8520
ccgcttgaga gacttactct tgattgtaac gaggattgtg gaacttctgg gacgcagggg 8580
gtgggaagcc ctcaaatatt ggtggaatct cctacagtat tggagtcagg aactaaagaa 8640
tagtgctgtt aacttgctca atgccacagc catagcagta gctgagggga cagatagggt 8700
tatagaagta ttacaagcag cttatagagc tattcgccac atacctagaa gaataagaca 8760
gggcttggaa aggattttgc tataagatgg gtggcaagtg gtcaaaaagt agtgtgattg 8820
gatggcctgc tgtaagggaa agaatgagac gagctgagcc agcagcagat ggggtgggag 8880
cagtatctcg agacctagaa aaacatggag caatcacaag tagcaataca gcagctaaca 8940
atgctgcttg tgcctggcta gaagcacaag aggaggaaga ggtgggtttt ccagtcacac 9000
ctcaggtacc tttaagacca atgacttaca aggcagctgt agatcttagc cactttttaa 9060
aagaaaaggg gggactggaa gggctaattc actcccaaag aagacaagat atccttgatc 9120
tgtggatcta ccacacacaa ggctacttcc ctgattggca gaactacaca ccagggccag 9180
gggtcagata tccactgacc tttggatggt gctacaagct agtaccagtt gagccagata 9240
aggtagaaga ggccaataaa ggagagaaca ccagcttgtt acaccctgtg agcctgcatg 9300
gaatggatga ccctgagaga gaagtgttag agtggaggtt tgacagccgc ctagcatttc 9360
atcacgtggc ccgagagctg catccggagt acttcaagaa ctgctgacat cgagcttgct 9420
acaagggact ttccgctggg gactttccag ggaggcgtgg cctgggcggg actggggagt 9480
ggcgagccct cagatgctgc atataagcag ctgctttttg cctgtactgg gtctctctgg 9540
ttagaccaga tctgagcctg ggagctctct ggctaactag ggaacccact gcttaagcct 9600
caataaagct tgccttgagt gcttcaagta gtgtgtgccc gtctgttgtg tgactctggt 9660
aactagagat ccctcagacc cttttagtca gtgtggaaaa tctctagcac ccaggaggta 9720
gaggttgcag tgagccaaga tcgcgccact gcattccagc ctgggcaaga aaacaagact 9780
gtctaaaata ataataataa gttaagggta ttaaatatat ttatacatgg aggtcataaa 9840
aatatatata tttgggctgg gcgcagtggc tcacacctgc gcccggccct ttgggaggcc 9900
gaggcaggtg gatcacctga gtttgggagt tccagaccag cctgaccaac atggagaaac 9960
cccttctctg tgtattttta gtagatttta ttttatgtgt attttattca caggtatttc 10020
tggaaaactg aaactgtttt tcctctactc tgataccaca agaatcatca gcacagagga 10080
agacttctgt gatcaaatgt ggtgggagag ggaggttttc accagcacat gagcagtcag 10140
ttctgccgca gactcggcgg gtgtccttcg gttcagttcc aacaccgcct gcctggagag 10200
aggtcagacc acagggtgag ggctcagtcc ccaagacata aacacccaag acataaacac 10260
ccaacaggtc caccccgcct gctgcccagg cagagccgat tcaccaagac gggaattagg 10320
atagagaaag agtaagtcac acagagccgg ctgtgcggga gaacggagtt ctattatgac 10380
tcaaatcagt ctccccaagc attcggggat cagagttttt aaggataact tagtgtgtag 10440
ggggccagtg agttggagat gaaagcgtag ggagtcgaag gtgtcctttt gcgccgagtc 10500
agttcctggg tgggggccac aagatcggat gagccagttt atcaatccgg gggtgccagc 10560
tgatccatgg agtgcagggt ctgcaaaata tctcaagcac tgattgatct taggttttac 10620
aatagtgatg ttaccccagg aacaatttgg ggaaggtcag aatcttgtag cctgtagctg 10680
catgactcct aaaccataat ttcttttttg tttttttttt tttatttttg agacagggtc 10740
tcactctgtc acctaggctg gagtgcagtg gtgcaatcac agctcactgc agcctcaacg 10800
tcgtaagctc aagcgatcct cccacctcag cctgcctggt agctgagact acaagcgacg 10860
ccccagttaa tttttgtatt tttggtagag gcagcgtttt gccgtgtggc cctggctggt 10920
ctcgaactcc tgggctcaag tgatccagcc tcagcctccc aaagtgctgg gacaaccggg 10980
cccagtcact gcacctggcc ctaaaccata atttctaatc ttttggctaa tttgttagtc 11040
ctacaaaggc agtctagtcc ccagcaaaaa gggggtttgt ttcgggaaag ggctgttact 11100
gtctttgttt caaactataa actaagttcc tcctaaactt agttcggcct acacccagga 11160
atgaacaagg agagcttgga ggttagaagc acgatggaat tggttaggtc agatctcttt 11220
cactgtctga gttataattt tgcaatggtg gttcaaagac tgcccgcttc tgacaccagt 11280
cgctgcatta atgaatcggc caacgcgcgg ggagaggcgg tttgcgtatt gggcgctctt 11340
ccgcttcctc gctcactgac tcgctgcgct cggtcgttcg gctgcggcga gcggtatcag 11400
ctcactcaaa ggcggtaata cggttatcca cagaatcagg ggataacgca ggaaagaaca 11460
tgtgagcaaa aggccagcaa aaggccagga accgtaaaaa ggccgcgttg ctggcgtttt 11520
tccataggct ccgcccccct gacgagcatc acaaaaatcg acgctcaagt cagaggtggc 11580
gaaacccgac aggactataa agataccagg cgtttccccc tggaagctcc ctcgtgcgct 11640
ctcctgttcc gaccctgccg cttaccggat acctgtccgc ctttctccct tcgggaagcg 11700
tggcgctttc tcatagctca cgctgtaggt atctcagttc ggtgtaggtc gttcgctcca 11760
agctgggctg tgtgcacgaa ccccccgttc agcccgaccg ctgcgcctta tccggtaact 11820
atcgtcttga gtccaacccg gtaagacacg acttatcgcc actggcagca gccactggta 11880
acaggattag cagagcgagg tatgtaggcg gtgctacaga gttcttgaag tggtggccta 11940
actacggcta cactagaagg acagtatttg gtatctgcgc tctgctgaag ccagttacct 12000
tcggaaaaag agttggtagc tcttgatccg gcaaacaaac caccgctggt agcggtggtt 12060
tttttgtttg caagcagcag attacgcgca gaaaaaaagg atctcaagaa gatcctttga 12120
tcttttctac ggggtctgac gctcagtgga acgaaaactc acgttaaggg attttggtca 12180
tgagattatc aaaaaggatc ttcacctaga tccttttaaa ttaaaaatga agttttaaat 12240
caatctaaag tatatatgag taaacttggt ctgacagtta ccaatgctta atcagtgagg 12300
cacctatctc agcgatctgt ctatttcgtt catccatagt tgcctgactc cccgtcgtgt 12360
agataactac gatacgggag ggcttaccat ctggccccag tgctgcaatg ataccgcgag 12420
acccacgctc accggctcca gatttatcag caataaacca gccagccgga agggccgagc 12480
gcagaagtgg tcctgcaact ttatccgcct ccatccagtc tattaattgt tgccgggaag 12540
ctagagtaag tagttcgcca gttaatagtt tgcgcaacgt tgttgccatt gctacaggca 12600
tcgtggtgtc acgctcgtcg tttggtatgg cttcattcag ctccggttcc caacgatcaa 12660
ggcgagttac atgatccccc atgttgtgca aaaaagcggt tagctccttc ggtcctccga 12720
tcgttgtcag aagtaagttg gccgcagtgt tatcactcat ggttatggca gcactgcata 12780
attctcttac tgtcatgcca tccgtaagat gcttttctgt gactggtgag tactcaacca 12840
agtcattctg agaatagtgt atgcggcgac cgagttgctc ttgcccggcg tcaatacggg 12900
ataataccgc gccacatagc agaactttaa aagtgctcat cattggaaaa cgttcttcgg 12960
ggcgaaaact ctcaaggatc ttaccgctgt tgagatccag ttcgatgtaa cccactcgtg 13020
cacccaactg atcttcagca tcttttactt tcaccagcgt ttctgggtga gcaaaaacag 13080
gaaggcaaaa tgccgcaaaa aagggaataa gggcgacacg gaaatgttga atactcatac 13140
tcttcctttt tcaatattat tgaagcattt atcagggtta ttgtctcatg agcggataca 13200
tatttgaatg tatttagaaa aataaacaaa taggggttcc gcgcacattt ccccgaaaag 13260
tgccacctga cgtctaagaa accattatta tcatgacatt aacctataaa aataggcgta 13320
tcacgaggcc ctttcgtctc gcgcgtttcg gtgatgacgg tgaaaacctc tgacacatgc 13380
agctcccgga gacggtcaca gcttgtctgt aagcggatgc cgggagcaga caagcccgtc 13440
agggcgcgtc agcgggtgtt ggcgggtgtc ggggctggct taactatgcg gcatcagagc 13500
agattgtact gagagtgcac catatgcggt gtgaaatacc gcacagatgc gtaaggagaa 13560
aataccgcat caggcgccat tcgccattca ggctgcgcaa ctgttgggaa gggcgatcgg 13620
tgcgggcctc ttcgctatta cgccagggga ggcagagatt gcagtaagct gagatcgcag 13680
cactgcactc cagcctgggc gacagagtaa gactctgtct caaaaataaa ataaataaat 13740
caatcagata ttccaatctt ttcctttatt tatttattta ttttctattt tggaaacaca 13800
gtccttcctt attccagaat tacacatata ttctattttt ctttatatgc tccagttttt 13860
tttagacctt cacctgaaat gtgtgtatac aaaatctagg ccagtccagc agagcctaaa 13920
ggtaaaaaat aaaataataa aaaataaata aaatctagct cactccttca catcaaaatg 13980
gagatacagc tgttagcatt aaataccaaa taacccatct tgtcctcaat aattttaagc 14040
gcctctctcc accacatcta actcctgtca aaggcatgtg ccccttccgg gcgctctgct 14100
gtgctgccaa ccaactggca tgtggactct gcagggtccc taactgccaa gccccacagt 14160
gtgccctgag gctgcccctt ccttctagcg gctgccccca ctcggctttg ctttccctag 14220
tttcagttac ttgcgttcag ccaaggtctg aaactaggtg cgcacagagc ggtaagactg 14280
cgagagaaag agaccagctt tacagggggt ttatcacagt gcaccctgac agtcgtcagc 14340
ctcacagggg gtttatcaca ttgcaccctg acagtcgtca gcctcacagg gggtttatca 14400
cagtgcaccc ttacaatcat tccatttgat tcacaatttt tttagtctct actgtgccta 14460
acttgtaagt taaatttgat cagaggtgtg ttcccagagg ggaaaacagt atatacaggg 14520
ttcagtacta tcgcatttca ggcctccacc tgggtcttgg aatgtgtccc ccgaggggtg 14580
atgactacct cagttggatc tccacaggtc acagtgacac aagataacca agacacctcc 14640
caaggctacc acaatgggcc gccctccacg tgcacatggc cggaggaact gccatgtcgg 14700
aggtgcaagc acacctgcgc atcagagtcc ttggtgtgga gggagggacc agcgcagctt 14760
ccagccatcc acctgatgaa cagaacctag ggaaagcccc agttctactt acaccaggaa 14820
aggc 14824
<210>20
<211>24
<212>PRT
<213>SIV DE
<400>20
Gly Gln Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Leu Lys Glu Ala Leu Ala
1 5 10 15
Pro Val Pro Ile Pro Phe Ala Ala
20
<210>21
<211>63
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>用于抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)
<400>21
Lys Asn Trp Met Thr Glu Thr Phe Leu Val Gln Asn Ala Asn Pro Asp
1 5 10 15
Cys Lys Thr Ile Leu Lys Ala Leu Gly Pro Ala Ala Thr Leu Glu Glu
20 25 30
Met Met Thr Ala Cys Gln Gly Val Gly Gly Pro His Lys Ala Arg Ile
35 40 45
Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn Ser Ala Thr Ile Met
50 55 60
<210>22
<211>64
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>用于抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)
<400>22
Lys Asn Trp Met Thr Glu Thr Leu Leu Val Gln Asn Ala Asn Pro Asp
1 5 10 15
Cys Lys Thr Ile Leu Lys Ala Leu Gly Pro Gly Ala Thr Leu Glu Glu
20 25 30
Met Met Thr Ala Cys Gln Gly Val Gly Gly Pro Gly His Lys Ala Arg
35 40 45
Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn Pro Ala Thr Ile Met
50 55 60
<210>23
<211>30
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>用于抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)
<400>23
Thr Ala Cys Gln Gly Val Gly Gly Pro Ser His Lys Ala Arg Ile Leu
1 5 10 15
Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn Ser Ala Thr Ile Met
20 25 30
<210>24
<211>31
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>用于抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)
<400>24
Met Thr Ala Cys Gln Gly Val Gly Gly Pro Gly His Lys Ala Arg Val
1 5 10 15
Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn Pro Ala Thr Ile Met
20 25 30
<210>25
<211>14
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>用于抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)
<400>25
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val
1 5 10
<210>26
<211>14
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>用于抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)
<400>26
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val
1 5 10
<210>27
<211>24
<212>PRT
<213>SIV DM
<400>27
Gly Gln Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Leu Ala
1 5 10 15
Pro Val Pro Ile Pro Phe Ala Ala
20
<210>28
<211>24
<212>PRT
<213>SIV DJ
<400>28
Gly Gln Lys Ala Arg Val Met Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Leu Ala
1 5 10 15
Pro Val Pro Ile Pro Phe Ala Ala
20
<210>29
<211>15
<212>PRT
<213>FIV
<400>29
Gly Tyr Lys Met Gln Leu Leu Ala Glu Ala Leu Thr Lys Val Gln
1 5 10 15
<210>30
<211>12
<212>PRT
<213>EIAV
<400>30
Lys Gln Lys Met Met Leu Leu Ala Lys Ala Leu Gln
1 5 10
<210>31
<211>32
<212>PRT
<213>BIV
<400>31
Iys Ser Lys Met Gln Phe Leu Val Ala Ala Met Lys Glu Met Gly Ile
1 5 10 15
Gln Ser Pro Ile Pro Ala Val Leu Pro His Thr Pro Glu Ala Tyr Ala
20 25 30
<210>32
<211>9
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>有待插入SIVmac239主链的HIV-1 CA-SP1残基
<400>32
Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val
1 5
<210>33
<211>13
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1 NL4-3中的突变SP1区域
<400>33
Ala Ala Met Ser Gln Val Thr Asn Pro Ala ThrIle Met
1 5 10
<210>34
<211>13
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1 NL4-3中的突变SP1区域
<400>34
Ala Glu Met Ser Gln Val Thr Asn Pro Ala Thr Ile Met
1 5 10
<210>35
<211>13
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1 NL4-3中的突变SP1区域
<400>35
Ala Glu Ala Ser Gln Val Thr Asn Pro Ala Thr Ile Met
1 5 10
<210>36
<211>13
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1 NL4-3中的突变SP1区域
<400>36
Ala Glu Ala Met Gln Val Thr Asn Pro Ala Thr Ile Met
1 5 10
<210>37
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>37
agccaaaact cttgctttat ggcc 24
<210>38
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>38
agtcagtgtg gaaaatctct agcagtgg 28
<210>39
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>39
gcaatgagcc aagtaacaaa tcca 24
<210>40
<211>31
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>40
aggtatggta aatgcagtat acttcctgaa g 31
<210>41
<211>27
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>41
ttcagccaaa actcttgctt tatggcc 27
<210>42
<211>23
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>42
atgagccaagtaacaaatcc agc 23
<210>43
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>43
tgcttcagcc aaaactcttg c 21
<210>44
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>44
agccaagtaa caaatccagc t 21
<210>45
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>45
cattgcttca gccaaaactc ttgc 24
<210>46
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>46
caagtaacaa atccagctac ca 22
<21D>47
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>47
gctcattgct tcagccaaaa ctctt 25
<210>48
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>48
gtaacaaatc cagctaccat aa 22
<210>49
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>49
acaaatccag ctaccataat gatac 25
<210>50
<211>26
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>50
ttggctcattgcttcagcca aaactc 26
<210>51
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>51
tacttggctc attgcttcag ccaa 24
<210>52
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>52
aatccagcta ccataatgat acag 24
<210>53
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>53
tgttacttgg ctcattgctt c 21
<210>54
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>54
ccagctacca taatgataca gaaa 24
<210>55
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>55
atttgttact tggctcattg cttc 24
<210>56
<211>26
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>56
gctaccataa tgatacagaa aggcaa 26
<210>57
<211>24
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>57
tggatttgtt acttggctca ttgc 24
<210>58
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>58
accataatga tacagaaagg c 21
<210>59
<211>22
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>59
agctggattt gttacttggc tc 22
<210>60
<211>27
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>60
ataatgatac agaaaggcaa ttttagg 27
<210>61
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>61
ggtagctgga tttgttactt g 21
<210>62
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>62
atgatacaga aaggcaattt taggaacc 28
<210>63
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>63
tatggtagct ggatttgtta c 21
<210>64
<211>21
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>64
atacagaaag gcaattttag g 21
<210>65
<211>19
