Les milieux rupestres regroupent les végétations des parois rocheuses, les pelouses sur vires, les systèmes d'éboulis… À l'échelle du Massif central, on distingue plus de 5 grands types de végétations rupestres subalpines.
Les végétations chasmophytiques se développent sur des parois rocheuses au sein d'anfractuosités. Le sol superficiel voire inexistant et la verticalité amplifie les phénomènes de stress hydrique mais aussi d'exposition au gel ou au rayonnement solaire. Ces conditions particulières limitent fortement la concurrence interspécifique et favorisent la spécialisation des espèces. On y observe de nombreuses espèces patrimoniales alpines et subalpines à l'image de Saxifraga bryoides ou encore Saxifraga lamottei. Lorsque l'inclinaison est plus faible, une accumulation de terre sur des vires permet la formation de sols superficiels et par conséquent l'implantation d'espèces pelousaires : Androsace halleri, Biscutella arvernensis, Cerastium alpinum, Dianthus gratianopolitanus, Dryas octopetala, Erigeron alpinus, Sabulina verna, Silene ciliata, Trifolium pallescens, Veronica fruticans.
Dans le Cantal, ces végétations rupestres comptent une dizaine d'espèces absentes des autres montagnes du Massif central : Alchemilla amphisericea et Alchemilla grenieri, Carex atrata var. aterrima, Cochlearia pyrenaica, Draba aizoides, Pedicularis verticillata, et Saxifraga androsacea, S. oppositifolia, Micranthes hieraciifolia…
D'autres espèces sont inféodées à des systèmes d'éboulis rocheux comme Sesamoides pygmaea. On notera également la présence de Salix herbacea, sous-arbrisseau présent uniquement dans les rocailles du Sancy, et du rare hybride Jacobaea x mirabilis dont quelques pieds sont suivis dans les éboulis du Mont Mézenc.
Les « pelouses » désignent les végétations herbacées rases (10-15 cm de hauteur), parfois clairsemées, qui se développent sur des sols pauvres et superficiels. Les pelouses subalpines se développent plus particulièrement sur les crêtes, les éperons rocheux. On y observe de nombreuses plantes à fleurs, souvent prostrées au sol, et des graminées à feuilles fines (fétuques, Nard raide) qui se sont adaptées à des conditions de vie difficiles (gel, vent, chaleur, ensoleillement...). Les précipitations importantes favorisent la percolation et le lessivage des éléments nutritifs du sol et les faibles températures limitent la dégradation de la matière organique (faible température). On y observe alors des espèces ayant adopté une stratégie de conservation des ressources : taux de croissance faible, grande capacité à exploiter des substrats et ressources difficilement accessibles ou instables, grande tolérance aux stress. Cette végétation basse est dominée par des plantes herbacées de petites tailles (5 à 25 cm de hauteur) formant des gazons ras (Nardus stricta, Agrostis rupestris...). Les premières observations tendent à montrer que le dérèglement climatique favoriserait la compétition entre les espèces et modifierait les cortèges floristiques (MATTAEODO 2016), fragilisant ainsi les espèces strictement pelousaires au profit d'espèces plus ubiquistes.
Parmi les espèces présentes sur les pelouses des différents massifs, on peut observer Bellardiochloa variegata, Bupleurum ranunculoides, Gentiana verna, Gnaphalium norvegicum, Mutellina adonidifolia, Plantago alpina, Pulsatilla alpina (deux sous-espèces) et Pulsatilla vernalis.
Certains massifs comptent cependant quelques espèces originales. Sur le Sancy, il est ainsi possible d'observer Carex curvula, Gnaphalium supinum, Jasione crispa subsp. arvernensis (endémique), Bistorta vivipara et Soldanella alpina. Historiquement présente dans le Cantal et le Sancy, Bistorta vivipara ne se retrouve aujourd'hui que sur le Sancy, à l'image de la fragilité de ces milieux. Le Cantal se caractérise quant à lui par Astrantia minor et Phleum alpinum.
Une douzaine de types de végétations de pelouses subalpines peuvent être observés à l'échelle du Massif central.
Les landes se caractérisent par une végétation dense et basse dominée par des végétaux ligneux bas (chaméphytes) de la famille des Éricacées (genre Calluna, Empetrum ou Vaccinium) et ou des nanophanérophytes contraints (Juniperus communis subsp. nana). Environ cinq types de landes subalpines peuvent être observés à l'échelle du Massif central.
Certaines landes colonisent les secteurs les plus élevés des massifs, supportant des conditions climatiques plus contraignantes, à l'exemple de vents forts qui favorisent des gels hivernaux et des sécheresses estivales sur les zones de crêtes. Dans les secteurs moins ventés, les accumulations de neige hivernale protègent la végétation du gel et constituent une ressource en eau importante au printemps.