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>65
ccacctatcc cagtaggag 19
<210>66
<211>20
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>66
ggcacagcaa gcagcagctg 20
<210>67
<211>29
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>67
gtagaccaac agcaccatct agcggcaga 29
<210>68
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>68
ggtaaagtaa aggcagtgta ctgcctaa 28
<210>69
<211>37
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>69
cactggtgcg aggacctgac tcatggcttc tgccatt 37
<210>70
<211>37
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>70
aatggcagaa gccatgagtc aggtcctcgc accagtg 37
<210>71
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>71
ggcttctgcc agtactctag ccttctgt 28
<210>72
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>72
acagaaggct agagtactgg cagaagcc 28
<210>73
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>73
ggcttctgcc agtactctag ccttctgt 28
<210>74
<211>28
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>74
acagaaggct agagtactgg cagaagcc 28
<210>75
<211>25
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>插入Gag SP1结构域的序列
<400>75
atccaactgg ggttgcaaaa atgtg 25
<210>76
<211>25
<212>PRT
<213>HIV-1
<400>76
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala MetSer Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Pro Ala Thr Ile Met Ile Gln Lys Gly
20 25
<210>77
<211>19
<212>PRT
<213>FIV
<400>77
Gly Tyr Lys Met Gln Leu Leu Ala Glu Ala Leu Thr Lys Val Gln Val
1 5 10 15
Val Gln Ser
<210>78
<211>16
<212>PRT
<213>EIAV
<400>78
Lys Gln Lys Met Met Leu Leu Ala Lys Ala Leu Gln Thr Gly Leu Ala
1 5 10 15
<210>79
<211>36
<212>PRT
<213>BIV
<400>79
Lys Ser Lys Met Gln Phe Leu Val Ala Ala Met Lys Glu Met Gly Ile
1 5 10 15
Gln Ser Pro Ile Pro Ala Val Leu Pro His Thr Pro Glu Ala Tyr Ala
20 25 30
Ser Gln Thr Ser
35
<210>80
<211>14
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>用于替换的HIV-1 CA-SPl序列
<400>80
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val
1 5 10
<210>81
<211>9
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>血细胞凝集素表位HA
<400>81
Tyr Pro Tyr Asp Val Pro Asp Tyr Ala
1 5
<210>82
<211>6
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>蓝舌病病毒表位VP7
<400>82
Gln Tyr Pro Ala Leu Thr
1 5
<210>83
<211>8
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>Flag表位
<400>83
Asp Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys
1 5
<210>84
<211>11
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>VSV-G表位
<400>84
Tyr Thr Asp Ile Glu Met Asn Arg Leu Gly Lys
1 5 10
<210>85
<211>13
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1 NL4-3中的突变SP1区域
<400>85
Ala Glu Ala Met Ser Val Thr Asn Pro Ala Thr Ile Met
1 5 10
<210>86
<211>13
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1 NL4-3中的突变SP1区域
<400>86
Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Pro Ala Thr Ile Met
1 5 10
<210>87
<211>13
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1 NL4-3中的突变SP1区域
<400>87
Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Asn Pro Ala Thr Ile Met
1 5 10
<210>88
<211>13
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1 NL4-3中的突变SP1区域
<400>88
Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Pro Ala Thr Ile Met
1 5 10
<210>89
<211>13
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1 NL4-3中的突变SP1区域
<400>89
Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn Ala Thr Ile Met
1 5 10
<210>90
<211>1530
<212>DNA
<213>SIV DM
<400>90
atgggcgtga gaaactccgt cttgtcaggg aagaaagcag atgaattaga aaaaattagg 60
ctacgaccca acggaaagaa aaagtacatg ttgaagcatg tagtatgggc agcaaatgaa 120
ttagatagat ttggattagc agaaagcctg ttggagaaca aagaaggatg tcaaaaaata 180
ctttcggtct tagctccatt agtgccaaca ggctcagaaa atttaaaaag cctttataat 240
actgtctgcg tcatctggtg cattcacgca gaagagaaag tgaaacacac tgaggaagca 300
aaacagatag tgcagagaca cctagtggtg gaaacaggaa caacagaaac tatgccaaaa 360
acaagtagac caacagcacc atctagcggc agaggaggaa attacccagt acaacaaata 420
ggtggtaact atgtccacct gccattaagc ccgagaacat taaatgcctg ggtaaaattg 480
atagaggaaa agaaatttgg agcagaagta gtgccaggat ttcaggcact gtcagaaggt 540
tgcaccccct atgacattaa tcagatgtta aattgtgtgg gagaccatca agcggctatg 600
cagattatca gagatattat aaacgaggag gctgcagatt gggacttgca gcacccacaa 660
ccagctccac aacaaggaca acttagggag ccgtcaggat cagatattgc aggaacaact 720
agttcagtag atgaacaaat ccagtggatg tacagacaac agaaccccat accagtaggc 780
aacatttaca ggagatggat ccaactgggg ttgcaaaaat gtgtcagaat gtataaccca 840
acaaacattc tagatgtaaa acaagggcca aaagagccat ttcagagcta tgtagacagg 900
ttctacaaaa gtttaagagc agaacagaca gatgcagcag taaagaattg gatgactcaa 960
acactgctga ttcaaaatgc taacccagat tgcaagctag tgctgaaggg gctgggtgtg 1020
aatcccaccc tagaagaaat gctgacggct tgtcaaggag taggggggcc gggacagaag 1080
gctagagtat tggcagaagc catgagtcag gtcctcgcac cagtgccaat cccttttgca 1140
gcagcccaac agaggggacc aagaaagcca attaagtgtt ggaattgtgg gaaagaggga 1200
cactctgcaa ggcaatgcag agccccaaga agacagggat gctggaaatg tggaaaaatg 1260
gaccatgtta tggccaaatg cccagacaga caggcgggtt ttttaggcct tggtccatgg 1320
ggaaagaagc cccgcaattt ccccatggct caagtgcatc aggggctgat gccaactgct 1380
cccccagagg acccagctgt ggatctgcta aagaactaca tgcagttggg caagcagcag 1440
agagaaaagc agagagaaag cagagagaag ccttacaagg aggtgacaga ggatttgctg 1500
cacctcaatt ctctctttgg aggagaccag 1530
<210>91
<211>67
<212>PRT
<213>SIV DM
<400>91
Lys Asn Trp Met Thr Gln Thr Leu Leu Ile Gln Asn Ala Asn Pro Asp
1 5 10 15
Cys Lys Leu Val Leu Lys Gly Leu Gly Val Asn Pro Thr Leu Glu Glu
20 25 30
Met Leu Thr Ala Cys Gln Gly Val Gly Gly Pro Gly Gln Lys Ala Arg
35 40 45
Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Leu Ala Pro Val Pro Ile Pro
50 55 60
Phe Ala Ala
65
<210>92
<211>1530
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>SIV嵌合体的GAG基因，其中Q358变为H358
<400>92
atgggcgtga gaaactccgt cttgtcaggg aagaaagcag atgaattaga aaaaattagg 60
ctacgaccca acggaaagaa aaagtacatg ttgaagcatg tagtatgggc agcaaatgaa 120
ttagatagat ttggattagc agaaagcctg ttggagaaca aagaaggatg tcaaaaaata 180
ctttcggtct tagctccatt agtgccaaca ggctcagaaa atttaaaaag cctttataat 240
actgtctgcg tcatctggtg cattcacgca gaagagaaag tgaaacacac tgaggaagca 300
aaacagatag tgcagagaca cctagtggtg gaaacaggaa caacagaaac tatgccaaaa 360
acaagtagac caacagcacc atctagcggc agaggaggaa attacccagt acaacaaata 420
ggtggtaact atgtccacct gccattaagc ccgagaacat taaatgcctg ggtaaaattg 480
atagaggaaa agaaatttgg agcagaagta gtgccaggat ttcaggcact gtcagaaggt 540
tgcaccccct atgacattaa tcagatgtta aattgtgtgg gagaccatca agcggctatg 600
cagattatca gagatattat aaacgaggag gctgcagatt gggacttgca gcacccacaa 660
ccagctccac aacaaggaca acttagggag ccgtcaggat cagatattgc aggaacaact 720
agttcagtag atgaacaaat ccagtggatg tacagacaac agaaccccat accagtaggc 780
aacatttaca ggagatggat ccaactgggg ttgcaaaaat gtgtcagaat gtataaccca 840
acaaacattc tagatgtaaa acaagggcca aaagagccat ttcagagcta tgtagacagg 900
ttctacaaaa gtttaagagc agaacagaca gatgcagcag taaagaattg gatgactcaa 960
acactgctga ttcaaaatgc taacccagat tgcaagctag tgctgaaggg gctgggtgtg 1020
aatcccaccc tagaagaaat gctgacggct tgtcaaggag taggggggcc gggacataag 1080
gctagagtat tggcagaagc catgagtcag gtcctcgcac cagtgccaat cccttttgca 1140
gcagcccaac agaggggacc aagaaagcca attaagtgtt ggaattgtgg gaaagaggga 1200
cactctgcaa ggcaatgcag agccccaaga agacagggat gctggaaatg tggaaaaatg 1260
gaccatgtta tggccaaatg cccagacaga caggcgggtt ttttaggcct tggtccatgg 1320
ggaaagaagc cccgcaattt ccccatggct caagtgcatc aggggctgat gccaactgct 1380
cccccagagg acccagctgt ggatctgcta aagaactaca tgcagttggg caagcagcag 1440
agagaaaagc agagagaaag cagagagaag ccttacaagg aggtgacaga ggatttgctg 1500
cacctcaatt ctctctttgg aggagaccag 1530
<210>93
<211>67
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>SIV嵌合体的GAG基因，其中Q358变为H358
<400>93
Lys Asn Trp Met Thr Gln Thr Leu Leu Ile Gln Asn Ala Asn Pro Asp
1 5 10 15
Cys Lys Leu Val Leu Lys Gly Leu Gly Val Asn Pro Thr Leu Glu Glu
20 25 30
Met Leu Thr Ala Cys Gln Gly Val Gly Gly Pro Gly His Lys Ala Arg
35 40 45
Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Leu Ala Pro Val Pro Ile Pro
50 55 60
Phe Ala Ala
65
<210>94
<211>1353
<212>DNA
<213>FIV
<400>94
atggggaatg gacaggggcg agattggaaa atggccatta agagatgtag taatgttgct 60
gtaggagtag gggggaagag taaaaaattt ggagaaggga atttcagatg ggccattaga 120
atggctaatg tatctacagg acgagaacct ggtgatatac cagagacttt agatcaacta 180
aggttggtta tttgcgattt acaagaaaga agagaaaaat ttggatctag caaagaaatt 240
gatatggcaa ttgtgacatt aaaagtcttt gcggtagcag gacttttaaa tatgacggtg 300
tctactgctg ctgcagctga aaatatgtat tctcaaatgg gattagacac taggccatct 360
atgaaagaag caggtggaaa agaggaaggc cctccacagg catatcctat tcaaacagta 420
aatggagtac cacaatatgt agcacttgac ccaaaaatgg tgtccatttt tatggaaaag 480
gcaagagaag gactaggagg tgaggaagtt caactatggt ttactgcctt ctctgcaaat 540
ttaacaccta ctgacatggc cacattaata atggccgcac cagggtgcgc tgcagataaa 600
gaaatattgg atgaaagctt aaagcaactg acagcagaat atgatcgcac acatccccct 660
gatgctccca gaccattacc ctattttact gcagcagaaa ttatgggtat aggattaact 720
caagaacaac aagcagaagc aagatttgca ccagctagga tgcagtgtag agcatggtat 780
ctcgaggcat taggaaaatt ggctgccata aaagctaagt ctcctcgagc tgtgcagtta 840
agacaaggag ctaaggaaga ttattcatcc tttatagaca gattgtttgc ccaaatagat 900
caagaacaaa atacagctga agttaagtta tatttaaaac agtcattgag catagctaat 960
gctaatgcag actgtaaaaa ggcaatgagc caccttaagc cagaaagtac cctagaagaa 1020
aagttgagag cttgtcaaga aataggctca ccaggccata aagcaagagt tttggctgaa 1080
gcaatgagcc aagtacaagt agtgcaatca aaaggatcag gaccagtgtg ttttaattgt 1140
aaaaaaccag gacatctagc aagacaatgt agagaagtga aaaaatgtaa taaatgtgga 1200
aaacctggtc atgtagctgc caaatgttgg caaggaaata gaaagaattc gggaaactgg 1260
aaggcggggc gagctgcagc cccagtgaat caaatgcagc aagcagtaat gccatctgca 1320
cctccaatgg aggagaaact attggattta taa 1353
<210>95
<211>4
<212>DNA
<213>伞枝犁头霉(Absidi a corymbifera)
<400>95
aaaa4
<210>96
<211>1467
<212>DNA
<213>EIAV
<400>96
atgggagacc ctttgacatg gagcaaggcg ctcaagaagt tagagaaggt gacggtacaa 60
gggtctcaga aattaactac tggtaactgt aattgggcgc taagtctagt agacttattt 120
catgatacca actttgtaaa agaaaaggac tggcagctga gggatgtcat tccattgctg 180
gaagatgtaa ctcagacgct gtcaggacaa gaaagagagg cctttgaaag aacatggtgg 240
gcaatttctg ctgtaaagat gggcctccag attaataatg tagtagatgg aaaggcatca 300
ttccagctcc taagagcgaa atatgaaaag aagactgcta ataaaaagca gtctgagccc 360
tctgaagaat atccaatcat gatagatggg gctggaaaca gaaattttag acctctaaca 420
cctagaggat atactacttg ggtgaatacc atacagacaa atggtctatt aaatgaagct 480
agtcaaaact tatttgggat attatcagta gactgtactt ctgaagaaat gaatgcattt 540
ttggatgtgg tacctggcca ggcaggacaa aagcagatat tacttgatgc aattgataag 600
atagcagatg attgggataa tagacatcca ttaccgaatg ctccactggt ggcaccacca 660
caagggccta ttcccatgac agcaaggttt attagaggtt taggagtacc tagagaaaga 720
cagatggagc ctgcttttga tcagtttagg cagacatata gacaatggat aatagaagcc 780
atgtcagaag gcatcaaagt gatgattgga aaacctaaag ctcaaaatat taggcaagga 840
gctaaggaac cttacccaga atttgtagac agactattat cccaaataaa aagtgaggga 900
catccacaag agatttcaaa attcttgact gatacactga ctattcagaa cgcaaatgag 960
gaatgtagaa atgctatgag acatttaaga ccagaggata cattagaaga gaaaatgtat 1020
gcttgcagag acattggaac tacaggccat aaagcaagag ttttggctga agcaatgagc 1080
caagtaactg gtcttgcggg cccatttaaa ggtggagcct tgaaaggagg gccactaaag 1140
gcagcacaaa catgttataa ctgtgggaag ccaggacatt tatctagtca atgtagagca 1200
cctaaagtct gttttaaatg taaacagcct ggacatttct caaagcaatg cagaagtgtt 1260
ccaaaaaacg ggaagcaagg ggctcaaggg aggccccaga aacaaacttt cccgatacaa 1320
cagaagagtc agcacaacaa atctgttgta caagagactc ctcagactca aaatctgtac 1380
ccagatctga gcgaaataaa aaaggaatac aatgtcaagg agaaggatca agtagaggat 1440
ctcaacctgg acagtttgtg ggagtaa 1467
<210>97
<211>4
<212>PRT
<213>Acanthamoeba griffini
<400>97
Ala Ala Ala Ala
1
<210>98
<211>1431
<212>DNA
<213>BIV
<400>98
atgaagagaa gggagttaga aaagaagctt cgtaaggtta gggtgacacc ccaacaggat 60
aaatattata ctatagggaa tcttcaatgg gccattagaa tgataaatct aatggggatc 120
aaatgtgtgt gtgacgagga gtgctcggca gcagaggtag cccttatcat aacccaattt 180
tcagctttag acttagaaaa ttctcctatc agaggtaagg aggaggtggc cataaaaaat 240
actctgaagg ttttctggtc cctgctggcg gggtacaaac cagagagtac agaaacggcc 300
ctaggatatt gggaggcctt tacatataga gaaagggagg ccagagctga taaggaaggc 360
gaaattaaga gtatttaccc ttccctaaca cagaacacac agaataagaa gcagacatcg 420
aatcagacaa acactcaatc attaccagct atcactactc aagatggtac tcctaggttt 480
gatcctgacc tcatgaagca gcttaagatc tggtcagacg ccactgaaag aaatggggtt 540
gaccttcatg cagtgaatat attaggggtc attacagcaa acctagtaca ggaagaaatt 600
aaactcctct tgaatagtac acccaagtgg agattagatg tacaacttat agaatcaaaa 660
gtaagagaga aagaaaatgc ccacagaacg tggaaacagc atcatccaga agccccaaaa 720
acagatgaaa tcatcggtaa ggggcttagt tctgctgaac aagccaccct gatctcagta 780
gaatgcagag aaactttcag acagtgggtg ctgcaggcag ctatggaggt ggcacaggca 840
aaacatgcta ccccaggtcc catcaacatt catcagggac ccaaggagcc gtacacagac 900
tttataaata gattagtggc agcccttgaa ggtatggcgg ctccagaaac cacaaaagaa 960
tacttactcc aacatctatc tattgatcat gccaatgaag actgccagtc tattctaaga 1020
cctttgggac ccaacacccc aatggagaaa aaattagaag catgtagggt agtgggatct 1080
cagggccata aagcaagagt tttggctgaa gcaatgagcc aagtagggat ccaatcacca 1140
attccagcag tcttgcctca cacaccagaa gcatatgcct cccaaacctc agggcccgag 1200
gatggtagga gatgttacgg atgtgggaag acaggacatt tgaagaggaa ttgtaaacag 1260
caaaaatgct accattgtgg caaacctggc caccaagcaa gaaactgcag gtcaaaaaac 1320
gggaagtgct cctctgcccc ttatgggcag aggagccaac cacagaacaa ttttcaccag 1380
agcaacatga gttctgtgac cccatctgca ccccctctta tattagatta g 1431
<210>99
<211>10
<212>DNA
<213>Abudefduf declivifrons
<400>99
aaaaaaaaaa10
<210>100
<211>13
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1 NL4-3中的突变SP1区域
<400>100
Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn Pro Thr Ile Met
1 5 10
<210>101
<211>13
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1 NL4-3中的突变SP1区域
<400>101
Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn Pro Ala Ile Met
1 5 10
<210>102
<211>13
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1 NL4-3中的突变SP1区域
<400>102
Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn Pro Ala Thr Met
1 5 10
<210>103
<211>13
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1 NL4-3中的突变SP1区域
<400>103
Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn Pro Ala Thr Ile
1 5 10
<210>104
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>带HA表位的HIV-1 NL4-3中的CA-SP1
<400>104
Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Tyr Pro Tyr Asp Val Pro Asp Tyr
1 5 10 15
Ala Thr Ile Met
20
<210>105
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>带HA表位的HIV-1 NL4-3中的CA-SP1
<400>105
Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Tyr Pro Tyr Asp Val Pro Asp Tyr
1 5 10 15
Ala Ile Met
<210>106
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>带HA表位的HIV-1 NL4-3中的CA-SP1
<400>106
Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Tyr Pro Tyr Asp Val Pro Asp Tyr Ala
1 5 10 15
Thr Ile Met
<210>107
<211>18
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>带HA表位的HIV-1 NL4-3中的CA-SP1
<400>107
Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Tyr Pro Tyr Asp Val Pro Asp Tyr Ala
1 5 10 15
Ile Met
<210>108
<211>15
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>带蓝舌病病毒VP7表位的HIV-1 NL4-3中的CA-SP1
<400>108
Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Tyr Pro Ala Leu Thr Ile Met
1 5 10 15
<210>109
<211>17
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>带蓝舌病病毒VP7表位的HIV-1 NL4-3中的CA-SP1
<400>109
Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Tyr Pro Ala Leu Thr Ala Thr Ile
1 5 10 15
Met
<210>110
<211>17
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>带α-微管蛋白表位的HIV-1 NL4-3中的CA-SP1
<400>110
Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn Pro Glu Glu Phe Ala Thr Ile
1 5 10 15
Met
<210>111
<211>18
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>带α-微管蛋白表位的HIV-1 NL4-3中的CA-SP1
<400>111
Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Glu Glu Phe Glu Glu Phe Ala Thr
1 5 10 15
Ile Met
<210>112
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>带flag表位的HIV-1 NL4-3中的CA-SP1
<400>112
Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asp Tyr LysAsp Asp Asp Asp Lys
1 5 10 15
Ala Thr Ile Met
20
<210>113
<211>18
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>带flag表位的HIV-1 NL4-3中的CA-SP1
<400>113
Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asp Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys
1 5 10 15
Ile Met
<210>114
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>带flag表位的HIV-1 NL4-3中的CA-SP1
<400>114
Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn Pro Ala Thr Ile Asp Tyr Lys
1 5 10 15
Asp Asp Asp Asp Ile Met
20
<210>115
<211>23
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>带VSV-G-标记构建体的HIV-1 NL4-3中的CA-SP1
<400>115
Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Tyr Thr Asp Ile Glu Met Asn Arg
1 5 10 15
Leu Gly Lys Ala Thr Ile Met
20
<210>116
<211>16
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>用于抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)
<400>116
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
<210>117
<211>16
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>用于抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)
<400>117
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala MetSer Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
<210>118
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>用于抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)
<400>118
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Thr Ile Met
20
<210>119
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>用于抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)
<400>119
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Pro Ala Thr Ile Met
20
<210>120
<211>45
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>在丙氨酸45位突变的突变慢病毒
<400>120
His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn Pro
1 5 10 15
Ala Thr Ile Met Ile Gln Lys Gly Asn Phe Arg Asn Gln Arg Lys Thr
20 25 30
Val Lys Cys Phe Asn Cys Gly Lys Glu Gly His Ile Ala
35 40 45
<210>121
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>121
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Gln
1 5 10 15
Pro Asn Ile Met
20
<210>122
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>122
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln His
1 5 10 15
Thr Asn Ile Met
20
<210>123
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>123
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Gln Gln
1 5 10 15
His Thr Thr Val Met
20
<210>124
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>124
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln His
1 5 10 15
Pro Asn Ile Met
20
<210>125
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>125
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Gln
1 5 10 15
Ala Asn Val Met
20
<210>126
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>126
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Gln Gln
1 5 10 15
Thr Asn Ile Met
20
<210>127
<211>20
<232>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>127
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Asn
1 5 10 15
Ala Asn Ile Met
20
<210>128
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>128
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Gln
1 5 10 15
Thr Ser Ile Met
20
<210>129
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>129
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Gln His
1 5 10 15
Thr Asn Ile Met
20
<210>130
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>130
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Asn
1 5 10 15
Thr Asn Ile Met
20
<210>131
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>131
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser His Val Gln Ser
1 5 10 15
Thr Asn Thr Asn Ile Met
20
<210>132
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>132
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Asn
1 5 10 15
Thr Asn Ala Asn Ile Met
20
<210>133
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>133
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser His Val Gln Asn
1 5 10 15
Thr Asn Thr Asn Ile Met
20
<210>134
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>134
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Asn
1 5 10 15
Thr Asn Thr Asn Ile Met
20
<210>135
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>135
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Thr Ile Met
20
<210>136
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>136
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ser Ala Ile Met
20
<210>137
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>137
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Thr Ile Met
20
<210>138
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>138
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Pro Ala Thr Ile Met
20
<210>139
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>139
Gly His Lys Ala Arg Asp Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Thr Ile Met
20
<210>140
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>140
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Asn
1 5 10 15
Ser Ala Asn Val Met
20
<210>141
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>141
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Ala Ala Thr Val Met
20
<210>142
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>142
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Thr Ile Met
20
<210>143
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>143
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Thr Thr Met
20
<210>144
<211>21
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>144
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Gln
1 5 10 15
Ser Ala Thr Val Met
20
<210>145
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>145
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Ser
1 5 10 15
Ser Ala Ala Val Met
20
<210>146
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>146
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Ser
1 5 10 15
Pro Ala Asn Ile Met
20
<210>147
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>147
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ser Ala Ala Ile Met
20
<210>148
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>148
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser His Met Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Ala Thr Val Met
20
<210>149
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>149
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Ser His Ala Ile Met
20
<210>150
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>150
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Pro Ala Thr Ile Met
20
<210>151
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>151
Ser His Lys Ala Lys Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Pro Ala Thr Ile Met
20
<210>152
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>152
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Ser Ile Met
20
<210>153
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>153
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Ser Ile Met
20
<210>154
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>154
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Thr Asn Ile Met
20
<210>155
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>155
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Thr Ser Ile Met
20
<210>156
<211>26
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>156
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Ile Thr Asn Ser Ala Thr Ile Met
20 25
<210>157
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>157
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Ser Asn Ile Ile Met
20
<210>158
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>158
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Met Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Thr Ile Met
20
<210>159
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>159
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Ser Asn
1 5 10 15
Ser Ser Val Ala Met Met
20
<210>160
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>160
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Asn Pro
1 5 10 15
Ala Ser Ile Met
20
<210>161
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>161
His His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ser Ser Ala
1 5 10 15
Pro Ile Met
<210>162
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>162
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ser Ser Ala
1 5 10 15
Thr Ile Met
<210>163
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>163
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Pro Thr Asn
1 5 10 15
Ala Ala Thr Ile Met
20
<210>164
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>164
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln His Val Thr
1 5 10 15
Asn Ser Ala Ala Ile Met
20
<210>165
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>165
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Thr Val Met
20
<210>166
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>166
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Gly
1 5 10 15
Ser Ala Ala Ile Met
20
<210>167
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>167
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Asn Ser
1 5 10 15
Val Thr Val Met
20
<210>168
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>168
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Asn Ser
1 5 10 15
Ala Thr Ile Met
20
<210>169
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>169
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Thr Thr Ile Met
20
<210>170
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>170
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Ile Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Pro Ala Thr Ile Met
20
<210>171
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>171
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Ser
1 5 10 15
Ser Ala Ala Ile Met
20
<210>172
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>172
Ala His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Thr Thr Ile Met
20
<210>173
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>173
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Asn Val Asn Ile Met
20
<210>174
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>174
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Ser
1 5 10 15
Ser Ala Thr Ile Met
20
<210>175
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>175
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Gly
1 5 10 15
Gly Ala Thr Ala Ile Met
20
<210>176
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>176
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Asn Thr
1 5 10 15
Thr Thr Ile Met
20
<210>177
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>177
Ala His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Pro Ala Thr Ile Met
20
<210>178
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>178
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Pro Gly Ala Ile Met
20
<210>179
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>179
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Pro Ala Asn Ile Met
20
<210>180
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>180
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Arg Val Pro Asn
1 5 10 15
Ser Thr Asn Ile Met
20
<210>181
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>181
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Met Thr Ser
1 5 10 15
Pro Ala Asn Ile Met
20
<210>182
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>182
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ile Thr Asn
1 5 10 15
Thr Ser Ala Thr Ile Met
20
<210>183
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>183
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Pro Ala Ala Ile Met
20
<210>184
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>184
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Ala Ile Met
20
<210>185
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>185
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Thr
1 5 10 15
Asn Pro Ala Ile Met
20
<210>186