Ces différences micro-climatiques donnent lieu à des landes plus ou moins ouvertes, qui autorisent parfois l'implantation d'espèces issues des pelouses subalpines avoisinantes. Cependant la majorité des milieux demeurent pauvres en nombre d'espèces, car largement dominés par les chaméphytes.
Outre les chaméphytes, les espèces subalpines communément observées sont Arctostaphylos uva-ursi, Diphasiastrum alpinum, Empetrum nigrum, Geum montanum et Pedicularis comosa. Leur abondance varie cependant beaucoup d'un massif à l'autre. Trois autres espèces se distinguent particulièrement selon les massifs considérés : Carex vaginata est présent uniquement sur le Sancy, Hypericum richeri ne s'observe que dans les pentes du Mézenc, et Homogyne alpina ne présente qu'une unique station au sommet de Pierre-sur-Haute, dans le Haut-Forez.
Les mégaphorbiaies sont des végétations luxuriantes à hautes herbe (dépassant souvent 150 cm de hauteur) denses et fermées, qui se développent le long des cours d'eau et dans les replis topographiques (fond de vallons ou dépressions) humides. À l'étage subalpin, une petite dizaine de types de végétations peuvent être observés en situation froide et enneigée, sur des sols suintants, parfois perturbés (érosion, avalanches). Ces végétations directement dépendantes d'un apport hydrique consécutif à la fonte des neiges sont fortement impactées par les variations de pluviométrie liées au dérèglement climatique.
Ces végétations se composent d'espèces à grandes surfaces foliaires structurant la physionomie de ces communautés, telles qu'Adenostyles alliariae, Cirsium erisithales, Imperatoria ostruthium, Rumex alpinus, Rumex arifolius. On y retrouve aussi des espèces plus discrètes comme Epilobium nutans, Epilobium alsinifolium, Lactuca alpina, Luzula desvauxii, Pedicularis foliosa et Trifolium badium.
Le massif du Cantal présente les mégaphorbiaies les plus spécifiques avec 3 espèces uniquement présentes sur ses pentes à l'échelle du Massif central : Crepis lampsanoides, Tozzia alpina et Veronica urticifolia.
Les calamagrostidaies sont des végétations herbacées hautes dominées par une structure graminéenne (surtout Calamagrostis arundinacea). À l'échelle du Massif central, une quinzaine de types de végétations de calamagrostidaies subalpines peuvent être observés. Cantonnées aux massifs du Cantal et du Sancy, elles représentent une des végétations subalpines les plus remarquables : elles hébergent une très grande diversité floristique et jouent un rôle important dans le maintien de la faune subalpine (BOITIER 2019). Situées à plus basse altitude que les landes et les pelouses, en conditions plus thermophiles et souvent orientées au sud, ces végétations sont moins directement menacées par le changement climatique. Elles semblent actuellement favorisées par l'absence de pâturage et pourraient être considérées comme un stade d'ourlification de milieux pelousaires et prairiaux annonçant une colonisation potentielle par les ligneux. Certains types se maintiennent toutefois en dehors de toute activité humaine.
Les espèces subalpines fréquemment observées dans les massifs sont Bupleurum longifolium, Carlina biebersteinii, Pilosella aurantiaca, Paradisea liliastrum, Patzkea paniculata ainsi que Traunsteinera globosa.
Les fourrés constituent la végétation arbustive située le plus haut en altitude, constituant généralement une frange entre la hétraie subalpine et les végétations des milieux ouverts. Dans certains secteurs (Vallée de Chaudefour) ces fourrés semblent profiter de l'absence de pâturage pour gagner en altitude. Dominés par les bouleaux et les sorbiers en contexte mésophile, ils se caractérisent à l'inverse, en présence d'une importante humidité édaphique, par Salix lapponum et Salix bicolor, deux espèces protégées en Auvergne.
Les forêts subalpines sont plus rares à l'échelle du Massif central, et seulement trois types sont observés. Leur expression a été limitée par les pratiques pastorales actuelles et historiques. Elles jouent pourtant un rôle crucial dans le développement et la préservation de nombreuses espèces. En effet, bien que l'environnement leur soit favorable, elles sont aujourd'hui restreintes à des fragments, là où les activités humaines n'ont pu s'imposer. Ces forêts jouent un rôle dans le maintien de microclimats favorables à plusieurs espèces subalpines, à l'image d'Homogyne alpina ou de Soldanella alpina, ou des espèces de mégaphorbiaies. Face au dérèglement climatique, la préservation de ces zones forestières représente un enjeu fort.