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>186
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Asn Pro Val Ile Met
20
<210>187
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>187
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Pro Ser Thr Ile Met
20
<210>188
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>188
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Thr
1 5 10 15
Pro Pro Ala Ile Met
20
<210>189
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>189
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Ser
1 5 10 15
Ser Ala Thr Ile Met
20
<210>190
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>190
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Thr Ala Thr Met Met
20
<210>191
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>191
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Ser
1 5 10 15
Ser Asn Thr Ile Met
20
<210>192
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>192
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Asn Ser
1 5 10 15
Gly Ala Ala Met
20
<210>193
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>193
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Asn Pro
1 5 10 15
Asn Asn Val Met
20
<210>194
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>194
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Asn Ser
1 5 10 15
Ala Thr Val Met
20
<210>195
<211>23
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>195
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Ser Ala Ala Ile Met
20
<210>196
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>196
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Asn Ile Met
20
<210>197
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>197
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Asn Val Met
20
<210>198
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>198
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Met Thr Asn
1 5 10 15
Ala Thr Asn Ile Met
20
<210>199
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>199
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Ser
1 5 10 15
Pro Thr Thr Ile Met
20
<210>200
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>200
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Asn
1 5 10 15
Ala Val Ile Met
20
<210>201
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>201
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Lys Val Asn Asn
1 5 10 15
Thr Asn Ile Met
20
<210>202
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>202
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Asn Asn
1 5 10 15
Thr Asn Ile Met
20
<210>203
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>203
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Asn
1 5 10 15
Thr Asn Ile Met
20
<210>204
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>204
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln His Asn Thr
1 5 10 15
Ser Ile Met
<210>205
<211>18
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>205
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ser Asn Ser
1 5 10 15
Ile Met
<210>206
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>206
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Asn
1 5 10 15
Thr Asn Val Met
20
<210>207
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>207
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Gly Asn
1 5 10 15
Ala Thr Ile Met
20
<210>208
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>208
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Ser
1 5 10 15
Pro Asn Ile Leu
20
<210>209
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>209
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Lys Ala Asn Asn
1 5 10 15
Ala Asn Ile Leu
20
<210>210
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>210
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Thr
1 5 10 15
Thr Asn Ile Met
20
<210>211
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>211
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gly Asn
1 5 10 15
Pro Gln Val Met
20
<210>212
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>212
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Asn
1 5 10 15
Val Gln Ile Met
20
<210>213
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>213
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Thr Ser
1 5 10 15
Met Gln Ile Met
20
<210>214
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>214
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Asn
1 5 10 15
Ala Asn Ile Met
20
<210>215
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>215
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Thr Ser Ile Met
20
<210>216
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>216
Ser His Lys Ala Arg Ala Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Asn
1 5 10 15
Thr Asn Ile Met
20
<210>217
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>217
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Asn Gly
1 5 10 15
Ser Asn Val Leu
20
<210>218
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>218
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Asn
1 5 10 15
Ile Asn Val Met
20
<210>219
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>219
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Ser
1 5 10 15
Thr Asn Ile Met
20
<210>220
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>220
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Ala Ser
1 5 10 15
Thr Asn Ile Leu
20
<210>221
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>221
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Ser
1 5 10 15
Asn Ile Met
<210>222
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>222
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Asn
1 5 10 15
Ser Asn Ile Met
20
<210>223
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>223
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Gly Ser
1 5 10 15
Val Asn Ile Leu
20
<210>224
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>224
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Ser
1 5 10 15
Asn Ile Met
<210>225
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>225
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr His Ser
1 5 10 15
Asn Ile Met
<210>226
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>226
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Asn
1 5 10 15
Ile Asn Ile Met
20
<210>227
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>227
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Gly Gln Ala Asn Ser
1 5 10 15
Met Asn Ile Met
20
<210>228
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>228
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Thr
1 5 10 15
Asn Val Met
<210>229
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>229
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Ser
1 5 10 15
Val Asn Ile Met
20
<210>230
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>230
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Ser
1 5 10 15
Thr Ser Ile Leu
20
<210>231
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>231
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Asn
1 5 10 15
Ser Asn Ile Met
20
<210>232
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>232
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser His Ala Gly Asn
1 5 10 15
Ala Gly Ile Met
20
<210>233
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>233
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Ser
1 5 10 15
Ala Asn Ile Leu
20
<210>234
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>234
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Asn
1 5 10 15
Thr Asn Ile Met
20
<210>235
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>235
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser His Ala Asn Asn
1 5 10 15
Thr Ser Ile Met
20
<210>236
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>236
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Thr
1 5 10 15
Asn Ile Met
<210>237
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>237
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Asn
1 5 10 15
Ile Gln Val Met
20
<210>238
<211>18
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>238
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser His Thr Asn Ser
1 5 10 15
Ile Met
<210>239
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>239
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Thr
1 5 10 15
Ser Ile Met
<210>240
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>240
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Ser
1 5 10 15
Thr Asn Ile Leu
20
<210>241
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>241
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Gly Asn
1 5 10 15
Ala Asn Ile Met
20
<210>242
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>242
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Asn
1 5 10 15
Ala Asn Ile Met
20
<210>243
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>243
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Asn
1 5 10 15
Ala Ser Val Met
20
<210>244
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>244
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Gly Gln Val Asn Ser
1 5 10 15
Thr Asn Ile Met
20
<210>245
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>245
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Asn
1 5 10 15
Pro Asn Ile Met
20
<210>246
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>246
Ser His Lys Ala Arg Val Ser Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Gln
1 5 10 15
Ala Asn Ile Met
20
<210>247
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>247
Ala His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Asn Asn
1 5 10 15
Thr Thr Ile Met
20
<210>248
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>248
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Ser
1 5 10 15
Ser Ile Leu
<210>249
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>249
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Ser
1 5 10 15
Thr Ile Met
<210>250
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>250
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Ser
1 5 10 15
Thr Ile Met
<210>251
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>251
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Ser
1 5 10 15
Asn Ile Leu
<210>252
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>252
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Ser
1 5 10 15
Asn Ile Leu
<210>253
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>253
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Gly Ser
1 5 10 15
Thr Ile Met
<210>254
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>254
Ser Asn Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Ser
1 5 10 15
Ala Ile Leu
<210>255
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>255
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Ser
1 5 10 15
Thr Ile Leu
<210>256
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>256
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Ser
1 5 10 15
Ala Ile Leu
<210>257
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>257
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Asn
1 5 10 15
Thr Ile Leu
<210>258
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>258
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Ser
1 5 10 15
Asn Ile Leu
<210>259
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>259
Ser His Lys Ala Lys Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Ser
1 5 10 15
Ala Ile Leu
<210>260
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>260
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ser His Ser
1 5 10 15
Asn Ile Met
<210>261
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>261
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Ser
1 5 10 15
Thr Ile Leu
<210>262
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>262
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Ser
1 5 10 15
Thr Ile Met
<210>263
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>263
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Thr Ser
1 5 10 15
Thr Asn Ile Leu
20
<210>264
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>264
Gly His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Asn
1 5 10 15
Ala Asn Ile Met
20
<210>265
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>265
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Ser
1 5 10 15
Asn Ile Met
<210>266
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>266
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Gly Asn
1 5 10 15
Ser Asn Ile Met
20
<210>267
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>267
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Asn
1 5 10 15
Met Asn Ile Met
20
<210>268
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>268
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Ser Lys
1 5 10 15
Val Asn Ile Thr
20
<210>269
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>269
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Asn
1 5 10 15
Thr Ser Val Met
20
<210>270
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>270
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Tyr
1 5 10 15
Asn Ile Met
<210>271
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>271
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Ser
1 5 10 15
Ala Ser Ile Met
20
<210>272
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>272
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Asn
1 5 10 15
Ile Asn Ile Leu
20
<210>273
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>273
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Ser
1 5 10 15
Gly Asn Ile Met
20
<210>274
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>274
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Gly Asn
1 5 10 15
Thr Asn Ile Met
20
<210>275
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>275
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Asn
1 5 10 15
Ala Asn Ile Met
20
<210>276
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>276
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr His Thr
1 5 10 15
Asn Ile Met
<210>277
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>277
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Ser
1 5 10 15
Gly Asn Ile Met
20
<210>278
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>278
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Asn
1 5 10 15
Leu Asn Ile Met
20
<210>279
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>279
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Ser
1 5 10 15
Val Asn Ile Leu
20
<210>280
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>280
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Ser
1 5 10 15
Ala Ser Ala Ala Ile Met
20
<210>281
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>281
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Ser Val Thr Thr Ala Met
20
<210>282
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>282
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Gly
1 5 10 15
Ser Ala Thr Ala Val Met
20
<210>283
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>283
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Ala Ala Val Met
20
<210>284
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>284
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Ser
1 5 10 15
Ser Ala Ala Ala Ile Met
20
<210>285
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>285
Gln His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Ser
1 5 10 15
Asn Ser Ala Ala Ile Met
20
<210>286
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>286
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Thr
1 5 10 15
Thr Asn Ala Ala Ile Met
20
<210>287
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>287
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Leu Asn Gly Ala Ala Met
20
<210>288
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>288
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Ala Asn Thr Ala Ile Met
20
<210>289
<211>20
<212>PRT
<213>工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>289
Gly His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Lys Ala Thr Ser
1 5 10 15
Thr Ala Ile Met
20
<210>290
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>290
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Thr Ala Ile Met
20
<210>291
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>291
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Ala Thr Ile Leu
20
<210>292
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>292
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Ala Thr Ile Met
20
<210>293
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>293
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Thr Ala Ala Ala Ile Met
20
<210>294
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>294
Gly His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Thr
1 5 10 15
Thr Ile Met
<210>295
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>295
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Ala Ala Ile Met
20
<210>296
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>296
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Thr Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Ala Ala Ile Met
20
<210>297
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>297
Gly His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Lys Ala Thr Ser
1 5 10 15
Thr Ala Ile Met
20
<210>298
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>298
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Lys Ala Thr Gly
1 5 10 15
Ala Ala Ile Met
20
<210>299
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>299
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Ser Gly
1 5 10 15
Ala Ala Ala Ala Ile Met
20
<210>300
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>300
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Gly
1 5 10 15
Ala Thr Ile Met
20
<210>301
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>301
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Ser Gly
1 5 10 15
Ala Thr Ile Met
20
<210>302
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>302
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Gly
1 5 10 15
Ala Ala Ala Ala Ile Met
20
<210>303
<211>23
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>303
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Ser Gly
1 5 10 15
Ala Ala Ala Ala Ala Ile Met
20
<210>304
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>304
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ala Ser Ala Ala Ile Met
20
<210>305
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>305
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ala Asn Ala Ala Ile Met
20
<210>306
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>306
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Thr Asn Thr Ala Ile Met
20
<210>307
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>307
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Thr Asn Ile Met
20
<210>308
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>308
Gly His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Thr Thr Ile Met
20
<210>309
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>309
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Val Met
20
<210>310
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>310
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Pro Val Val Met
20
<210>311
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>311
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Thr
1 5 10 15
Ala Ile Met
<210>312
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>312
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Met Thr Asn
1 5 10 15
Thr Thr Val Met
20
<210>313
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>313
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Ser
1 5 10 15
Pro Asn Ile Met
20
<210>314
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>314
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln His
1 5 10 15
Ala Asn Ile Met
20
<210>315
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>315
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val His His
1 5 10 15
Thr Asn Ile Met
20
<210>316
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>316
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser His Val Gln Gln
1 5 10 15
Ala Asn Val Met
20
<210>317
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>317
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser His Ala Gln His
1 5 10 15
Ala Ser Ile Met
20
<210>318
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>318
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Gln His
1 5 10 15
Ala Ser Ile Met
20
<210>319
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>319
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Gln His
1 5 10 15
Thr Asn Ile Met
20
<210>320
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>320
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser His Ala Gln His
1 5 10 15
Ala Asn Ile Met
20
<210>321
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>321
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Gln His
1 5 10 15
Ala Asn Ile Met
20
<210>322
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>322
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser His Val Gln Gln
1 5 10 15
Ala Asn Ile Met
20
<210>323
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>323
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser His Ala Gln Gln
1 5 10 15
Ala Asn Ile Met
20
<210>324
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>324
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Gln His
1 5 10 15
Val Asp Ile Leu
20
<210>325
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>325
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Asn Ala Gln His
1 5 10 15
Ala Asn Ile Met
20
<210>326
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>326
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser His Ala Gln His
1 5 10 15
Ala Thr Ile Met
20
<210>327
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>327
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Gln
1 5 10 15
Ala Gly Val Met
20
<210>328
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>328
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Gln
1 5 10 15
Ala Gly Val Met
20
<210>329
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>329
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Gln Gln
1 5 10 15
Ser Asn Ile Met
20
<210>330
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>330
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Gln Gln
1 5 10 15
Pro Asn Ile Met
20
<210>331
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>331
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Gln
1 5 10 15
Pro Asn Ile Met
20
<210>332
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>332
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Gln Gln
1 5 10 15
Ser Asn Ile Met
20
<210>333
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>333
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Ser Asn
1 5 10 15
Ala Ala Ala Ala Ile Met
20
<210>334
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>334
Ala His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Ser Asn
1 5 10 15
Ala Ala Ala Ala Ile Met
20
<210>335
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>335
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Ser Ser
1 5 10 15
Ala Ala Ala Ala Ile Met
20
<210>336
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>336
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Ala Thr Ala Met
20
<210>337
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>337
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Gly
1 5 10 15
Ser Pro Ala Val Met
20
<210>338
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>338
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Lys
1 5 10 15
Ala Thr Ala Val Met
20
<210>339
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>339
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Ser Val
1 5 10 15
Gly Ala Ile Met
20
<210>340
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>340
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Ser Gly
1 5 10 15
Thr Leu Thr Ala Ile Met
20
<210>341
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>341
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Ser Gly
1 5 10 15
Ala Thr Ala Ala Ile Met
20
<210>342
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>342
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Ser Gly
1 5 10 15
Ala Thr Ala Ala Ile Met
20
<210>343
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>343
Ser His Lys Ala Lys Met Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Ser
1 5 10 15
Ala Ile Leu
<210>344
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>344
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Asn
1 5 10 15
Thr Ile Leu
<210>345
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>345
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Gly
1 5 10 15
Thr Ile Leu
<210>346
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>346
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Asn
1 5 10 15
Ala Ile Leu
<210>347
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>347
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr His Gly
1 5 10 15
Thr Ile Leu
<210>348
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>348
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Ser
1 5 10 15
Ala Ile Met
<210>349
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>349
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Asn
1 5 10 15
Thr Ile Met
<210>350
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>350
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Asn
1 5 10 15
Thr Met Met
<210>351
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>351
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Asn
1 5 10 15
Ala Ile Met
<210>352
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>352
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Gln Asn
1 5 10 15
Thr Asn Ile Leu
20
<210>353
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>353
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Asn
1 5 10 15
Thr Asn Ile Leu
20
<210>354
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>354
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Gly
1 5 10 15
Gly Asn Thr Ile Met
20
<210>355
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>355
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Lys
1 5 10 15
Gly Asn Ala Ile Met
20
<210>356
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>356
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Ser
1 5 10 15
Gly Asn Ala Ile Met
20
<210>357
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>357
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Gln
1 5 10 15
Thr Asn Ile Met
20
<210>358
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>358
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Met Gln His
1 5 10 15
Thr Asn Ile Met
20
<210>359
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>359
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Gln
1 5 10 15
Thr Asn Val Met
20
<210>360
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>360
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Arg Gln
1 5 10 15
Thr Asn Val Met
20
<210>361
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>361
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Thr Ala Val Met
20
<210>362
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>362
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Thr Thr Val Met
20
<210>363
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>363
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Ser
1 5 10 15
Thr Ala Val Leu
20
<210>364
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>364
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Pro Thr Val Met
20
<210>365
<211>23
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>365
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Ser Ser
1 5 10 15
Ala Ala Ala Ala Ala Ile Met
20
<210>366
<211>23
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>366
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Ser Gly
1 5 10 15
Ala Val Thr Ala Ala Ile Met
20
<210>367
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>367
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Ser Gly
1 5 10 15
Ala Thr Ile Met
20
<210>368
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>368
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Leu Ala Ser Gly
1 5 10 15
Ala Thr Ile Met
20
<210>369
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>369
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Leu Ala Ser Gly
1 5 10 15
Ala Thr Val Met
20
<210>370
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>370
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Ser Gly
1 5 10 15
Ala Thr Val Met
20
<210>371
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>371
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Leu Ala Ser Gly
1 5 10 15
Ala Thr Ile Met
20
<210>372
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>372
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Lys Ala Gln Gln
1 5 10 15
Ala Asn Ile Met
20
<210>373
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>373
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Gln His
1 5 10 15
Ala Asn Val Met
20
<210>374
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>374
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser His Val Gln Gln
1 5 10 15
Thr Asn Val Met
20
<210>375
<211>23
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>375
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Asn
1 5 10 15
Thr Asn Ser Asn Ile Met Met
20
<210>376
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>376
Ser His Lys Ala Lys Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln His
1 5 10 15
Ala Gly Ile Met
20
<210>377
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>377
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Pro Ala Asn Ile Leu
20
<210>378
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>378
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Asn Ala Gln His
1 5 10 15
Ala Asn Ile Met Met
20
<210>379
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>379
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Pro Thr Ile Met
20
<210>380
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>380
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Asn Ala Ala Thr Ile Met
20
<210>381
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>381
Gly His Lys Ala Arg Ile Leu A1a Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Thr Ile Met
20
<210>382
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>382
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Ser
1 5 10 15
Ser Ala Thr Ile Ile
20
<210>383
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>383
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Pro Ala Thr Ile Leu
20
<210>384
<211>23
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>384
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Asn Ser Ala Thr I1e Met
20
<210>385
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>385
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Gln Asn
1 5 10 15
Thr Ile Met
<210>386
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>386
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Gln Gln
1 5 10 15
Thr Ser Ile Met
20
<210>387
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>387
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Ser
1 5 10 15
Pro Asn Ile Leu
20
<210>388
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>388
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val His Ser
1 5 10 15
Pro Asn Ile Met
20
<210>389
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>389
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Gly Gln Val Gln Gln
1 5 10 15
Ala Asn Ile Met
20
<210>390
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>390
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Asn
1 5 10 15
Ser Ile Leu
<210>391
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>391
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Lys
1 5 10 15
Thr Ser Ile Met
20
<210>392
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>392
Gly His Lys Ala Lys Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Asn Asn
1 5 10 15
Ala Asn Ile Leu
20
<210>393
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>393
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Ala
1 5 10 15
Asn Thr Ala Ile Met
20
<210>394
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>394
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Ser Gly
1 5 10 15
Ala Asn Thr Thr Ile Met
20
<210>395
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>395
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Asn
1 5 10 15
Thr Val Met
<210>396
<211>23
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>396
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Asn Ile Asn Ala Ala Ile Met
20
<210>397
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>397
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln His
1 5 10 15
Thr Asn Val Met
20
<210>398
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>398
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Thr Asn Ala Ala Ile Met
20
<210>399
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<220>
<221>MISC_FEATURE
<222>(6)..(6)
<223>Xaa可为任何氨基酸
<400>399
Ser His Lys Ala Arg Xaa Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Ser
1 5 10 15
Ala Ser Ala Ala Ile Met
20
<210>400
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>400
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Gly
1 5 10 15
Ala Ser Ala Ala Ile Met
20
<210>401
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>401
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Gln
1 5 10 15
Asn Thr Asn Ile Met
20
<210>402
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>402
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Asn
1 5 10 15
Val Ser Val Met
20
<210>403
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>403
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Ser Thr Ala Ala Ile Met
20
<210>404
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>404
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val His Gln
1 5 10 15
Thr Asn Ile Met
20
<210>405
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>405
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Arg Ala Thr Gly
1 5 10 15
Thr Ser Ala Ala Ile Met
20
<210>406
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>406
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val His Asn
1 5 10 15
Thr Ser Ile Met
20
<210>407
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>407
Ala Ile Lys Pro Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Asn
1 5 10 15
Thr Asn Ile Met
20
<210>408
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>408
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Ser Ser
1 5 10 15
Thr Ala Ala Ala Ile Met
20
<210>409
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>409
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Thr Asn
1 5 10 15
Ala His Ile Met
20
<210>410
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>410
Ala His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Asn
1 5 10 15
Ala Ser Pro Asn Ile Met
20
<210>411
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>411
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Asn
1 5 10 15
Ala Ser Pro Asn Ile Met
20
<210>412
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>412
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Gln Asn
1 5 10 15
Ala Asn Pro Asn Ile Met
20
<210>413
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>413
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Ser Gly
1 5 10 15
Ala Ala Ala Ala Ile Met
20
<210>414
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>414
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Ser
1 5 10 15
Thr Ile Leu
<210>415
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>415
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Lys
1 5 10 15
Thr Ile Leu
<210>416
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>416
Ser Leu Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Asn Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Pro Ala Ala Ile Leu
20
<210>417
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>417
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Thr
1 5 10 15
Asn Ser Ala Thr Ile Met
20
<210>418
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>418
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Pro Ala Thr Ile Leu
20
<210>419
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>419
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Lys
1 5 10 15
Ser Ala Thr Ile Met
20
<210>420
<211>23
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>420
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr AGn
1 5 10 15
Ser Ala Ser Ala Ala Ile Met
20
<210>421
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>421
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Thr Val Met
20
<210>422
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>422
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Ser
1 5 10 15
Thr Ile Leu
<210>423
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>423
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Asn Ser
1 5 10 15
Thr Ile Leu
<210>424
<211>19
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>424
Ser Leu Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Thr Asn Ser
1 5 10 15
Ala Ile Leu
<210>425
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>425
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asp
1 5 10 15
Ser Ala Lys Val Met
20
<210>426
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>426
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Ala Thr Met Met
20
<210>427
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>427
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Gly
1 5 10 15
Ala Ala Val Met
20
<210>428
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<220>
<221>MISC_FEATURE
<222>(18)..(18)
<223>Xaa可为任何氨基酸
<400>428
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Ser
1 5 10 15
Thr Xaa Val Leu
20
<210>429
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>429
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Ser
1 5 10 15
Thr Ala Val Leu
20
<210>430
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>430
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Leu Thr Ser
1 5 10 15
Thr Asn Val Met
20
<210>431
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>431
Ser His Lys Ala Arg Ile Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Thr Thr Val Met
20
<210>432
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>432
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser His Val Thr Asn
1 5 10 15
Thr Thr Val Met
20
<210>433
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>433
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Asn
1 5 10 15
Ser Gly Thr Ile Met
20
<210>434
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>434
Gly His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Thr Gly
1 5 10 15
Ser Ala Thr Val Met
20
<210>435
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>435
Ser His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Thr Asn Ile Leu
20
<210>436
<211>20
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>436
Ala His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Ala Thr Asn
1 5 10 15
Thr Ala Ile Met
20
<210>437
<211>21
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>437
Ala His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ala Gln Ala Gln Thr
1 5 10 15
Ala Thr Ser Val Phe
20
<210>438
<211>22
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>438
Ala His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln Val Gln Gln
1 5 10 15
Pro Thr Thr Ser Val Phe
20
<210>439
<211>26
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>439
Thr His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ala Thr Ala Gln Gln
1 5 10 15
Asp Leu Lys Gly Gly Tyr Thr Ala Val Phe
20 25
<210>440
<211>26
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>440
Thr His Lys Ala Lys Ile Leu Ala Glu Ala Met Ala Ser Ala Gln Gln
1 5 10 15
Asp Leu Lys Gly Gly Tyr Thr Ala Val Phe
20 25
<210>441
<211>26
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>441
Thr His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ala Ser Ala Gln Gln
1 5 10 15
Asp Leu Lys Gly Gly Tyr Thr Ser Val Phe
20 25
<210>442
<211>25
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>442
Thr His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ala Ala Ala Gln Asp
1 5 10 15
Leu Lys Gly Gly Tyr Thr Ala Val Phe
20 25
<210>443
<211>25
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>HIV-1的CA-SP1
<400>443
Thr His Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Ala Ala Gln Asp
1 5 10 15
Leu Lys Gly Gly Tyr Ser Ala Val Phe
20 25
Claims (149)
1.治疗患者HIV-1感染的方法，包括给药抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤的化合物。
2.权利要求1的方法，其中所述方法不显著降低所述患者的感染细胞释放的病毒粒体量。
3.权利要求1的方法，其中所述方法对所述患者细胞释放的病毒粒体中的RNA掺入量没有显著影响。
4.权利要求1的方法，其中所述化合物抑制所述患者的细胞释放的病毒粒体的成熟。
5.权利要求1的方法，其中所述患者细胞释放的大部分病毒粒体相对于野生型病毒粒体呈现改变了的表型，其中所述表型选自：
(a)具有相对于病毒颗粒而言非中心的球形电子致密核心的病毒粒体；
(b)具有恰位于病毒膜内的新月形电子致密层的病毒粒体；
(c)具有降低的感染性或无感染性的病毒粒体；和
(d)(a)至(c)任一的组合。
6.治疗患者HIV-1感染的方法，包括给药抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)的化合物，其中所述化合物结合由具有与选自以下的序列至少约70％相同的序列的多核苷酸编码的多肽：
(a)SEQ ID NO：18的约核苷酸1243-1435；
(b)SEQ ID NO：19的约核苷酸1729-1920；
(c)SEQ ID NO：18的约核苷酸1344-1435；
(d)SEQ ID NO：19的约核苷酸1828-1920；
(e)SEQ ID NO：18的约核苷酸1370-1413；
(f)SEQ ID NO：19的约核苷酸1857-1899；
(g)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1419；
(h)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1905；
(i)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1434；和
(j)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1920。
7.权利要求6的方法，其中所述多核苷酸具有选自以下的序列：
(a)SEQ ID NO：18的约核苷酸1243-1435；
(b)SEQ ID NO：19的约核苷酸1729-1920；
(c)SEQ ID NO：18的约核苷酸1344-1435；
(d)SEQ ID NO：19的约核苷酸1828-1920；
(e)SEQ ID NO：18的约核苷酸1370-1413；
(f)SEQ ID NO：19的约核苷酸1857-1899；
(g)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1419；
(h)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1905；
(i)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1434；和
(j)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1920。
8.治疗患者HIV-1感染的方法，包括给药抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)的化合物，其中所述化合物可结合具有与选自以下的序列至少约70％相同的序列的多肽：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTE3TLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM；(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119)。
9.权利要求8的方法，其中所述多肽具有选自以下的序列：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM；(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119)。
10.治疗患者HIV-1感染的方法，包括给药抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)的化合物，其中所述化合物可结合具有选自SEQ ID NO：121至443任一序列的多肽。
11.权利要求1-10任一项的方法，其中所述患者的HIV-1感染包括不响应其他HIV-1治疗的HIV-1的感染。
12.权利要求1-10任一项的方法，其中具有所述HIV-1感染的所述患者不另外响应其他HIV-1治疗。
13.权利要求1-10任一项的方法，进一步包括将另外的化合物给药于所述患者，该另外的化合物是免疫调节剂、抗癌剂、抗细菌剂、抗真菌剂、抗病毒剂或其组合。
14.权利要求1-10任一项的方法，其中对所述患者给药所述化合物联合至少一种其他的抗病毒剂。
15.权利要求14的方法，其中所述的其他抗病毒剂选自：齐多夫定；拉米夫定；去羟肌苷；扎西他宾；司他夫定；阿巴卡韦；奈韦拉平；地拉韦定；恩曲他宾；依法韦伦；沙喹那韦；利托那韦；茚地那韦；奈非那韦；安普那韦；替诺福韦；阿德福韦；atazanavir；福沙那韦；羟基脲；AL-721；聚肌胞；丁基化羟基甲苯；聚甘露乙酸酯；澳栗精胺；contracan；creme pharmatex；CS-87；喷昔洛韦；泛昔洛韦；阿昔洛韦；cytofovir；更昔洛韦；硫酸葡聚糖；D-青霉胺膦酰甲酸三钠；梭链孢酸；HPA-23；-二氟甲基鸟氨酸；壬苯醇醚；戊烷脒羟乙基磺酸盐；肽T；苯妥英；异烟肼；病毒唑；利福布丁；安莎霉素；三甲曲沙；SK-818；苏拉明；UA001；enfuvirtide；gp41-衍生的肽；CD4抗体；可溶性CD-4；含有CD4的分子；CD4-IgG2；及其组合。
16.抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)的方法，包括给药抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤的化合物。
17.抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)的方法，包括给药可结合由具有与选自以下的序列至少约70％相同的序列的多核苷酸编码的多肽的化合物：
(a)SEQ ID NO：18的约核苷酸1243-1435；
(b)SEQ ID NO：19的约核苷酸1729-1920；
(c)SEQ ID NO：18的约核苷酸1344-1435；
(d)SEQ ID NO：19的约核苷酸1828-1920；
(e)SEQ ID NO：18的约核苷酸1370-1413；
(f)SEQ ID NO：19的约核苷酸1857-1899；
(g)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1419；
(h)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1905；
(i)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1434；和
(j)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1920。
18.权利要求17的方法，其中所述多核苷酸具有选自以下的序列：
(a)SEQ ID NO：18的约核苷酸1243-1435；
(b)SEQ ID NO：19的约核苷酸1729-1920；
(c)SEQ ID NO：18的约核苷酸1344-1435；
(d)SEQ ID NO：19的约核苷酸1828-1920；
(e)SEQ ID NO：18的约核苷酸1370-1413；
(f)SEQ ID NO：19的约核苷酸1857-1899；
(g)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1419；
(h)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1905；
(i)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1434；和
(j)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1920。
19.抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)的方法，包括给药可结合具有与选自以下的序列至少约70％相同的序列的多肽的化合物：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM；(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119)。
20.权利要求19的方法，其中所述多肽具有选自以下的序列：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM；(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119)。
21.抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)的方法，包括给药可结合具有选自SEQ ID NO：121至443任一序列的多肽的化合物。
22.处理人血液制品的方法，包括将所述的血液制品接触抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著影响其他Gag加工步骤的化合物。
23.权利要求22的方法，其中所述抑制不显著降低用所述化合物处理的感染细胞释放的病毒粒体量。
24.权利要求22的方法，其中所述抑制对引入用所述化合物处理的感染细胞释放的病毒粒体中的RNA量没有显著影响。
25.权利要求22的方法，其中所述化合物抑制用所述化合物处理的感染细胞释放的病毒粒体的成熟。
26.权利要求22的方法，其中处理的感染细胞释放的大部分病毒粒体相对于野生型病毒粒体呈现改变了的表型，其中所述表型选自：
(a)具有相对于病毒颗粒而言非中心的球形电子致密核心的病毒粒体；
(b)具有恰位于病毒膜内的新月形电子致密层的病毒粒体；
(c)具有降低的感染性或无感染性的病毒粒体；和
(d)(a)至(c)任一的组合
27.处理人血液制品的方法，包括将所述的血液制品接触抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)的化合物，其中所述化合物可结合由具有与选自以下的序列至少约70％相同的序列的多核苷酸编码的多肽：
(a)SEQ ID NO：1 8的约核苷酸1243-1435；
(b)SEQ ID NO：19的约核苷酸1729-1920；
(c)SEQ ID NO：18的约核苷酸1344-1435；
(d)SEQ ID NO：19的约核苷酸1828-1920；
(e)SEQ ID NO：18的约核苷酸1370-1413；
(f)SEQ ID NO：19的约核苷酸1857-1899；
(g)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1419；
(h)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1905；
(i)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1434；和
(j)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1920。
28.权利要求27的方法，其中所述多核苷酸具有选自以下的序列：
(a)SEQ ID NO：18的约核苷酸1243-1435；
(b)SEQ ID NO：19的约核苷酸1729-1920；
(c)SEQ ID NO：18的约核苷酸1344-1435；
(d)SEQ ID NO：19的约核苷酸1828-1920；
(e)SEQ ID NO：18的约核苷酸1370-1413；
(f)SEQ ID NO：19的约核苷酸1857-1899；
(g)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1419；
(h)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1905；
(i)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1434；和
(j)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1920。
29.处理人血液制品的方法，包括将所述的血液制品接触抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)的化合物，其中所述化合物可结合具有与选自以下的序列至少约70％相同的序列的多肽：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM；(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119)。
30.权利要求29的方法，其中所述多肽具有选自以下的序列：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM；(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119)。
31.处理人血液制品的方法，包括将所述的血液制品接触抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)的化合物，其中所述化合物可结合具有选自SEQ ID NO：121至443任一序列的多肽。
32.权利要求1至10，16至31任一项的方法，其中所述化合物抑制HIV蛋白酶与CA-SP1的相互作用。
33.权利要求32的方法，其中所述化合物直接抑制HIV蛋白酶与CA-SP1的相互作用。
34.权利要求32的方法，其中所述化合物间接抑制HIV蛋白酶与CA-SP1的目互作用。
35.权利要求1至10，16至31任一项的方法，其中所述化合物结合病毒Gag蛋白，使得HIV蛋白酶与CA-SP1的相互作用受到抑制。
36.权利要求1至10，16至31任一项的方法，其中所述化合物在病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)裂解成p24(CA)的切割位点处或附近结合。
37.权利要求1至10，16至31任一项的方法，其中所述化合物是二甲基琥珀酰桦木酸的衍生物或二甲基琥珀酰白桦脂醇的衍生物。
38.权利要求37的方法，其中所述化合物选自：3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸；3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)白桦脂醇；3-O-(3’，3’-二甲基戊二酰)白桦脂醇；3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)二氢桦木酸；3-O-(3’，3’-二甲基戊二酰)桦木酸；(3’，3’-二甲基戊二酰)二氢桦木酸；3-O-二乙醇酰-桦木酸；3-O-二乙醇酰-二氢桦木酸；及其组合。
39.权利要求1至10，16至31任一项的方法，其中所述化合物不是通式I至III的白桦脂醇或二氢白桦脂醇的衍生物或其药物学上可接受的盐：
其中，
R是C2-C20取代或未取代的羧基酰基，
R’是氢，C2-C20取代或未取代的烷基，或芳基；
R1是C2-C20取代或未取代的羧基酰基，
R2是氢，C(C6H5)3，或C2-C20取代或未取代的羧基酰基；和
R3是氢，卤素，氨基，可选取代的单-或双-烷基氨基，或-OR4，其中R4是氢，C1-4烷酰基，苯甲酰基，或C2-C20取代或未取代的羧基酰基；
其中虚线表示C20与C29之间可选的双键。
40.突变慢病毒，包括编码Gag的核酸序列中的突变，其使得所述突变慢病毒的复制对3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸(DSB)的敏感性较低。
41.权利要求40的突变慢病毒，其中所述病毒的Gag多肽不结合3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸。
42.权利要求40的突变慢病毒，其中所述突变进一步使得所述突变慢病毒对DSB抑制p25(CA-SP1)加工成p24(CA)的敏感性较低。
43.权利要求40的突变慢病毒，包括编码Gag p25蛋白(CA-SP1)的核苷酸序列中的突变。
44.权利要求43的突变慢病毒，其编码Gag多肽，其中从CA-SP1区域的氨基酸序列中删除或置换一个或多个氨基酸。
45.权利要求40的突变慢病毒，其中所述突变发生于编码与选自以下的序列至少约70％相同的氨基酸序列的核苷酸序列中：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM；(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119)。
46.权利要求40的突变慢病毒，其中所述突变发生于编码选自以下的氨基酸序列的核苷酸序列中：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM；(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119)。
47.权利要求40的突变慢病毒，其中所述突变发生于与选自以下的序列至少约70％相同的核苷酸序列中：
(a)SEQ ID NO：18的约核苷酸1243-1435；
(b)SEQ ID NO：19的约核苷酸1729-1920；
(c)SEQ ID NO：18的约核苷酸1344-1435；
(d)SEQ ID NO：19的约核苷酸1828-1920；
(e)SEQ ID NO：18的约核苷酸1370-1413；
(f)SEQ ID NO：19的约核苷酸1857-1899；
(g)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1419；
(h)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1905；
(i)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1434；和
(j)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1920。
48.权利要求40的突变慢病毒，其中所述突变发生于选自以下的核苷酸序列中：
(a)SEQ ID NO：18的约核苷酸1243-1435；
(b)SEQ ID NO：19的约核苷酸1729-1920；
(c)SEQ ID NO：18的约核苷酸1344-1435；
(d)SEQ ID NO：19的约核苷酸1828-1920；
(e)SEQ ID NO：18的约核苷酸1370-1413；
(f)SEQ ID NO：19的约核苷酸1857-1899；
(g)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1419；
(h)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1905；
(i)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1434；和
(j)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1920。
49.权利要求40的突变慢病毒，其中CA-SP1中的所述突变发生于编码选自以下的氨基酸的密码子中：
(a)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中的氨基酸1(甘氨酸)；
(b)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中的氨基酸2(组氨酸)；
(c)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中的氨基酸6(缬氨酸或异亮氨酸)；
(d)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中的氨基酸7(亮氨酸)；
(e)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中的氨基酸8(丙氨酸)；
(f)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中的氨基酸10(丙氨酸)；
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中的氨基酸11(甲硫氨酸)；
(h)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中的氨基酸12(丝氨酸)；
(i)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中的氨基酸13(谷氨酰胺)；
(j)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中的氨基酸14(缬氨酸)；
(k)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中的氨基酸15(苏氨酸)；
(l)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中的氨基酸16(天冬酰胺)；和
(m)HKARILAEAMSQVTNPATIMIQKGNFRNQRKTVKCFNCGKEGHIA(SEQ IDNO：120)中的氨基酸45(丙氨酸)。
50.权利要求40的突变慢病毒，其中CA-SP1序列中的所述突变导致选自以下的所编码的氨基酸的改变：
(a)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中的甘氨酸；
(b)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中氨基酸2处组氨酸至谷氨酰胺；
(c)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中氨基酸2处组氨酸至酪氨酸；
(d)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中氨基酸6处缬氨酸或异亮氨酸至亮氨酸；
(e)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中氨基酸7处亮氨酸至甲硫氨酸；
(f)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中氨基酸8处丙氨酸至缬氨酸；
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中氨基酸10处丙氨酸至缬氨酸；
(h)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中氨基酸11处甲硫氨酸至亮氨酸；
(i)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中氨基酸12处丝氨酸至赖氨酸；
(j)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中氨基酸13处谷氨酰胺至谷氨酸；
(k)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中氨基酸14处缬氨酸至丙氨酸；
(l)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中氨基酸15处苏氨酸至亮氨酸；
(m)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)或GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)中氨基酸16处天冬酰胺至丙氨酸；
(n)HKARILAEAMSQVTNPATIMIQKGNFRNQRKTVKCFNCGKEGHIA(SEQ IDNO：525)中氨基酸45处丙氨酸至苏氨酸。
51.权利要求40的突变慢病毒，其中所述突变发生于编码选自SEQID NO：121至443任一氨基酸序列的多核苷酸中。
52.权利要求40至51任一项的突变慢病毒，其是突变的HIV-1。
53.重组非HIV-1逆转录病毒，其复制受到3-0-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸(DSB)的抑制。
54.权利要求53的重组非HIV-1逆转录病毒，其中DSB抑制病毒Gag p25蛋白(CA-SP1)加工成p24(CA)但不显著抑制其它Gag加工步骤。
55.权利要求53的重组非HIV-1逆转录病毒，其中所述病毒的Gag多肽结合3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸。
56.权利要求53的重组非HIV-1逆转录病毒，其含有p25(CA-SP1)蛋白，该蛋白包括与以下的序列至少约70％相同的氨基酸序列：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM；(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119)。
57.权利要求56的重组非HIV-1逆转录病毒，其含有p25(CA-SP1)蛋白，该蛋白包括选自以下的氨基酸序列：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM；(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119)。
58.权利要求5 3的重组非HIV-1逆转录病毒，其包括编码CA-SP1的多核苷酸，后者与选自以下的序列至少约70％相同：
(a)SEQ ID NO：18的约核苷酸1243-143 5；
(b)SEQ ID NO：19的约核苷酸1729-1920；
(c)SEQ ID NO：18的约核苷酸1344-1435；
(d)SEQ ID NO：19的约核苷酸1828-1920；
(e)SEQ ID NO：18的约核苷酸1370-1413；
(f)SEQ ID NO：19的约核苷酸1857-1899；
(g)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1419；
(h)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1905；
(i)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1434；和
(j)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1920。
59.权利要求53的重组非HIV-1逆转录病毒，其包括编码CA-SP1的多核苷酸，后者具有选自以下的序列：
(a)SEQ ID NO：18的约核苷酸1243-1435；
(b)SEQ ID NO：19的约核苷酸1729-1920；
(c)SEQ ID NO：18的约核苷酸1344-1435；
(d)SEQ ID NO：19的约核苷酸1828-1920；
(e)SEQ ID NO：18的约核苷酸1370-1413；
(f)SEQ ID NO：19的约核苷酸1857-1899；
(g)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1419；
(h)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1905；
(i)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1434；和
(j)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1920。
60.权利要求53的重组非HIV-1逆转录病毒，其含有p25(CA-SP1)蛋白，该蛋白包括选自SEQ ID NO：121至443任一的氨基酸序列。
61.权利要求53的重组非HIV-1逆转录病毒，其具有与选自以下的序列至少约70％相同的核苷酸序列：
(a)SEQ ID NO：90；
(b)SEQ ID NO：92；
(c)SEQ ID NO：94；
(d)SEQ ID NO：96；和
(e)SEQ ID NO：98。
62.权利要求53的重组非HIV-1逆转录病毒，其具有选自以下的核苷酸序列：
(a)SEQ ID NO：90；
(b)SEQ ID NO：92；
(c)SEQ ID NO：94；
(d)SEQ ID NO：96；和
(e)SEQ ID NO：98。
63.权利要求53的重组非HIV-1逆转录病毒，其是由选自以下的病毒衍生的：HIV-2，HTLV-I，HTLV-II，SIV，禽类白血病病毒(ALV)，内源性禽类逆转录病毒(EAV)，小鼠乳房肿瘤病毒(MMTV)，猫免疫缺陷病毒(FIV)，牛免疫缺陷病毒(BIV)，山羊关节炎脑炎病毒(CAEV)，Visna-maedi病毒和猫白血病病毒(FeLV)。
64.权利要求63的重组非HIV-1逆转录病毒，其是由选自以下的病毒衍生的：
(a)SIV；
(b)FIV；
(c)EAIV；
(d)BIV；
(e)CAEV；和
(f)Visna-maedi病毒。
65.慢病毒感染的动物模型，包括用权利要求53的重组非HIV-1逆转录病毒感染的合适的非人动物宿主。
66.权利要求65的动物模型，其中所述非人动物宿主选自：
(a)猫；
(b)猴子；
(c)猿；
(d)马；
(e)绵羊；
(f)山羊；
(g)奶牛；
(h)小鼠；
(i)大鼠；和
(j)鸟。
67.制备对3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸(DSB)抑制敏感的重组非HIV-1慢病毒的方法，包括用编码DSB敏感性HIV-1病毒的CA-SP1的序列替换编码对DSB不敏感的非HIV-1慢病毒的CA-SP1的多核苷酸序列。
68.权利要求67的方法，其中所述重组非HIV-1慢病毒中编码CA-SP1的多核苷酸序列包括与选自以下的序列至少约70％相同的序列：
(a)SEQ ID NO：18的约核苷酸1243-1435；
(b)SEQ ID NO：19的约核苷酸1729-1920；
(c)SEQ ID NO：18的约核苷酸1344-1435；
(d)SEQ ID NO：19的约核苷酸1828-1920；
(e)SEQ ID NO：18的约核苷酸1370-1413；
(f)SEQ ID NO：19的约核苷酸1857-1899；
(g)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1419；
(h)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1905；
(i)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1434；和
(j)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1920。
69.权利要求68的方法，其中所述重组非HIV-1慢病毒中编码CA-SP1的多核苷酸序列包括选自以下的序：
(a)SEQ ID NO：18的约核苷酸1243-1435；
(b)SEQ ID NO：19的约核苷酸1729-1920；
(c)SEQ ID NO：18的约核苷酸1344-1435；
(d)SEQ ID NO：19的约核苷酸1828-1920；
(e)SEQ ID NO：18的约核苷酸1370-1413；
(f)SEQ ID NO：19的约核苷酸1857-1899；
(g)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1419；
(h)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1905；
(i)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1434；和
(j)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1920。
70.权利要求67的方法，其中所述重组DSB-敏感性非HIV-1慢病毒的CA-SP1蛋白包括与选自以下的序列至少约70％相同的氨基酸序列：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM；(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119)。
71.权利要求67的方法，其中所述DSB-敏感性重组非HIV-1慢病毒的CA-SP1蛋白包括选自以下的氨基酸序列：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM；(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119)。
72.权利要求67的方法，其中所述重组DSB-敏感性非HIV-1慢病毒的CA-SP1蛋白具有选自SEQ ID NO：121至443任一的氨基酸序列。
73.权利要求67的方法，包括：
(a)从所述慢病毒基因组中删除对应于SEQ ID NO：18的核苷酸1370-1413的核苷酸；和
(b)将SEQ ID NO：18的核苷酸1370-1413或SEQ ID NO：19的核苷酸1857-1899插入所述非HIV-1慢病毒的所述区域中。
74.通过权利要求67至73任一项的方法产生的重组非HIV-1慢病毒。
75.在Gag的CA-SP1切割位点处或附近选择性结合的抗体。
76.权利要求75的抗体，其结合与选自以下的序列至少约70％相同的氨基酸序列：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM；(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119)。
77.权利要求75的抗体，其结合选自以下的氨基酸序列：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM；(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119)。
78.权利要求75的抗体，其结合选自SEQ ID NO：121至443任一的氨基酸序列。
79.权利要求75的抗体，其选择性地结合含有HIV CA-SP1多肽突变的多肽，该突变导致3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸对p25(CA-SP1)加工成p24(CA)的抑制降低。
80.权利要求79的抗体，其中所述突变位于或接近CA-SP1切割位点或在CA-SP1的SP1结构域中。
81.权利要求79的抗体，其中所述多肽选自：
(a)GHKARVLVEAMSQV(SEQ ID NO：2)；
(b)SHKARILAEVMSQV(SEQ ID NO：3)；
(c)SQKARILAEAMSQVTN；
(d)GQKARVLAEAMSQVTN；
(e)SYKARILAEAMSQVTN；
(f)GYKARVLAEAMSQVTN；
(g)SHKARLLAEAMSQVTN；
(h)GHKARLLAEAMSQVTN；
(i)SHKARIMAEAMSQVTN；
(j)GHKARVMAEAMSQVTN；
(k)SHKARILAEVMSQVTN；
(l)GHKARVLAEVMSQVTN；
(m)SHKARILVEAMSQVTN；
(n)GHKARVLVEAMSQVTN；
(o)SHKARILAEALSQVTN；
(p)GHKARVLAEALSQVTN；
(q)SHKARILAEAMLQVTN；
(r)GHKARVLAEAMLQVTN；
(s)SHKARILAEAMSEVTN；
(t)GHKARVLAEAMSEVTN；
(u)SHKARILAEAMSQATN；
(v)GHKARVLAEAMSQATN；
(w)SHKARILAEAMSQVLN；
(x)GHKARVLAEAMSQVLN；
(y)SHKARILAEAMSQVTA；
(z)GHKARVLAEAMSQVTA；和
(aa)HKARILAEAMSQVTNPATIMIQKGNFRNQRKTVKCFNCGKEGHIT。
82.权利要求79的抗体，其选择性地结合选自SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3的氨基酸序列。
83.权利要求75的抗体，其选自：
(a)选择性结合SP1但不结合CA-SP1的抗体；
(b)选择性结合CA-SP1但不结合CA的抗体；和
(c)选择性结合CA但不结合CA-SP1的抗体。
84.权利要求75的抗体，其抑制3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸与Gag的结合。
85.分离的CA-SP1多肽，其与选自以下的序列至少约70％相同：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM；(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119)。
86.权利要求85的分离的CA-SP1多肽，其与选自以下的序列相同：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTIKALGPAAEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVINPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM；(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119)。
87.分离的CA-SP1多肽，其由与选自以下的序列至少约70％相同的多核苷酸序列编码：
(a)SEQ ID NO：18的约核苷酸1243-1435；
(b)SEQ ID NO：19的约核苷酸1729-1920；
(c)SEQ ID NO：18的约核苷酸1344-1435；
(d)SEQ ID NO：19的约核苷酸1828-1920；
(e)SEQ ID NO：18的约核苷酸1370-1413；
(f)SEQ ID NO：19的约核苷酸1857-1899；
(g)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1419；
(h)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1905；
(i)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1434；和
(j)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1920。
88.权利要求87的分离的CA-SP1多肽，其由选自以下的多核苷酸序列编码：
(a)SEQ ID NO：18的约核苷酸1243-1435；
(b)SEQ ID NO：19的约核苷酸1729-1920；
(c)SEQ ID NO：18的约核苷酸1344-1435；
(d)SEQ ID NO：19的约核苷酸1828-1920；
(e)SEQ ID NO：18的约核苷酸1370-1413；
(f)SEQ ID NO：19的约核苷酸1857-1899；
(g)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1419；
(h)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1905；
(i)SEQ ID NO：18的约核苷酸1372-1434；和
(j)SEQ ID NO：19的约核苷酸1858-1920。
89.来自HIV-1的CA-SP1区域的分离的多肽，其由选自SEQ ID NO：121至443任一的氨基酸序列组成。
90.来自HIV CA-SP1多肽的分离的多肽，其含有导致3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸对p25加工的抑制降低的突变。
91.权利要求90的分离的多肽，其中所述突变位于CA-SP1切割位点中或SP1结构域中。
92.权利要求90的分离的多肽，其由选自SEQ ID NO：4，SEQ IDNO：6，SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：9的多核苷酸编码。
93.权利要求90的分离的多肽，其含有导致3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸对p25加工的抑制降低的突变；其中所述突变发生于编码选自以下的多肽的核酸序列中：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM；(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119)。
94.权利要求90的分离的多肽，其选自：
(a)GHKARVLVEAMSQV(SEQ ID NO：2)；
(b)SHKARILAEVMSQV(SEQ ID NO：3)；
(c)SQKARILAEAMSQVTN；
(d)GQKARVLAEAMSQVTN；
(e)SYKARILAEAMSQVTN；
(f)GYKARVLAEAMSQVTN；
(g)SHKARLLAEAMSQVTN；
(h)GHKARLLAEAMSQVTN；
(i)SHKARIMAEAMSQVTN；
(j)GHKARVMAEAMSQVTN；
(k)SHKARILAEVMSQVTN；
(l)GHKARVLAEVMSQVTN；
(m)SHKARILVEAMSQVTN；
(n)GHKARVLVEAMSQVTN；
(o)SHKARILAEALSQVTN；
(p)GHKARVLAEALSQVTN；
(q)SHKARILAEAMLQVTN；
(r)GHKARVLAEAMLQVTN；
(s)SHKARILAEAMSEVTN；
(t)GHKARVLAEAMSEVTN；
(u)SHKARILAEAMSQATN；
(v)GHKARVLAEAMSQATN；
(w)SHKARILAEAMSQVLN；
(x)GHKARVLAEAMSQVLN；
(y)SHKARILAEAMSQVTA；
(z)GHKARVLAEAMSQVTA；和
(aa)HKARILAEAMSQVTNPATIMIQKGNFRNQRKTVKCFNCGKEGHTT。
95.权利要求90的分离的多肽，其由分离的多核苷酸编码，该分离的多核苷酸在严谨条件下与选自SEQ ID NO：5，SEQ ID NO：7和10的多核苷酸杂交。
96.权利要求90的分离的多肽，其是嵌合或融合蛋白的一部分。
97.分离的多核苷酸，其编码含有HIV Gag p25蛋白(CA SP1)突变的氨基酸序列，所述突变导致3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸对p25(CA-SP1)加工成p24(CA)的抑制降低。
98.权利要求97的分离的多核苷酸，其中所述对p25加工抑制的降低是由于对HIV-1蛋白酶与Gag相互作用抑制的降低。
99权利要求97的分离的多核苷酸，其中所述对p25加工抑制的降低是由于3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸与Gag结合的降低。
100.权利要求97的分离的多核苷酸，其中所述对p25加工抑制的降低是由于DSB在Gag的CA-SP1切割位点处或附近的结合降低。
101.权利要求97的分离的多核苷酸，其中所述突变位于或接近CA-SP1切割位点或在CA-SP1的SP1结构域中。
102.权利要求97的分离的多核苷酸，其中所述突变位于或接近编码选自以下的氨基酸序列的多核苷酸：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM；(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119)。
103.权利要求97的分离的多核苷酸，选自SEQ ID NO：4，SEQ IDNO：6，SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：9。
104.权利要求97的分离的多核苷酸，与选自SEQ ID NO：4和SEQID NO：6的多核苷酸具有至少约95％的同一性。
105.权利要求97的分离的多核苷酸，与选自SEQ ID NO；8和SEQID NO：9的多核苷酸具有至少约80％的同一性。
106.权利要求97的分离的多核苷酸，与选自SEQ ID NO：5和SEQID NO：7的多核苷酸具有至少约95％的同一性。
107.权利要求97的分离的多核苷酸，与SEQ ID NO：10的多核苷酸具有至少约80％的同一性。
108.含有权利要求97的分离的多核苷酸的载体。
109.含有权利要求108的载体的宿主细胞。
110.生产多肽的方法，包括在培养基中培育权利要求109的宿主细胞并从所述培养基中回收该多肽。
111.鉴定抑制动物细胞中HIV-1复制的化合物的方法，包括：
(a)将含有CA-SP1切割位点的多肽接触测试化合物；
(b)加入在CA-SP1切割位点处或附近选择性结合的经标记物质；和
(c)测量所述经标记物质与所述多肽的结合。
112.权利要求111的方法，其中所述化合物在CA-SP1切割位点处或附近结合。
113.权利要求111的方法，其中所述化合物抑制HIV-1蛋白酶与CA-SP1切割位点的相互作用。
114.权利要求111的方法，其中含有CA-SP1切割位点的所述多肽是多肽片段或重组肽。
115.权利要求111的方法，其中所述经标记物质是经标记的CA-SP1特异性抗体；和其中所述测量包括测量与对照相比较在所述测试化合物存在下结合蛋白的标记抗体量的改变。
116.权利要求111的方法，其中经标记物质是3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸，且其中该方法包括测量与对照相比较在测试化合物存在下结合蛋白的标记3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸量的改变。
117.权利要求111的方法，其中所述经标记物质上的标记是酶，荧光物质，化学发光物质，辣根过氧化物酶，碱性磷酸酶，生物素，抗生物素蛋白，电子致密物质，放射性同位素，或其组合。
118.鉴定抑制动物细胞中HIV-1复制的测试化合物的方法，包括：
(a)在测试化合物存在下将含有CA-SP1切割位点的多肽接触蛋白酶；和
(b)检测蛋白酶与所述多肽的相互作用。
119.权利要求118的方法，其中所述蛋白酶基本上由HIV-1蛋白酶组成。
120.权利要求118的方法，其中用两个荧光部分来标记所述的多肽，这两个荧光部分各自结合CA-SP1切割位点的相对侧，且其中所述检测包括测量在测试化合物存在下荧光能量从一个部分至另一个部分的转移。
121.权利要求118的方法，其中通过测量SP1，p24(CA)或CA-SP1(p25)中至少一个的抗体的结合来检测测试化合物对所述多肽的裂解的作用。
122.权利要求121的方法，其中所述标记的抗体是用选自酶，荧光物质，化学发光物质，辣根过氧化物酶，碱性磷酸酶，生物素，抗生物素蛋白，电子致密物质，放射性同位素及其组合的分子来标记的。
123.权利要求118的方法，包括：
(a)在所述测试化合物的存在下将含有HIV-1野生型CA-SP1切割位点的第一个多肽接触HIV-1蛋白酶；
(b)在所述测试化合物的存在下将含有突变CA-SP1切割位点或另一可供选择的蛋白酶切割位点的第二个多肽接触HIV-1蛋白酶；其中所述突变切割位点或可供选择的蛋白酶切割位点的裂解实质上不受3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸的抑制；
(c)检测HIV-1蛋白酶与所述的第一个和第二个肽的相互作用；和
(d)将所述第一个多肽的裂解与所述第二个多肽的裂解相比较。
124.权利要求123的方法，其中野生型CA-SP1，突变CA-SP1，或可供选择的蛋白酶切割位点区域包含于多肽片段或重组肽内。
125.权利要求123的方法，其中用各自结合CA-SP1切割位点相对侧的荧光部分和荧光淬灭部分来标记所述多肽，且其中所述的检测包括测量来自荧光部分的信号。
126.权利要求123的方法，其中所述第一个或所述第二个多肽中的至少一个进一步包括表位标记。
127.权利要求123的方法，其中(a)和(b)在细胞中进行。
128.权利要求123的方法，其中对所述化合物与所述第一个和第二个多肽相互作用的所述检测包括凝胶电泳。
129.鉴定抑制动物细胞中HIV-1复制的化合物的方法，包括：
(a)将测试化合物接触感染第一种病毒的细胞，该病毒的复制对3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸(DSB)的抑制是敏感的；
(b)将测试化合物接触感染对DSB敏感性显著降低的第二种病毒的细胞；
(c)测定经处理的感染第一种病毒和第二种病毒的细胞的表型；和
(d)选择与第二种病毒相比较对抗第一种病毒更有活性的测试化合物。
130.权利要求129的方法，其中所述表型选自：
(a)病毒复制：
(b)CA-SP1的裂解；和
(c)改变的病毒粒体表型的产生。
131.鉴定抑制动物细胞中HIV-1复制的化合物的方法，包括：
(a)将测试化合物应用至感染慢病毒的细胞，该病毒的复制对3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸(DSB)的抑制是敏感的；和
(b)分析所述感染细胞产生的裂解物来确定是否发生了CA-SP1蛋白的裂解。
132.权利要求131的方法，其中通过裂解以下至少一种来获得所述裂解物：
(a)所述感染的细胞；或
(b)释放的病毒颗粒。
133.权利要求131的方法，其中确定CA-SP1蛋白裂解是否已经发生的所述分析包括测量p25的存在与否。
134.权利要求131的方法，其中确定CA-SP1蛋白裂解是否已经发生的所述分析包括进行病毒蛋白的蛋白质印迹和使用p2 5的抗体来检测p25。
135.权利要求131的方法，其中确定CA-SP1蛋白裂解是否已经发生的所述分析包括进行病毒蛋白的凝胶电泳和代谢标记蛋白的显像。
136.权利要求131的方法，其中确定CA-SP1蛋白裂解是否已经发生的所述分析包括进行免疫测定。
137.权利要求133的方法，其中所述免疫测定包括：
(a)使用选择性结合p24的抗体在基质上捕获p25和p24；
(b)用选择性结合p25的抗体检测基质上p25的存在与否。
138.权利要求131的方法，其中将表位标记序列插入SP1中，且其中所述分析包括使用表位标记的抗体来选择性检测p25。
139.鉴定抑制动物细胞中HIV-1复制的化合物的方法，包括：将测试化合物应用至感染慢病毒的细胞，该病毒的复制对3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸(DSB)的抑制是敏感的，且此后就改变的病毒粒体表型来分析细胞释放的病毒颗粒。
140.权利要求139的方法，其中所述分析包括透射电子显微镜检。
141.权利要求139的方法，其中所述改变的表型选自：
(a)具有相对于病毒颗粒而言非中心的球形电子致密核心的病毒粒体；
(b)具有恰位于病毒膜内的新月形电子致密层的病毒粒体；
(c)具有降低的感染性或无感染性的病毒粒体；和
(d)(a)至(c)任一的组合。
142.权利要求129，131或139任一项的方法，其中其复制对3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸(DSB)的抑制敏感的所述慢病毒是HIV-1。
143.权利要求129，131或139任一项的方法，其中其复制对3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸(DSB)的抑制敏感的所述慢病毒是重组非HIV-1慢病毒，其包括编码HIV-1 CA-SP1的核苷酸，且其中所述慢病毒源自选自以下的慢病毒：
(a)SIV；
(b)FIV；
(c)EAIV；
(d)BIV；
(e)CAEV；
(f)Visna-Maedi病毒；和
(g)HIV-2。
144.权利要求131的方法，其中具有显著降低的对DSB的敏感性的所述病毒选自：
(a)SIV；
(b)FIV；
(c)EAIV；
(d)BIV；
(e)CAEV；
(f)Visna-Maedi病毒；
(g)HIV-2；和
(h)突变HIV-1。
145.鉴定化合物的方法，包括：
(a)测量经处理的感染慢病毒的动物的疾病进展，其中所述慢病毒对3-O-(3，，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸(DSB)是敏感的；
(b)测量未处理的感染所述慢病毒的动物的疾病进展，
(c)比较所述经处理动物和所述未处理动物的反应。
146.鉴定化合物的方法，包括：
(a)将所述化合物给药于感染第一种慢病毒的动物，其中所述第一种慢病毒的复制受3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸(DSB)的抑制；
(b)将所述化合物给药于感染第二种慢病毒的动物，其中所述第二种慢病毒的复制实质上不受3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸(DSB)的抑制；
(c)测量和比较感染所述第一种慢病毒的动物的疾病进程，与感染所述第二种慢病毒的动物相比较。
147.鉴定化合物的方法，包括测量所述化合物与选自以下的氨基酸序列的相互作用：
(a)KNWMTETFLVQNANPDCKTILKALGPAATLEEMMTACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：21)；
(b)KNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：22)；
(c)TACQGVGGPSHKARILAEAMSQVTNSATIM；(SEQ IDNO：23)；
(d)TACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ IDNO：24)；
(e)SHKARILAEAMSQV(SEQ ID NO：25)；
(f)GHKARVLAEAMSQV(SEQ ID NO：26)
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO：116)；
(h)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO：117)；
(i)SHKARILAEAMSQVTNSATIM(SEQ ID NO：118)；和
(j)GHKARVLAEAMSQVTNPATIM(SEQ ID NO：119)。
148.确定患者是否感染了对用抑制p25加工的化合物治疗敏感的HIV-1的方法，包括：
(a)从所述患者获得标本；
(b)从该标本获得编码CA-SP1的病毒核酸；
(c)对所述病毒核酸进行基因分型；
(d)确定该核酸是否编码其加工对3-O-(3’，3’-二甲基琥珀酰)桦木酸(DSB)的抑制敏感的CA-SP1变体。
149.在有此需要的患者中治疗疾病的方法，包括：
(a)鉴定抑制病毒Gag p25(CA-SP1)加工成p24(CA)但对其他Gag加工步骤没有显著影响的化合物；
(b)获得销售和使用所述化合物的法规许可；
包装该化合物用于销售并治疗有此需要的患者的疾病。
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US10/851,637 US7537765B2 (en) | 2003-01-29 | 2004-05-24 | Inhibition of HIV-1 replication by disruption of the processing of the viral capsid-spacer peptide 1 protein |
| US10/851,637 | 2004-05-24 | ||
| US60/653,961 | 2005-02-17 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN101022834A true CN101022834A (zh) | 2007-08-22 |
Family
ID=38710346
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN 200580024103 Pending CN101022834A (zh) | 2004-05-24 | 2005-05-24 | 通过破坏病毒衣壳－间隔肽1蛋白的加工而抑制hiv－1复制 |
Country Status (2)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN101022834A (zh) |
| ZA (1) | ZA200610825B (zh) |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN104745649A (zh) * | 2015-02-28 | 2015-07-01 | 苏州汉酶生物技术有限公司 | 一种福沙那韦中间体的制备方法 |
| CN107405404A (zh) * | 2015-03-20 | 2017-11-28 | 塞米·欧尤·奥皮约 | 苏拉明和精氨酸酶抑制剂在恶性肿瘤中的用途 |
| CN113287569A (zh) * | 2021-05-27 | 2021-08-24 | 四川康城生物科技有限公司 | 一种免疫低下动物模型的构建方法 |
-
2005
- 2005-05-24 CN CN 200580024103 patent/CN101022834A/zh active Pending
- 2005-05-24 ZA ZA200610825A patent/ZA200610825B/en unknown
Cited By (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN104745649A (zh) * | 2015-02-28 | 2015-07-01 | 苏州汉酶生物技术有限公司 | 一种福沙那韦中间体的制备方法 |
| CN104745649B (zh) * | 2015-02-28 | 2018-03-09 | 苏州汉酶生物技术有限公司 | 一种福沙那韦中间体的生物制备方法 |
| CN107405404A (zh) * | 2015-03-20 | 2017-11-28 | 塞米·欧尤·奥皮约 | 苏拉明和精氨酸酶抑制剂在恶性肿瘤中的用途 |
| CN113287569A (zh) * | 2021-05-27 | 2021-08-24 | 四川康城生物科技有限公司 | 一种免疫低下动物模型的构建方法 |
| CN113287569B (zh) * | 2021-05-27 | 2023-04-07 | 四川康城生物科技有限公司 | 一种免疫低下动物模型的构建方法 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| ZA200610825B (en) | 2008-06-25 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| York et al. | Nucleotide sequence of the jaagsiekte retrovirus, an exogenous and endogenous type D and B retrovirus of sheep and goats | |
| US6958211B2 (en) | Methods of assessing HIV integrase inhibitor therapy | |
| US7482016B2 (en) | Immunogenic compositions comprising HIV-1 acetylated Tat polypeptides | |
| KR101241423B1 (ko) | 알엔에이 바이러스 항원의 에피토프를 발현하는 재조합홍역 바이러스-백신 제제의 제조에 사용하기 위한 용도 | |
| US20080038716A1 (en) | Cell lines with latent immunodeficiency virus and methods of use thereof | |
| JP2002512804A (ja) | ヌクレオチド配列の導入のためのトリプレックス構造のｄｎａ配列の利用 | |
| EP2126137B1 (en) | Method for designing a drug regime for hiv-infected patients | |
| HRP970092A2 (en) | Synthetic hiv genes | |
| BRPI0714714A2 (pt) | composiÇÕes de polipeptÍdeo de retrovÍrus endàgeno humano e (herv) e seus mÉtodos e usos | |
| US8318425B2 (en) | Inhibition of HIV-1 replication by disruption of the processing of the viral capsid-spacer peptide 1 protein | |
| JPH10509318A (ja) | 組換えｃｍｖ−ｉｅ／ｈｉｖ−ｔａｒ／モロニーマウス白血病ウイルスｌｔｒを含有するレトロウイルスベクター | |
| JP2000516445A (ja) | 合成遺伝子を含むワクチン | |
| US7122180B2 (en) | DNA vectors containing mutated HIV proviruses | |
| US20080233559A1 (en) | Inhibition of HIV-1 Replication by Disruption of the Processing of the Viral Capsid-Spacer Peptide 1 Protein | |
| KR20220041844A (ko) | Hiv 항원 및 mhc 복합체 | |
| CN101022834A (zh) | 通过破坏病毒衣壳－间隔肽1蛋白的加工而抑制hiv－1复制 | |
| KR20160111973A (ko) | 인간 t 림프영양성 바이러스 타입 1에 대한 면역 반응들을 발생시키기 위한 렌티바이러스 벡터들 | |
| DK2203183T3 (en) | Medications AND METHODS FOR THE TREATMENT OF Mesothelioma | |
| JP2002542804A (ja) | 改良されたアッセイとその試薬 | |
| JPH09503655A (ja) | 自己免疫応答の抑制方法 | |
| AU773015B2 (en) | Lentiviral vectors | |
| CN113789345A (zh) | 一种用于检测可复制性慢病毒(rcl)的试剂盒及其应用 | |
| JPH08501452A (ja) | Ｆｅｌｖ及び／又はｆｉｖに対する組換レトロウィルスベクター | |
| US7329486B2 (en) | High-throughput assay for virus entry and drug screening | |
| JPH04501210A (ja) | レトロウイルスに感染し得、感染時に活性化するマーカーを含む細胞株 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| C06 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| C10 | Entry into substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| C12 | Rejection of a patent application after its publication | ||
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Open date: 20070822 |